쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

조사청의 ＊＊＊에 대한 조사내용에 의하면 ＊＊＊이 사업자등록시 과ㆍ면세 겸업사업자임에도 세법에 대한 미숙으로 면세사업자로 등록하여 과세사업자용 쟁점세금계산서를 발행한 것이고, 이후 사업자등록에 오류가 있음을 인식하고 과세사업자로 사업자등록을 신청한 것으로 조사된 점, ＊＊＊이 신축분양한 오피스텔은 ??호에 이르고, 청구인은 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아 부가가치세 조기환급을 신청하였고, 처분청이 관련 매입세액을 환급한 점 등에 비추어 청구인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 보이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구인 외 3명(이하 ‘청구인들’이라 한다)은 2011.10.4.부터 현재 까지 OOO 소재사업용 오피스텔(609호, 709호, 711호, 이하‘쟁점오피스텔’이라 한다)에서 부동산임대업을 영위 하는 사업자로, 2011.10.4. 쟁점오피스텔 매입과 관련한공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 OOO(상호:OOO,업태:부동산신축판매업, 이하 “OOO”이라 한다)으로부터 수취하여 처분청에 조기환급을 신청하였고,처분청은 청구인의조기환급신청(고정자산 취득)을 정당한 것으로 보아 환급하였다.

나. OOO장은 2013년 4월 OOO에 대하여 조사한 결과, OOO이 과·면세겸영사업자임에도 사업자등록을 면세사업자로 잘못신청한 사실을 확인하고 2011년 제2기 매출금액 OOO원을 매출누락한 것으로 보아 OOO에게 2011년 제2기 부가가치세를 경정·고지하고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서가과세사업자가 아닌 면세사업자로부터 수취한 사실과 다른 세금계산서에해당한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2014.7.18. 청구인에게 2011년 제2기 부가가치세OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.12. 이의신청을 거쳐 2014.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점오피스텔을 취득함에 있어 OOO이 교부한쟁점 세금계산서로 환급받았는바, 청구인은 세법지식이 없는 관계로쟁점세금계산서에 기재되어 있는 내용만으로는 OOO이 면세사업자인지 과세사업자인지 판단하기 어렵고,국세청에서제공되는 사업자정보 조회를 이용할 수도 없어 쟁점세금계산서가 매입세액 공제대상인지 여부를판단할 수 없었으며, 청구인이 부가가치세 환급신청하였을 때 처분청은 환급여부를 검토하고 환급을 하였다.과세관청은 쟁점세금계산서를 잘못 발행한 OOO에게 과세하여야함에도 청구인에 대한 매입세액을 불공제하는 것은 불합리하고, OOO이 사업자등록을 면세로 하였다고 하여 과세사업자인 OOO을 단순 면세사업자로 판단하는 것은 실질과세원칙에 반한다.

따라서, 청구인에게 부과된 이 건 과세처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

면세로 등록한 과세사업자 및 면세사업자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없고, 국세청 홈페이지에서 제공되는 사업자 과세유형·휴폐업 조회를 통하여 청구인은 OOO이 면세사업자라는 사실에 대한 확인이 가능하였으며, OOO이 당시 당해 거래에 대하여 부가가치세를 신고·납부하지 않았으므로 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지 여부나. 관련 법률부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생 략)

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구인은 2011.10.4. 쟁점오피스텔 매입과 관련한 쟁점세금계산서를 OOO으로부터 수취하여 처분청에 조기환급을 신청하였고, 처분청은 청구인의 조기환급신청(고정자산 취득)을 정당한 것으로 보아 환급한 후 2013년 4월 OOO장의 OOO에 대한 세무조사 결과(OOO이 과·면세겸영사업자임에도 사업자등록을 면세사업자로 잘못신청한 사실과 2011년 제2기 매출금액 OOO원에 대하여 매출누락한 사실), 처분청에 통보한 과세자료(쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함)에 의해 이 건 처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 청구인들이 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표>와 같다.<표> 쟁점세금계산서 내역

(3) OOO장의 OOO에 대한 부가가치세 종결보고서(2013년4월)의 내용을 보면, OOO은OOO소재오피스텔 44호와 생활주택 117호 등 총 161호를 신축하여 분양한 건설업자로서, 과·면세겸영사업자임에도 불구하고 세법 규정에 대한 미숙으로 2011.5.19. 면세사업자로 등록하여「부가가치세법」상 미등록 상태로 사업을 영위하다가 2012.2.26. 과세사업자로 사업자 등록을 신청하여 사업을 영위하였는바, 2011년 제2기부가가치세 과세기간에 공급가액 OOO원(쟁점오피스텔 포함하여 10개 오피스텔)에 대한 매출액과 관련한 부가가치세를 신고누락한 사실을 확인하고, 거래상대방 관할 세무서장에게 과세자료로 통보하였음을 알 수 있다.

(4) 한편, OOO장은 쟁점오피스텔 등과 관련한 2011년 제2기 매출금액 OOO원에 대하여 OOO에게 2011년 제2기 부가 가치세를 결정·고지 하였고, OOO은 위 부가가치세를 납부한 것으로확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 국세청 홈페이지에서 제공되는 사업자 과세유형·휴폐업조회를 통해서 거래기간 동안 OOO이 면세사업자라는 사실을 확인 가능하였으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, OOO은 사업자등록 신청시 과·면세겸영사업자임에도면세사업자로 등록한 상태에서과세사업자용 쟁점세금계산서를 발행하였고, 청구인은사업용인 쟁점오피스텔을 신축판매업자인 OOO으로부터 매입함에 있어 OOO으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 확신하여처분청에 조기환급을 신청하였고, 처분청도 청구인의환급신청을 정당한 것으로 인정하여 환급하였다가 OOO장의 통보자료에 의해 이 건 처분을 하였는 바,OOO의 쟁점세금계산서 발행사유(OOO은 사업자등록 신청시 과·면세겸영사업자임에도 세법 규정에 대한 미숙으로 면세사업자로 잘못등록한 상태에서 과·면세겸영사업자로 등록한 것으로오인하여 과세사업자용쟁점세금계산서를 발행하였음)가 조세를 포탈하기 위한 것이 아니라 단순히 세법 규정에 대한 미숙에 기인한 것으로 조사되었고, OOO이 본인의 사업자등록 오류 신청을 인식하여2012.2.26. 사업자등록을 과세사업자로 신청한 점,OOO이 쟁점세금계산서에 대한 매출세액 등을납부하여 조세가 일실되지 아니한 점등에 비추어청구인은선의의 거래당사자에 해당한다고 봄이 타당하다할 것이다.

따라서, 처분청이 청구인을 선의의 거래당사자로 인정하지 아니 하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.