비영리법인이 수익용기본재산을 사업개시 전에 양도한 경우 부가가치세 면제 여부 및 사업의 포괄양수도 해당 여부(기각)

청구법인이 수익용기본재산으로 처분허가를 받고, 실지로 수익용재산으로 보이는 쟁점업무을 양도한 것으로 인정되므로 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 봄이 타당함

1. 처분 개요

청구법인은 OO도 OO시 OOO OOO OOOOO 외 2필지 토지 1,026.0㎡ 및 건물 766.13㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고 위 토지 및 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 1996.11.11. 증여 받아 1997.3.10. 교육부장관에게 수익용 기본재산(부동산 임대업)으로 신고한 후 1997.7.20. OO도 OO시 OOO OOO OOOOO 조OO 외1명에게 양도가액 OOO원에 양도하고 부가가치세를 신고하지 아니하였는 바, 처분청은 쟁점건물의 양도를 사업용 고정자산의 양도로 보아 2003.1.21. 청구법인에게 1997년 제2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 결정고지 하였다.청구법인은 이에 불복하여 2003.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 1997.3.10. 교육부에 수익용 기본재산으로 신고하였으나 정부의 인가를 받은 부가가치세 면세사업자인 대학이 제공하는 교육용역으로서 우발적 또는 일시적으로 공급하는 임대사업 개시 전의 재화의 양도이므로 면세사업자의 재화의 공급에 해당되어 쟁점건물의 양도는 부가가치세 면제대상이다.

(2) 쟁점건물의 양도가 면세사업자의 재화의 공급으로 볼 수 없다면 양수인이 쟁점건물을 양수한 후 부동산임대사업자로 등록하고 현재까지 임대에 공하고 있으므로 부가가치세법상 포괄적 사업양도로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 1997.3.10. 교육부에 수익용 기본재산(부동산 임대업)으로 신고한 후 1997.7.20. OOO원의 가액으로 양도하였으므로 이는 사업용 고정자산을 양도한 것으로부가가치세법 제13조및 같은 법 시행령 제48조의2 규정에 의하여 고정자산 매각시 무신고분에 대해 부가가치세를 경정처분 한 당초처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 양도가 포괄적 양도라고 주장하지만 양수인은 1997.12.15. 사업자등록을 한 것으로 나타나는 바, 양수 당시인 1997.7.20.에는 부동산임대사업자가 아니므로 쟁점부동산의 양도는 부가가치세법상 사업의 포괄적 양도로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점학교법인이 수익용 기본재산을 임대사업개시 이전에 양도한 경우, 이를 면세사업자가 재화를 일시적으로 공급하는 경우에 해당되는지의 여부와 쟁점건물의 양도가 사업의 포괄적 양도에 해당되는지를가리는데 있다.

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 (1995.12.29. 법률 제5032호로 개정된 것)제1조(과세대상)

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급제6조(재화의 공급)

⑥ 재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.제12조(면 세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것

16. 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것(2)부가가치세법시행령 (1996.12.31. 대통령령 제15195호로 개정된 것)제17조(담보제공과 사업양도)

② 법 제6조제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다.제30조(교육용역의 범위) 법 제12조제1항제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교·학원·강습소·훈련원·교습소 기타 비영리단체 및 청소년기본법에 의한 청소년수련시설에 학생·수강생·훈련생·교습생 또는 청강생에게 지식기술 등을 가르치는 것으로 한다.제37조(종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위) 법 제12조제1항제16호에서 “재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청에 등록된 종교 자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOOO시 O구 OOO OO OOOOO에서 1966.7.8. 부터 목적사업의 하나인 부동산임대업을 영위하면서 1996.11.11. 쟁점부동산을 증여를 원인으로 취득하고 1997.3.10. 교육부장관에게 수익용 기본재산으로 증자보고를 한 후 1997.4.15. 쟁점부동산을 교육부장관으로부터 수익용 기본재산의 처분허가를 받아 1997.7.20. OO도 OO시 OOO OOO OOOOO에 거주하는 조OO외 1인에게 양도가액 OOO원에 양도하고 부가가치세를 처분청에 신고하지 아니하였으며, 처분청은 이를 사업용 고정자산을 양도한 것으로 보아 쟁점부동산 O 쟁점건물에 대하여 실지 양도가액을 기준가액으로 안분하여 부가가치세를 부과한 사실이 처분청의 관련자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점건물은 당초 교육부장관에게 수익용 기본재산으로 증자보고 하였으나 이를 처분하여 대학캠퍼스 부지를 매입하거나 도서관 증축공사비로 사용코자 임대한 적이 없이 양도하였으므로 면세사업자인 청구법인이 교육용역에 필수적으로 부수되는 재화를 우발적 또는 일시적으로 재화를 공급하는 경우로 보아 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장한다.

(3) 그러나, 쟁점부동산은 OO도 OO시 OO리에 소재한 농지 및 대지와 건물로서 교육사업용과는 거리가 멀고, 주무부장관인 교육부장관으로부터 교육용 기본재산과는 별도로 수익용 기본재산으로 증자보고 하였을 뿐만 아니라 비록, 그 처분금의 용도를 대학도서관 증축공사비로의 사용을 허가조건으로 하였지만 그 처분도 수익용 기본재산의 처분으로 허가를 받아 일반인에게 양도하였으므로 사업용 고정자산의 양도로 봄이 상당하다고 하겠다.

(4) 한편, 청구법인은 쟁점건물의 양도가 부가가치세 과세대상이라면 쟁점건물의 양도는 포괄적인 사업의 양도에 해당되어 재화의 공급으로 보지 않아야 한다고 주장하지만, 우선부가가치세법시행령 제17조제2항의 규정에 의하여 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 규정되어 있는 바, 청구법인은 쟁점건물의 임차인에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계한다는 등 사업을 포괄적으로 양도하는 내용을 부동산매매계약서에서 찾아볼 수 없고, 더욱이 쟁점건물의 양수자인 조OO은 쟁점부동산의 양도일부터 약 5개월 후인 1997.12.17 부동산임대업을 개업한 사실이 국세청의 전산자료에 의해 나타나는 바, 부동산임대사업자로 등록을 하지도 아니한 매수인에게 쟁점건물을 양도한 것을 두고 포괄적으로 사업을 양도하였다는 청구법인의 주장은 납득이 가질 않는다고 하겠다.

(5) 살피건대, 청구법인은 교육부장관에게 수익용 기본재산으로 보고하고 또한 수익용 기본재산의 처분허가를 받았으며 실지로 수익용 재산으로 보이는 쟁점건물을 양도한 것으로 인정되므로 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 봄이 타당하고 사업의 포괄적 양도로도 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.