매입세액중 595,533,449원이 사실상 사업자등록신청일 이후에 발생한 매입세액에 해당되는가의 여부(기각)

쟁점매입세액은 청구법인이 사업자등록을 하기 이전에 매입한 부분에 해당되는 매입세액인 것으로 보여지므로 등록을 하기전의 매입세액에 해당되어 매출세액에서 공제 또는 환급할 수 없다고 판단됨.

1. 원처분 개요 처분청은 청구법인이 부가가치세 과세사업자로서 사업자등록신청일 (92.11.27) 이전인 92.11.15 청구외 (주)OO제강으로부터 상품 및 원재료등 7,681,673,270원 상당을 매입하고 93.1.25 이에 대한 매입세액 768,167,327원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급신고한 사실에 대하여 처분청은 부가가치세 선별 경정조사를 통해 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의한 사업자등록전의 매입세액이라는 이유로 93.6.23 청구법인에게 쟁점매입세액을 제외하고 나머지 환급신고액 58,035,406원만 환급결정 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.8.2 심사청구를 거쳐 93.11.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 처분청이 환급거부한 쟁점매입세액중 실제 사업자등록신청일 이전에 매입한 부분에 해당되는 매입세액은 172,633,878원에 불과하고 나머지 595,533,449원은 사실상 사업자등록신청일 이후에 매입하였으나 청구법인 담당직원의 업무상 착오로 인하여 사업자등록신청일 이전인 92.11.15 매입한 것으로 세금계산서를 잘못 교부 받았으며 또한 제품 수불부도 사실과 다르게 사업자등록신청일 이전에 매입한 것으로 잘못 기재된 것임에도 처분청은 세금계산서와 제품 수불부상의 매입일자를 기준으로 하여 쟁점매입세액을 공제 또는 환급받지 못할 세액으로 보아 환급거부함은 명백히 부당하다는 주장이다. 이에 대하여 국세청장은 청구법인이 사업자등록신청일 이전에 공급받은 재화의 부가가치세 매입세액은 768,167,328원임이 청구법인이 스스로 제출한 부가가치세 매입세금계산서와 청구법인이 비치·기장하고 있는 제품수불부에 의해 확인되고 있으며 이러한 사실에 대해서는 청구법인도 처분청의 조사시에 사실임을 확인한 바 있음에도 불구하고 심사청구과정에서 사업자등록전에 매입한 세액은 쟁점매입세액중 172,633,878원에 불과하다는 주장은 그 신빙성이 없으므로 당초 처분이 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 쟁점매입세액중 595,533,449원이 사실상 사업자등록신청일 이후에 발생한 매입세액에 해당되는가의 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의하면 「신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다」고 규정하고 있으며 같은 법 제17조 제1항의 규정에서는 「사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다」라고 규정하고 있고 같은 조 제2항에서는 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 하면서 그 제5호에서는 「제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액」이라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제6조 제7항에서는 「법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계

청구법인은 쟁점매입세액 중 사업자등록신청일 이전에 매입한 부분에 대한 부가가치세 매입세액은 172,633,878원이고 나머지 595,533,449원은 사실상 사업자등록신청일 이후에 매입한 부분에 해당되는 매입세액이므로 환급함이 타당하다고 한다. 이 건 쟁점매입세액 중 595,533,449원이 사실상 사업자등록신청일 이후에 매입한 부분에 해당되는 매입세액인가의 여부를 살펴보면 첫째, 청구법인이 93.1.25 92년 제2기 부가가치세 신고시 제출한 부가가치세 매입세금계산서에 의하면 사업자등록신청일(92.11.27) 이전인 92.11.15에 상품 및 원재료 등 공급가액 7,681,673,270원 상당을 OO제강(주)로부터 매입한 사실이 확인되고 있으며, 둘째, 청구법인의 환급신청에 대한 처분청의 조사결과에 의하면 청구법인이 제출한 매입세금계산서 내역과 청구법인이 비치·기장하고 있는 상품 및 원재료 수불부 내역이 일치되고 있고 동 수불부 내용을 살펴보면 청구법인의 사실상 개업일인 92.11.15자로 상품 및 원재료를 수입한 이후 매일마다 수불한 사실이 나타나므로 동 수불부상의 매입일자가 사실과 다르게 소급하여 기입되었다고 보기는 어렵고 셋째, 청구법인은 처분청의 조사시 쟁점세액이 사업자등록신청일 이전에 매입한 부분에 해당되는 세액임을 스스로 사실 확인한 바 있을 뿐 아니라 쟁점세액중 595,533,449원이 사실상 사업자등록신청일 이후에 매입한 부분에 해당되는 매입세액이라고 주장만 할 뿐 이를 뒷받침할 수 있는 객관적이고 명백한 거증자료를 제시치 못하고 있는 점으로 보아 이 건 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다.

위 사실들을 종합하여 보면 쟁점매입세액은 청구법인이 사업자등록을 하기 이전인 92.11.15에 매입한 부분에 해당되는 매입세액인 것으로 보여지므로 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액에 해당되어 같은 법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제 또는 환급할 수 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.