부가가치세 면세사업자로 등록하고 수입금액 신고한 사업자를 과세사업에 해당된다고 하여 부가가치세 소급과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(기각)

부가가치세법상의 납세의무자에서 제외되는 것은 아니어서 91년도 및 92년도분 부가가치세를 그 당시 세법에 의하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없음.

1. 원처분 개요 가. 청구인은 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO OOOO OOOO에서 OO종묘사라는 상호로 81.12.1부터 채소종자 수입 판매업을 영위하는 자로서 부가가치세 면세사업자로 사업자등록증을 교부받고, 수입 채소종자 판매를 면세거래로 보아 부가가치세 과세표준과 세액을 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 수입하여 판매한 채소종자는 부가가치세법에 의하여 면세에 해당하지 아니하는 것이라고 판단하여 94.5.1 청구인에게 91년 제1기분 부가가치세 25,842,660원, 91년 제2기분 부가가치세 14,777,250원, 92년 제1기분 부가가치세 9,780,380원, 92년 제2기분 부가가치세 17,336,850원을 부과하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 94.6.22 심사청구를 거쳐 94.9.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 81.12.1 면세사업자로 등록한 이래 5회에 걸친 사업자등록증의 검열과 수입금액 신고 및 소득금액신고 납부에 있어서도 면세사업자임을 인정하여 왔고, 수입시 부산세관장 등은 관세무세품목으로 (수입)계산서를 발행하였으며 청구인은 세금계산서를 발행한 일이 없음에도 면세사업자 등록기간까지 소급하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 국세청장 의견 청구인이 판매하고 있는 수입채소종자는 94.1부터 부가가치세가 면세되는 미가공식료품이나 93.12.31까지는 부가가치세 과세물품에 해당하여 부가가치세 납세의무가 있으므로 면세사업자로 등록하고 수입금액을 면세로 신고하였다 하더라도 부가가치세법상의 납세의무자에서 제외되는 것은 아니어서 91년도 및 92년도분 부가가치세를 그 당시 세법에 의하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 부가가치세 면세사업자로 등록하고 수입금액 신고한 사업자를 과세사업에 해당된다고 하여 부가가치세를 소급하여 과세한 처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부에 다툼이 있다.

나. 부가가치세법 제12조 제1항 제1호에서 “가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것”의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고, 같은법시행령 제28조 제1항에서 “법 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 가공되지 아니한 식료품은 다음 각호에 게기하는 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차가공을 거쳐 식용에 공하는 것으로 한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제10조 제1항에서 미가공식료품의 범위를 별표1에 규정하였고 별표1에 의하면 제12호 제6목에서 “관세율표 제1209호에 해당하는 물품중 채소종자”를 93.12.31 신설하여 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구인이 판매하고 있는 수입채소종자(메론, 화초, 피망, 양배추, 쑥갓, 시금치 등)는 위 법령에서 보는 바와 같이 94.1.1부터 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에 해당하므로 그 이전에는 이에 해당하지 아니하여 부가가치세 면세대상이 아니라고 판단된다. 국세기본법 제15조 에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다.

세무공무원이 그 의무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있어 신의성실의 원칙은 세무공무원 뿐만 아니라 납세자에게도 공통적으로 요구되는 것임을 알 수 있는 데 처분청이 청구인에게 면세사업용 사업자등록증을 교부해주었던 것은 청구인이 영위하는 사업이 과세사업인데도 면세사업자로 사업자등록을 신청함으로써 신의에 좇아 하지 아니한 청구인의 사업자등록 신청을 그대로 신뢰한 데 기인한 것이라 인정되며, 또한 처분청이 청구인에게 이와 같이 사업자등록증을 교부한 것이 청구인의 사업이 부가가치세가 면제되는 것이라고 처분청이 공적인 견해를 표명한 것도 아니라 하겠다. 국세기분법 제26조의2 제1호는 부가가치세의 경우 국세부과의 제척기간을 5년으로 규정하고 있고, 부가가치세법 제21조 에서는 사업자가 부가가치세 과세표준과 세액을 확정신고하지 아니한 때에는 경정하여야 하고 또 경정한 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 재경정을 하여야 한다고 규정하고 있는 바, 이상의 내용을 종합하여 볼 때 처분청이 청구인에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부해주었던 사실에도 불구하고 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배되거나 위법한 처분이라 할 수 없다 하겠다(국심 93서2951, 94.2.16 같은 뜻임).

다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.