신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서 제4항에서 당해 양도소득금액의 계산 및 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은1999.12.25. 취득한OOOOO OOO OOO OO-OO OOOOO OO OOOO(기준시가 OOO원, 이하“종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2002.2.21.OOOOO OOO OOO OO-OO OOOOOO OOOO OOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였다가 2006.10.30. 양도한 후, 2006.11.24. 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원,양도차익 OOO원으로하고,「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의취득자에 대한 양도소득세과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면신고를 하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장의「조세특례제한법」제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1999.12.25.)부터신축주택 양도시(2006.10.30.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.12.25.)부터 신축주택준공일 전일(2002.2.20.)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.9. 이의신청을 거쳐 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법 시행령」 제99조의3제2항은 같은 법 제99조의3에따른‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은법시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 규정하고 있는데동 규정의 산식을 적용함에 있어 분자와 분모의 취득당시 기준시가는모두 신축주택의 사용승인일의 기준시가를 적용하여야 하므로종전주택 보유기간에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 신축주택을 양도하고 감면대상 양도차익을 계산함에 있어서종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 전체의 양도차익에 대하여감면을 적용하여 신고하였으나,「조세특례제한법」제99조의3에 의한감면대상은 신축주택 취득이후부터 5년간의 양도차익이며, 따라서 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면배제대상이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】적용시종전주택 취득일부터 신축주택 취득일전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

처분청은「조세특례제한법」제99조의3규정상신축주택 취득일로부터신축주택 양도일까지의 양도소득금액만을 감면대상으로 보아 이 건처분을 하였고, 청구인은 국세청 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가2009.1.20. 생산된 재산세과-227(종전주택기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축주택취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구인은 1999.12.25. 취득한종전주택이 재개발됨에 따라 2002.2.21.신축주택을 취득하였다가 2006.10.30.양도한 후, 2006.11.24. 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원,취득가액 OOO원,양도차익 OOO원으로 하고,「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면·신고하였고, 처분청은 OOO국세청장의「조세특례제한법」제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해청구인의 신축주택 양도에 대하여조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1999.12.25.)부터 신축주택양도시(2006.10.30.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.12.25.)부터 신축주택 준공일 전일(2002.2.20.)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을배제하여 이 건 처분을 하였다.

(2)「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한양도소득금액을 차감한다고 하면서제4항에서는 신축주택의 취득일부터5년간 발생한 양도소득금액의계산 및 기타 필요한 사항은 대통령령으로정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3)따라서,종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로, 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964., 2012.4.17. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.