의제매입세액공제 부인한 처분의 당부(취소)

부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서는 제조업에 대하여는 공제할 금액 계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것임

1. 사실 청구법인은 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOO에서 주정제조업을 영위하는 법인으로서 88.1.31～5.31 간 OO중앙회로 부터 주정용 쌀보리·고구마 3,594,202,926원을 면세로 매입하고 89.1.16 수정신고시 위 매입가액에 대한 의제매입세액 171,152,520원을 환급받을 세액으로 하여 신고하였으나, 처분청은 이 건 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 의거 주세법의 규정에 의한 주류의 제조에 사용된 재화를 공급받았으므로 위 의제매입세액을 공제 부인하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 89.3.24 심사청구를 거쳐 89.6.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인이 88.1.31～5.31 간 면세로 매입한 쌀보리등 매입가액 3,594,202,926원으로 부가가치세 과세재화인 주정을 제조 판매하였으므로 이에 해당하는 의제매입세액을 공제하여 줄 것을 수정신고하였으나, 처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 따라 의제매입세액 공제를 부인한 바, 동 시행규칙 별표 3에서 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업을 규정하고 있는 것은 모법인 부가가치세법 제17조 제3항 규정의 입법취지에 어긋나는 무효인 규정이므로 이 건 의제매입세액을 공제함이 타당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제62조 제1항에 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입가액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세법의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다“라고 규정하고 있고, 별표 3 제1호에서 주세법의 규정에 의한 주류는 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 규정하고 있으므로 처분청이 전시 법조에 의거 청구인이 공급받아 주정제조에 사용된 쌀보리등에 대하여 의제매입세액공제를 배제한 당초처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 의하여 의제매입세액공제 부인한 처분의 당부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 거래당시의 관련 규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 의제매입세액 공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “령 제62조에서 규정하는 재무부령이 정하는 율을 105분의 5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표 3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표 3에 게기된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과, 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제 자체를 불가능하게 하고 있음을 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면, 부가가치세법 제17조 제3항이 “…대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 “…매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 …농산물…의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액 계산방법만을 시행령에 위임하였고, 동 시행령 제62조 제1항도 공제하여 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만, 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액 계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다. 또한 처분청에서는 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라고 하나, 동 단서 규정의 표현문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로 인정되지 아니하며, 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액 공제를 불가능하게 되는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다. (대법원 전원합의부 판결 86누734, 87.12.22 외 다수 대법원 판례 동지).

따라서 이 건 부가가치세를 면제받아 매입한 농·축산물을 원재료로 하여 주류법의 규정에 의한 주류를 제조한 청구법인에 대하여, 동 주류가 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서에 해당한다고 하여 청구법인이 89.1.16 자로 수정신고한 88년 제1기분 부가가치세 의제매입세액 171,152,520원을 공제 부인한 것은 잘못된 처분이라고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.