청구인이 제시한 개발비용산정보고서상 개발비용 등을 쟁점토지의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

쟁점토지의 양도소득금액 계산 시 개발부담금 ◎◎,◎◎◎,◎◎◎원을 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단되나 다만, 청구인이 이 건 경정청구시 청구한 추가 필요비용 중 개발부담금을 제외한 나머지 비용은 도급계약서나 계좌내역 등의 객관적인 서류를 제출하지 못해 추정금액만으로는 필요경비 금액을 확정하여 이를 인정할 수 없어 보이나,

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◇이 쟁점토지에 대한 개발부담금을 산정한 사실이 있고, 청구인도 개발비용산정보고서상의 지출증빙을 모두 보관하고 있지 않으나 일부 증빙을 가지고 있으므로 처분청에서 청구인이 경정청구한 비용에 대해 실제 지출여부를 다시 확인하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.10.29. OOO 창고용지 1,942㎡, 같은 곳 10-16 창고용지 309㎡, 같은 곳 10-19 창고용지 468㎡, 같은 곳 26-7 창고용지 524㎡, 같은 곳 26-12 창고용지 729㎡등 5필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ㈜OOO에 OOO원에 양도한 후 2015.12.30. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고?납부하였다.

나. 청구인은 쟁점토지에 대한 과거 개발비용 등 OOO원에 관한 지출서류를 일부 찾게 되어 2018.11.22. 당초 양도소득세 신고 시 누락된 필요경비를 추가로 산입하여 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 청구인이 관련 필요경비를 인정할 만한 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 것으로 보아 2019.1.15. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 개발비용산정보고서상의 지출증빙을 모두 보관하고 있지 않으나 일부 증빙을 가지고 있으며, 해당 공사 관계자 중 일부는 아직도 계속사업을 영위하고 있어 청구인의 요청으로 확인할 수 없더라도 처분청에서 해당 사업자의 부가가치세 신고내역 등으로 실제 공사여부를 확인할 수 있다.(가) 개발비용산정보고서의 목적은 양도소득세 신고용이 아니라 개발부담금 산정이 목적인데 청구인이 개발비용을 과대평가하여 OOO에 신고해 개발부담금을 많이 납부할 이유가 없다.(나) OOO은 2001.8.10. 청구인이 개발비용으로 보고한 금액 OOO원에 대하여 지출사실이 확인되지 않거나 개발비용으로 인정할 수 없다고 하여 개발비용을 OOO원으로 산정하였던 사실도 있다. 그렇다면 OOO이 개발비용으로 산정한 금액은 개발비용 지출사실 확인 및 그 금액 산출에 관한 법령을 준수하여 산정한 결과이므로 최소한 OOO이 산정한 금액은 실제 지출한 개발비로 인정하여야 한다.

(2) 또한, 산정계약서 작성비용과 부지사토처리비용의 경우 처분청에서 해당 사업자의 부가가치세 신고내역 등을 확인해서 인정해 줄 수 있는 사항이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 개발비용산정보고서의 개발비용 OOO원을 필요경비 인정하여 줄 것을 주장하나, 개발비용산정보고서상의 개발비용은 개발부담금 산정을 위해 개발비용을 추정한 금액일 뿐 개발비용이 실제 지급된 것이 아닌 것으로 필요경비는 청구인에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 청구인이 지배하는 영역 안에 있는 것으로 관련 개발비용이 지출되었음이 확인되는 도급계약서나 계좌내역 등의 객관적인 서류를 제출하지 않아 추정금액만으로는 필요경비 금액을 확정하여 자본적 지출액으로 인정할 수 없는 바, 확인되지 않은 필요경비를 부인한 당초 처분은 정당하다.

(2) 또한, 청구인은 산정계약서 작성비용 OOO원 및 부지사토처리비용 OOO원은 20여 년이 지나 관련 증빙을 보관하지 못하였으므로 처분청에서 거래처 신고내역을 통해 확인하여 필요경비 인정하여 줄 것을 주장하나, 청구인이 쟁점토지를 소재지로 하여 사업자등록을 한 이력이 없어 처분청 역시 청구인과 거래처 간의 거래관계를 확인할 수 없는 바, 이 역시 필요경비로 인정하기 어려우므로 필요경비를 부인한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 제시한 개발비용산정보고서상 개발비용 등을 쟁점토지의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법제97조[양도소득의 필요경비 계산]

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령제163조[양도자산의 필요경비]

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

(3) 소득세법 시행규칙제79조[양도자산의 필요경비 계산등]

① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 2015년 귀속 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

(2) 청구인의 경정청구에 대하여 처분청은 다음과 같이 회신하였다.

(3) 청구인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다.(가) 개발비용산정보고서OOO(나) OOO의 ‘개발부담금 고지전심사청구결과 및 예정통지 정정 통보’ 공문OOO에 따르면 심사결과 개발부담금이 OOO원으로 통지되었고, 개발부담금산정조서상 개발비용은 아래와 같이 OOO원으로 나타난다.(다) 기타비용 영수증으로 대체조림비 납입영수증OOO, 임금표 2매OOO, 간이영수증OOO, 인허가보증보험 보험료영수증OOO 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 필요경비로 인정할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하지 않아 이를 인정할 수 없다는 의견이나, OOO이 청구인에게 통보한 ‘개발부담금 고지전심사청구결과 및 예정통지 정정 통보’, ‘납부고지정정통지서’에 의하면 청구인이 OOO에 부담할 개발부담금이 OOO원으로 정정되어 청구인이 부담하여야 할 필요경비로 확인되므로 쟁점토지의 양도소득금액 계산 시 개발부담금 OOO원을 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.다만, 청구인이 이 건 경정청구시 청구한 추가 필요비용 중 개발부담금을 제외한 나머지 비용은 도급계약서나 계좌내역 등의 객관적인 서류를 제출하지 못해 추정금액만으로는 필요경비 금액을 확정하여 이를 인정할 수 없어 보이나, OOO이 쟁점토지에 대한 개발부담금을 산정한 사실이 있고, 청구인도 개발비용산정보고서상의 지출증빙을 모두 보관하고 있지 않으나 일부 증빙을 가지고 있으므로 처분청에서 청구인이 경정청구한 비용에 대해 실제 지출여부를 다시 확인하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.