매입세금계산서상 공급시기가 사실과 다를 경우 매입세액 공제 여부(기각)

기한연장 증빙이 없는 경우 준공검사완료일이 공급시기인바, 매입세금계산서상 공급시기가 사실과 다를 경우에 해당하므로 매입세액을 불공제 함이 타당함

1. 사실 청구법인은 충북 음성군 삼성면 OO리 O OOOO에 본점을 두고 청구외 한국도로공사와의 87.5.26.자 협약에 따라 청구법인이 운영하였던 기존 “OOO휴게소”를 철거한 후 청구법인의 부담으로 강원도 평창군 도암면 OO리 OOOOO OOOO에 “OOO(상)휴게소”와 “숙소” 같은곳 OOOOO OOOO에 “OOO(하)휴게소”(이하 “이 건 휴게소시설물”이라 한다)”를 신축하여 그 준공과 동시에 위 도로공사에 기부채납하고 당해 시설물을 운영하고 있는 법인인 바, 청구법인이 위 시설물 건설용역과 관련된 매입세금계산서 2매를 청구외 OO건설주식회사등으로부터 88.7.29. (비상발전기 2대 공급가액 30,000,000원) 및 88.8.8. (건설공사 공급가액 1,727,272,727원)자로 교부받아 당해 매입세액을 88년 제2기분 부가가치세 예정신고시 매출세액에서 공제하여 신고한데 대하여, 처분청은 위 휴게소 시설물의 준공일이 건축물관리대장상으로 88.5.7. 및 88.6.30.로 나타남을 볼 때, 청구법인이 88.7.29. 및 88.8.8.자로 수취한 위 세금계산서는 그 공급시기가 사실과 다른 계산서에 해당된다 하여 당해 매입세액의 공제를 배제하고 89.2.4.자로 청구법인에게 88년 제2기분 부가가치세 환급금 2,000,000원을 경정결정 하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 한국도로공사에 기부채납할 OOO휴게소를 건축하고자 87.7.3. 청구외 OO건설주식회사와 88.6.30. 준공을 예정으로 건축도급계약을 체결한 바 있으나 건축과정에서 설계변경등의 부득이한 사유로 위 준공예정일에 준공하지 못하고 같은해 8.8. 준공하게 되어 이 날자에 발행된 위 공사대금 지급에 관련된 세금계산서상의 매입세액 172,727,273원과 같은해 7.29.자 발전기 매입에 관련된 매입세액 3,000,000원, 합계금 175,727,273원을 88년 제2기 부가가치세 예정신고기간의 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제하였는데 처분청은 위 건축공사와 관련된 매입세액은 공급시기 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액이고, 위 발전기 매입관련 매입세액은 본사 명의로 수취한 세금계산서상의 매입세액을 지점사업장에서 공제한 것이라는 이유로 공제되는 매입세액으로 각 인정하지 아니하였음은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 청구외 OO건설주식회사에 도급한 OOO휴게소의 준공일이 88.8.8.이어서 이날이 건설용역의 공급시기가 되는 것이어서 이날자에 공사대금과 관련하여 교부받은 세금계산서(공급가액 1,727,272,727원)는 정당한 세금계산서이므로 관련매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하나, 위 건축물에 대한 준공검사 필증의 기재내용에 의하면 OOO휴게소(하)는 88.5.7.에, OOO휴게소(상)은 같은해 6.30.에 각 준공되었음이 확인되고 이 건축물을 기부받은 한국도로공사의 “부대사업자산취득가액결정 및 자산편입” 기재내용에 의하여도 위 사실이 확인되므로 위 건축물공사 관련 매입세액은 거래시기 이후에 발행한 세금계산서상의 매입세액임이 인정된다. 다음으로, 88.7.29.자 발행된 발전기 매입관련 세금계산서가 공급시기에 발행된 세금계산서인지 여부를 보면, 전시 한국도로공사의 부대사업자산취득 가액결정 및 자산편입서에 88.6.30. 기부받은 것으로 기재되어 있어 위 발전기 관련매입세액 역시 공급시기 이후에 발행된 세금계산서상의 매입세액임이 인정되므로 위 관련매입세액 175,727,273원은 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액으로서 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 쟁점은 이 건 매입세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 당해 매입세액을 공제배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

이 건 관련법규를 살펴보면, 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조 제1호에서 통상적인 용역을 공급하는 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 규정하고 있고, 같은법 제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 제1항에 규정하는 공급시기에 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있으며, 같은법 제17조 제2항 제1호에서 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 제시하는 87.7.3.자 청구법인과 청구외 OO건설주식회사간에 작성한 OOO휴게소 신축공사 도급계약서 기재내용에 의하면, 공사도급금액 1,900,000,000원(부가가치세 포함)을 준공불로 1회지급키로 약정한 것으로 나타남을 볼때 이 건 건설용역의 공급시기는 역무의제공이 완료되는 때 즉 준공검사완료일임을 알 수 있다(국세청 부가 1265-2199, 84.10.18. 동지).

이에 따라 이 건 휴게소시설물의 준공일이 언제인지를 살펴보면, 청구법인은 실제준공일이 88.8.8.임을 주장하며 이에 대한 증빙으로 청구외 OO건설주식회사와의 공사준공기한연장에 관한 88.5.28.자 합의서(당초 준공일 88.6.30. 변경준공일 88.8.31) 및 청구외 OO건설주식회사의 88.8.5.자 준공검사원(준공일자 88.8.8.)을 제시하고 있으나, 위 합의서를 보면, 공사준공기간을 연장하게된 구체적인 사유가 없이 막연히 연장한 것으로 나타남을 볼 때 그 신빙성을 인정하기 어려운데 비하여, 이 건 휴게소 시설물에 관한 건축물관리대장, 준공신고서 및 준공검사필증, 청구법인이 청구외 한국도로공사에 제출한 준공계(OO본제83호 88.1.30. OO본제431호 88.5.24. OO본제656호 88.7.10)의 각 기재에 의하면, 상휴게소는 88.1.17, 하휴게소는 88.5.7. 상휴게소의 숙소는 88.6.30.자로 각 준공되었음이 확인되고 있을 뿐 아니라 청구외 한국도로공사가 87.5.26.자 협약서 제13조의 규정에 의거 청구법인으로부터 이 건 휴게소시설물을 기부받은 날이 당해 시설물의 준공일인 88.5.7. 및 88.6.30.임을 확인(영업시 721-234, 89.1.9)하고 있음을 볼 때 이 건 휴게소시설물의 최종준공일은 88.6.30.이라고 볼 수 밖에 없다 하겠다. 그렇다면 이 건 건설용역의 공급시기는 전시법조에 의거 준공검사완료일로 인정되는 위 88.6.30.이라 할 것이므로 청구법인이 88.8.8. 및 88.7.29.자로 교부받은 이 건 매입세금계산서 2매는 그 공급시기가 사실과 다른 것임을 알 수 있다.

따라서 처분청이 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의거 이 건 매입세액을 공제배제한 당초처분은 적법타당하므로 이를 다투는 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.