종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

법률의 헌법 위반 여부는 헌법재판소에서 심리ㆍ판단하여야 할 영역인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.12.15. 2016년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 종합합산과세 및 별도합산과세 대상 토지에 대하여 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3 제1항 및 제2항(이하 “쟁점시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하여 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각각 신고.납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2021.12.15. 쟁점시행령 조항이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한 상위 법률인 「종합부동산세법」 등에 위배된다고 주장하며 기납부한 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.2.17. 이를 거부처분하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점시행령 조항에서 종합부동산세와 재산세가 이중과세되는 부분은 모법인 「종합부동산세법」과 헌법에 위배되어 무효이므로, 2016년 귀속 종합부동산세를 산출할 때에도 공제할 재산세액을 쟁점시행령 조항에 따라 계산할 것이 아니라 “(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율”의 산식을 적용하여 계산하여야 하는바, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

헌법재판소는 이중과세 조정의 수준은 물론이고 이중과세를 조정할 규정을 둘 것인지 여부도 입법재량으로 보고 있고, 「종합부동산세법」 및 쟁점시행령 조항에서 정한 이중과세의 조정은 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적인 조정모형인바, 쟁점시행령 조항이 위법함을 전제로 한 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하는 산식의 “[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]” 부분을 “[(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]”로 적용하여 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급하여야 한다고 주장한다.

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산식 관련규정의 개정경과는 다음과 같다. (가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표

(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다. (나) 그런데 종전시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단OOO하였다. (다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전시행령 산식을 아래 OOO와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 6억원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시행령 조항은 모법인 「종합부동산세법」과 헌법에 위배되어 무효이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제14조 제3항 및 제6항에서는 종합부동산세 ‘과세표준’ 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제한다고 규정하고 있는 점, 같은 법 제14조 제7항에서 종합부동산세액 계산에 필요한 사항을 대통령령으로 위임하고 있는 점, 그 위임을 받은 쟁점시행령 조항에서는 그 공제범위에 따른 구체적인 공제금액을 산출하기 위한 계산식을 규정한 것으로서 위임입법의 범위를 벗어난 것으로 보기 어려운 점, 대법원이 쟁점시행령 조항이 위법·무효라는 판결을 확정한 사실이 없는 점, 법률의 헌법 위반 여부는 헌법재판소에서 심리.판단하여야 할 영역인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제12조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제13조(과세표준)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4(공정시장가액비율)

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 제5조의3(토지분 종합부동산에의 재산세 공제)

① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율

종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율

별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 일부개정되기 전의 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액