쟁점매입세액을 등록 전 매입세액으로 보고 불공제한 처분의 당부

부가가치세법 제8조 제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 그로부터 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 부가가치세법 제8조 제1항에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 면세사업자는 그 등록의무가 없으므로 여기서 말하는 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 본이 타당하므로, 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 동 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수는 없음(대법원 2004.3.12. 선고 2002두51416 판결)

1. 처분개요

가. 청구인 OOO(공동사업자, 이하 “청구인들”이라 한다)은 2017.11.15. 상호를 OOO, 업종을 주택신축판매업으로 하여 부가가치세 면세사업자로 등록하고, 2019.1.21. 사업장 소재지인 OOO에 지하 1층 및 지상 14층의 오피스텔(78호, 이하 “이 건 오피스텔”이라 한다)를 신축하였으며, 2019.1.22. 부가가치세 과세사업자로 등록을 정정신청하였다.

나. 청구인들은 2019.1.25. 2018년 제2기의 매출세액과 매입세액을 OOO원으로 하여 부가가치세를 신고하였다가, 이 건 오피스텔과 관련하여 2018년에 발생한 공사비의 매입세액 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액OOO에서 공제하여, 2019.9.26. 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 기한후 신고하고, 2020.1.9. 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급을 경정청구하였다.

다. 처분청은 쟁점매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보고 2020.3.4. 경정청구를 거부한 다음, 2020.4.29. 기한후 신고분에 대한 매입세액 불공제를 결정하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2020.3.25. 이의신청을 거쳐 2020.7.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 사업자등록 신청을 한 2017년도에는 과세관청과 조세심판원도 주거용 오피스텔을 주택으로 보던 시기였으므로 청구인들은 면세사업자로 신청하였고, 이어 2018년의 신축공사비에 대한 매입세액도 주택관련 매입세액이므로 공제신청을 하지 않았다. 그러나 2019.1.21. 준공된 이 건 오피스텔은 실지 이용실태와 다르게 업무용으로 등재되었고, 당시 오피스텔은 주택에 해당하지 않는다는 조세심판원의 결정도 있어서 준공 다음날인 2019.1.22. 과세사업자로 정정하였다.

(2) 면세사업자로 등록한 시기에는 과세관청이나 조세심판원도 실질과세원칙을 적용하여 주거용 오피스텔을 주택으로 본 시기였으므로 처분청도 면세사업자로 사업자등록증을 교부하였고, 그 이후 공사를 하던 기간에는 조세심판원이 해석을 변경하였지만 종전 결정에 따른 오피스텔 신축판매업자들에 대해서는 미등록가산세, 미교부가산세, 매매차익예정신고 무신고가산세 등을 면제하도록 하였다.

(3) 청구인들은 오피스텔을 주거용으로 신축하였지만 공부상 업무용으로 등재되었기 때문에 준공일 다음날에 과세사업자로 정정신고를 하였고, 사업자등록 의무와 관련하여 조세심판원에서 미등록가산세를 면제해 주는 사례가 있음에 비추어 볼 때 청구인들이 납세의무를 해태하였다고 볼 수는 없다. 결과적으로 처분청이 당초 면세사업자로 사업자등록증을 교부하였으면서 청구인들이 건물 준공시 과세사업자로 정정하게 된 원인과 사유를 감안하지 아니하고 처음부터 오피스텔 신축은 일반과세자로 등록의무가 있다고 주장하는 것은 법리 적용과 동일한 납세자들과의 형평성에 어긋나는 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」은 제39조 제1항 제8호에서 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하면서, 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

(2) 이 건의 경우

① 청구인들이 면세사업자에서 과세사업자로 사업자등록을 정정신청한 날이 2019.1.22.로 확인되므로 쟁점매입세액을「부가가치세법」 제39조제1항 제8호 단서 조항에 의한 공제대상 매입세액으로 볼 수 없는 점,

② 청구인들은 해당 매입세금계산서를 면세사업자 등록번호로 수취하고 부가가치세 신고가 아닌 「소득세법」에 따른 사업장현황신고를 한 점,

③ 국세청은 주거용 오피스텔에 대해 일관되게 부가가치세를 과세하였으므로 세법 해석에 있어 이견이 있었다고 볼 수는 없는 점,

④ 조세심판관합동회의 결정(2017서991, 2017.12.20.)이 「부가가치세법」에서 규정하고 있는 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다는 사실을 부인하고 있다고 보기는 어려운 점 등을 고려하면, 쟁점매입세액은 등록 전 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점매입세액을 등록 전 매입세액으로 보고 불공제한 처분의 당부나. 관련 법률부가가치세법제8조(사업자등록)

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 다음과 같이 2017.11.15. 면세사업자로 등록신청하고, 2019.1.22. 과세사업자로 그 등록을 정정신청하였다.

(2) 한편 청구인들은 이 건 오피스텔과 관련하여 2018년에 발생한 공사비에 대한 매입세금계산서를 면세사업자 등록번호OOO로 발급받고, 아래와 같이 2018년 제2기의 매출세액과 매입세액을OOO으로 하여 부가가치세를 신고하였다가, 그 매입세액을 OOO원으로 하여 2018년 제2기 부가가치세를 경정청구한 다음, 2018년 제1기의 매입세액을 OOO원으로 하여 2018년 제1기 부가가치세를 기한후 신고하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,「부가가치세법」 제8조제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 그로부터 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바,「부가가치세법」 제8조제1항에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 면세사업자는 그 등록의무가 없어, 여기서 말하는 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당하므로 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 동 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수는 없다고 하겠다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결). 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보고 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.