원천징수된 이자소득세의 환급신청 거부 처분의 당부(기각)

비영리법인이 과세표준 및 세액신고기한이 경과된 사업연도에 원천징수된 이자소득세를 환급하여 달라고 신청하였으나 이를 거부한 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 농업전문인력 육성을 위해 설립된 비영리재단법인으로 2004사업연도 법인세신고기한이 경과된 2005.6.27.에 이르러 원천징수대상 이자소득 170,866,664원에 대하여 발생된 기납부 원천징수세액 25,629,960원(이하 “쟁점이자소득세”라 한다)의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 청구법인의 이자소득세 원천납부에 대한 환급신청의경우법인세법 제62조및같은법시행령 제99조제2항에 의거원천징수로 납세절차가 종결되었음을 이유로 2005.7.8. 청구법인의 환급청구를 거부하는 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.10.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 비영리법인이 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고신고기한을 넘긴 경우에는 이자소득에 대한 원천징수방법으로 납세절차가 종결되는 것으로 통보하였으나, 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 신고기한을 넘긴 경우 이자소득에 대한 원천징수방법으로 종결된다라는규정을 찾아 볼 수가 없어 조세법률주의의 원칙에 반하고, 조세는 집행과정에서 모든 납세자에게 평등하고 공평하게 적용되어야 함에도 환급을 하지 않는 것은 재량권을 일탈·남용하는 등 이 건 처분은 위법하였음이명백하므로 환급청구권을 가진 청구법인의 환급청구를 정당한 것으로인정하여 원천징수세액을 반환하여야 한다.

나. 처분청 의견

비영리내국법인이 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 손금으로계상하여 법인세 신고기한내에 신고하지 아니한 경우 법인세법상 이자소득에 대한 원천징수세액은 원천징수 방법으로 종결되는 것이므로 청구법인의 이자소득에 대한 원천징수세액의 환급신청을 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점비영리법인인 청구법인이 법인세 과세표준 및 세액신고기한을경과하여 당해사업연도에 원천징수된 이자소득세를 환급하여 달라고 신청하였으나,이를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)법인세법 제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.2.소득세법 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자 할인액 및 이익(2)법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체 중 대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 고유목적사업등 이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.1.소득세법 제16조제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

(3)법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에따라당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 세무조정계산서 라 한다)

3. 기타 대통령령이 정하는 서류

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다.

(4)법인세법 제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 이자소득 이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이경우과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5)법인세법시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑧ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(6)법인세법시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인등기부등본 및 정관에 의하면, 청구법인은 2003.5.7. 자산총액 27억원의 비영리재단법인으로 설립되었으며, 회계연도는 OOOO 일반회계의 회계연도에 의한다고 함으로써 과세기간은 매년 1.1～12.31.임을 알 수 있다.

(2)청구법인은 2004사업연도 중에 170,866,664원의 이자소득이 발생하여 25,629,960원의 쟁점이자소득세가 원천징수되었음이 원천징수영수증에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은법인세법 제29조에 따라고유목적사업준비금을손금으로 계상할 수 있는 바, 청구법인도 이자소득금액의 한도내에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금으로 산입할 수 있었던 것이며,청구법인이 법인세 신고기한내에 법인세 과세표준 및 세액신고서와 함께 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 처분청에 제출하였다면 쟁점이자소득세를 청구법인에게 환급하는 것이 타당하다고 할 것이나, 청구법인은 법인세 신고기한이 경과한 2005.6.27.에 이르러 법인세 과세표준 및 세액신고서를 작성·제출하고 있음이 처분청의 제시자료(OOOOO OOOO OOOOOOOO, OOOO OOOOOOOOOO)에 의하여 확인된다.

(4) 위의 사실과 관계법령을 종합해 볼 때, 청구법인은 이자소득을고유목적사업준비금으로 손금계상하여 법정신고기한내에 신고하지 아니하였을 뿐더러법인세법 제62조는 비영리 내국법인의 과세표준신고 특례를 규정하면서 쟁점이자소득세와 같이 원천징수된 이자소득에대하여는같은법 제60조제1항의규정에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고를 하지 아니할 수 있다고 규정함과 동시에 동 신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수로서 그 과세절차가 종결되는 것이고 이를 수정신고또는 경정 등에 의하여 다시 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고있는 바, 청구법인은 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금계상하여사업연도의 종료일부터 3월 이내에 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여과세표준과세액을 신고하여야 함에도 이를 이행치 아니함으로써 동 이자소득은 원천징수에 의하여 과세절차가 종결되었다 하겠으므로 처분청이 쟁점이자소득세의 환급을 거부한 이 건 처분은달리 잘못이 없다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OOOO).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.