공동사업 당시 건물 신축에 따른 환급세액의 1/2의 귀속과 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수(경정)

처분청은 이 건의 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 실제 임대개시일이 포함된 과세기간의 개시일을 당해 재화를 취득한 시기로 보고 1996년 제2기 및 1997년 제1기 등 2과세기간을 경과된 과세기간으로 적용하였으나 이 건의 경우 경과된 과세기간은 건물을 신축한 때가 포함된 과세기간의 개시일로부터 기산하여야 할 것이므로 건물의 준공일인 1996.6.22.이 속한 과세기간인 1996년 제1기 과세기간의 개시일로부터 과세특례자로 유형전환되는 과세기간의 직전과세기간인 1997년 제1기까지 3과세기간이 경과된 것으로 보아야 함

1. 원처분 개요청구인은 청구외 OOO와 함께 부산광역시 기장군 기장읍 OO리 OOOOOOOO 대지 680㎡에 지하2층 지상5층의 숙박 및 근린생활시설 1,957.73㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 1996.6.22. 신축하면서 관련 부가가치세 매입세액을 부가가치세 신고시 공제함에 따라 1995년 2기 부가가치세 2,900,000원, 1996년 1기 부가가치세 71,700,000원을 환급받은 사실이 있다.처분청은 청구인이 쟁점건물을 임대사업에 제공하고 신고한 1996년 제2기 확정분 부가가치세 과세표준 3,939,000원을 1역년으로 환산한 결과 48,000,000원에 미달하고 청구인이 세법에 정한 기한인 1997.6.20.까지 과세특례포기서를 제출하지 아니하였으므로 1997.7.1. 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환된 자에 해당된다하여 일반과세자로서 공제받은 쟁점건물 신축시의 매입세액에 대하여 재고납부세액을 과세해야 한다는 부산지방국세청장의 감사결과 시정요구에 따라 1998.6.10. 청구인에게 1997년 2기분 부가가치세 53,675,770원을 경정고지하였다.청구인들은 이에 불복하여 1998.7.16. 심사청구를 거쳐 1998.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장

(1) 부동산임대업을 공동사업으로 운영할 당시 쟁점건물의 신축에 따른 환급세액의 1/2을 1996.5.30. 당시 공동사업자인 청구외 OOO가 수령하였고, 1996.8.30. 청구인이 청구외 OOO 지분을 인수하여 1997.6.25. 사업자등록증을 청구인 단독명의로 정정 교부받았으므로 쟁점건물의 매입세액에 대한 재고납부세액의 1/2은국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 의거 청구외 OOO에게 과세해야 한다.

(2) 쟁점건물은 1996.6.22. 준공검사를 필하였고, 1996.6.20.부터 청구외 OOO가 숙박업을 경영한 사실이 종업원의 확인서에 의하여 확인되므로 일반과세자에서 과세특례자로 변경됨에 따라 납부하게 되는 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수는 1996.1기, 1996.2기, 1997.1기 등 3과세기간으로 하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인과 청구외 OOO는 쟁점건물을 신축하면서 공동사업자로 사업자등록을 하였으나, 건물 준공후 소유권보존등기를 하면서 청구외 OOO의 지분을 매입하였고, 부동산 임대사업에 대한 사업자등록을 청구인 단독명의로 변경하였는 바, 부가가치세는 사업장마다 납부 또는 부과·징수하는 것이므로 처분청이 이 건 과세 당시 사업자등록 사항에 따라 청구인에게 재고납부세액을 과세한 처분은 정당하다고 할 것이다.

(2) 재고납부세액계산시 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화를 공급된 것으로 보는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보는 것이고, 이 경우 취득한 날은 당해 재화를 실제 사업에 사용한 날이다(같은 뜻, 국세청 소비 22601-97, 1989.1.27.).청구인은 쟁점건물중 숙박시설을 1996.6.1. 청구외 OOO에게 임대계약을 하고 1996.6.20. 명도하였으므로 쟁점건물에 대한 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수는 3과세기간이라고 주장하면서 그 증거자료로 부동산임대차계약서를 제출하고 있으나, 쟁점건물의 건축물관리대장상 사용승인일이 1996.6.22.인 점, 숙박업허가·등록·신고 관리대장에 최초 허가일자가 1996.7.19.인 점, 청구인이 최초 과세기간의 부가가치세 신고시 임대사업의 개시일을 1996.10.25.로 기재한 점 등으로 미루어 볼때, 청구인이 쟁점건물에 대한 임대사업의 개시일을 1996.6.20.이라고 주장하는 것은 신뢰하기 어렵다고 할 것이므로, 쟁점건물이 부동산 임대사업에 사용된 날을 1996년 2기 중인 1996.10.25로 보아 경과된 과세기간의 수를 2과세기간(1996.2기와 1997.2기)으로 하여 재고납부세액을 계산한 당초 과세처분은 적법한 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 공동사업 당시 쟁점건물 신축에 따른 환급세액의 1/2을 공동사업자가 수령한 경우 과세특례자로 유형전환시 재고납부세액의 1/2은 과거 공동사업자에게 과세해야 하는 것인지 여부

(2) 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수를 2로 하여야 하는지 3으로 하여야 하는지 여부나. 관계법령부가가치세법 제25조【간이과세 및 과세특례】 제1항 본문은 「다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과·징수한다. (단서 생략)」고 규정하고 있고, 그 제2호는 「직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)」를 규정하고 있으며, 같은조 제2항은 「직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다.

(이하 생략)」고 규정하고 있고,같은법시행령 제74조【간이과세 및 과세특례의 범위】 제1항 본문은 「개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.」고 규정하고 있으며, 그 제1호는 「대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때」를 규정하고 있고,부가가치세법 제26조의 2【재고매입세액가산】는 「일반과세자가 간이과세자 또는 과세특레자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.」고 규정하고 있으며,같은법시행령 제74조의 4【간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산 특례】 제3항 본문은 「일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

(이하 생략)」고 규정하고 있고,같은법시행령 제49조제1항 본문 후단은 「이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 10을 초과하는 때에는 10으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은조 제4항은 「제1항 및 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 본다.」고 규정하고 있고,같은법 제3조제1항은 「사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음과 같다. 제1기 1월1일부터 6월30일까지제2기 7월1일부터 12월30일까지」를 규정하고 있다다. 쟁점(1)에 대하여청구인은 쟁점건물 신축당시 공동사업을 운영하고 있었고 부가가치세 환급세액의 1/2은 동업자가 수령하였으므로 이 건 과세유형전환에 따른 재고납부세액도 환급당시의 동업자에게 1/2을 과세해야 한다는 주장이다. 살피건대,부가가치세법시행령 제74조의4제3항 본문에 의하면 과세유형이 전환되는 사업자는 재고납부세액을 납부해야 한다고 규정하고 있는데 이 건의 경우 청구인이 과세유형전환이 되는 사업자에 해당되므로 청구인에게 재고납부세액을 과세하는 것이 타당하다고 할 것이고, 뿐만 아니라 당초 쟁점건물 취득에 따른 매입세액을 환급할 당시에도 공동사업자 각각의 명의로 환급한 것이 아니라 당해 사업장의 공동사업 대표자의 명의로 환급한 것이므로 당초 과세처분이 타당하다.

라. 쟁점(2)에 대하여청구인은 이 건 재고납부세액계산시 경과된 과세기간의 수는 2과세기간이 아니라 3과세기간이라는 주장이다. 살피건대 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우 재고납부세액 계산에 관한 규정인부가가치세법시행령 제74조의4제3항의 “경과된 과세기간의 수”를 계산함에 있어 경과된 과세기간의 기산시기는 타인으로부터 매입한 자산의 경우 “취득한 때”이고 사업자가 직접 제작 건설 또는 신축한 자산의 경우는 “당해 자산의 제작, 건설 또는 신축한 때”이며같은법시행령 제49조제4항의 규정에 의하여 그 시기가 포함된 과세기간의 개시일로 보아야 할 것이지 당해 사업용자산을 취득한 후 처음으로 사업을 개시한 때가 포함된 과세기간의 개시일로 보는 것은 불합리하다 할 것이다.(같은 뜻 : 국심 94전 3127, 1994.5.3.) 처분청은 이 건의 재고납부세액 계산시 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 실제 임대개시일이 포함된 과세기간의 개시일을 당해 재화를 취득한 시기로 보고 1996년 제2기 및 1997년 제1기 등 2과세기간을 경과된 과세기간으로 적용하였으나 이 건의 경우 경과된 과세기간은 쟁점건물을 신축한 때가 포함된 과세기간의 개시일로부터 기산하여야 할 것이므로 쟁점건물의 준공일인 1996.6.22.이 속한 과세기간인 1996년 제1기 과세기간의 개시일로부터 과세특례자로 유형전환되는 과세기간의 직전과세기간인 1997년 제1기까지 3과세기간이 경과된 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 이 건 재고납부세액계산시 경과된 과세기간의 수를 2로 하여 과세한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

마. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.