청구법인이 특별소비세 과세물품인 전분당 제조를 위해 사용한 옥수수의 의제매입세액이 공제되는지 여부(취소)

처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 규정을 이유로 청구법인이 신고한 전분당 제조에 사용한 옥수수의 의제매입세액 공제를 거부한 처분은 위법한 처분임

1. 사실 청구법인은 인천시 서구 OO동 OOO에 사업장을 두고 부가가치세 면세 재화인 옥수수로 전분당을 제조, 판매하는 법인으로서 88년 1기 부가가치세 과세기간에 특별소비세 과세물품인 전분당의 제조를 위해 매입한 옥수수에 대한 의제 매입세액을 공제하여 수정신고한데 대하여, 처분청은 특별소비세 과세 물품인 전분당의 제조를 위해 사용한 옥수수의 의제매입세액은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 의하여 의제매입세액이 공제되지 아니한다 하여 89.3.6자로 의제매입세액의 공제를 거부하는 처분을 하자, 이에 불복 전심절차를 거쳐 89.7.25 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구법인 주장 부가가치세가 면제되는 재화를 원재료로 하여 특별소비세 과세 물품을 제조하는 경우에 의제매입세액을 공제하지 아니하도록 한 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서는 모법의 위임근거 없는 무효의 규정이므로, 위 규정을 근거로 하여 의제매입세액 공제를 거부한 처분은 부당하오니 청구법인이 신고한 의제매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다” 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제62조 제1항에서 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입가액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만 별표 3. 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있고 별표 3 제4호에서 특별소비세가 과세되는 물품은 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 규정하고 있으므로 처분청이 전시 법조에 의거 청구법인이 공급받은 전분당제조에 사용된 옥수수에 대하여 의제매입세액 공제를 배제한 당초 처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.]

4. 쟁점 본 건의 다툼은 청구법인이 특별소비세 과세물품인 전분당 제조를 위해 사용한 옥수수의 의제매입세액이 공제되는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액 공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표 3에 기재된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액 공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니 할 수 없다. 왜냐하면 부가가치세법 제17조 제3항이(... 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다)고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이(...

매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은... 농산물... 의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다)고 하고 있는바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만, 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로서 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으나, 위 단서 규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다. (대법원 86누 734, 87.12.22등 다수의 판결례도 동지임) 그러하다면 처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 규정을 이유로 청구법인이 신고한 전분당 제조에 사용한 옥수수의 의제매입세액 공제를 거부한 처분은 위법한 처분이라 아니할 수 없다 하겠다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.