매입누락 금액을 매매총이익율로 매출액을 환산하여 과세한 처분의 당부(기각)

세무조사 대상법인이 기신고한 부가가치세 신고내역 등이 정상적인 영업활동을 반영하고 있다고 보기 어려워 업종별 매매총이익율로 환산하여 부가가치세 등을 부과한 처분은 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.1.5.부터 OOOOOOOO 도매업을 영위하고 있는 사업자(2007.9.7. 직권폐업)이나 2006년 귀속 법인세 등을 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2006년 제2기 부가가치세 신고시 매입액 2,213,397천원(이하 “쟁점매입금액”이라 하다)에 대한 매출과표 신고내역이 없는 사실에 대하여 부가가치세 조사를 실시한 후 쟁점매입금액을 매매총이익율로 매출액을 환산하여 부가가치세를 경정하고, 폐업한 소기업에 해당하는 단순경비율로 법인세를 추계하여 법인세를 부과한 후 추계소득금액에 대하여는 대표자 상여로 소득처분하여 2009.2.6. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 229,180,930원, 2006년 제2기 부가가치세 185,722,770원을 결정고지하고 2009.2.12. 청구법인에게 2006년 귀속 699,201,314원을 소득금액 변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

① 쟁점매입금액은 청구법인이 실제 판매한 것이 아니라 모두 도난당하였으므로 청구법인에게 고지된 부가가치세 및 법인세는 취소하여야 한다.

② 처분청이 매매총이익율로 환산하여 결정한 부가가치율은 31.8%에 해당되어 일반적인 도매업의 부가가치율 15%를 초과하고 있으므로 청구법인이 정상적으로 영업한 2006년 제1기 부가가치율인 13.2%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

① 청구법인은 쟁점매입금액에 해당하는 컴퓨터 1,529대 및 모니터 등을 도난당하였다고 주장하면서 대표이사 확인서를 제출하고 있으나 확인서 외 도난사실을 입증할 구체적인 증빙은 제시하지 못하고 있어 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

② 청구법인은 업종별 매매총이익율인 31.8%를 적용하여 매출환산한 처분이 부당하다고 주장하면서 청구법인의 직전기 부가가치율인 13.2%를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 직전기 신고 또한 정상적인 영업활동을 반영하고 있다고 보기 어려워 업종별 매매총이익율로 환산하여 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 매입한 상품을 모두 도난당하였으므로 청구법인에게 부과된 부가가치세등을 취소하여야 하는지 여부

② 매출총이익율을 적용하여 매출액을 환산하여 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 “사업장 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 사업장 관할 세무서장등은 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(2)부가가치세법 시행령 제69조【추계결정ㆍ경정방법】

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법가. 생산에 투입되는 원ㆍ부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량나. 인건비, 임차료, 재료비, 수도광열비, 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

② 제1항의 규정에 의하여 납부세액을 계산함에 있어서 공제하는 매입세액은 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 명백한 분에 대한 것에 한한다. 다만, 재해 기타 불가항력으로 인하여 교부받은 세금계산서가 소멸됨으로써 이를 제출하지 못하는 때에는 그러하지 아니하다.

(2)법인세법 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(3)법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액다. 사업수입금액에「소득세법 시행령」제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다.(가) 청구법인은 청구법인의 대표가 2006.6.14. 음반·비디오물 및 게임물에 관한 법률위반혐의로 구속되어 2007.8.13. 만기 출소하였는바, 대부분의 직원들이 구속되거나 도피중에 있어 2006년 제2기 부가가치세 신고를 할 수 없게 되었는데, 청구법인은 PC방에 공급하는 컴퓨터 및 모니터를 (O)OOOOOO에 보관하였는데 (O)OOOOOO은 창고에 보관중인 청구법인의 물품을 모두 도난당하였으나 경황이 없어 제대로 대처하지 못하였으므로 쟁점매입액을 도난당한 사실이 있음에 불구하고 매출한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 증거자료로 청구법인 대표의 출소증명서, 물품창고 도난사실확인서, 업무대행계약서 사본, 도난내용 목록 등을 제출하고 있다.(나) 청구법인이 증거자료로 제출한 수용(출소)증명서를 보면 청구법인의 대표가 2006.6.14. 구속되어 2007.8.13. 형기가 종료된 것으로 나타나고 있으나, 청구법인과 물품보관업체인 (O)OOOOOO과 체결한 업무대행계약서를 보면 청구법인이 매입한 상품을 (O)OOOOOO이 보관한다는 내용의 기재가 없는 것으로 나타나고 있고, (O)OOOOOO이 상품을 도난당한 사실을 경찰에 신고한 내용 및 청구법인이 (O)OOOOOO에게 손해배상 등을 청구한 사실 등의 증빙자료는 확인되지 아니하고 있다.(다) 따라서,쟁점매입금액에 해당하는 물품이 도난당한 사실과 관련하여 청구법인이 제출한 확인서 외는 객관적인 증거자료가 나타나지 아니하므로 부과된 부가가치세 등을 취소하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 쟁점 ②에 대하여 본다.(가) 청구법인은 매출액을 매매총이익율로 환산하여 부가가치세를 결정하더라도 매매총이익율이 31.8%에 해당되어 도매업의 부가가치율 15%를 초과하고 있으므로 청구법인이 정상적으로 영업한 2006년 제1기 부가가치율인 13.2%를 적용하여야 한다고 주장하면서 법인세 기한후 신고서 사본, 2006년 제1기 부가가치세 신고서 사본 등을 제출하고 있다.(나) 처분청은 매매총이익율(동종업종의 매매총이익율은 31.8%)로 청구법인의 매출액을 환산(환산가액 3,173,478,369원)하여 부가가치세를 경정하고, 법인세는 청구법인이 폐업(2007.9.7. 폐업)한 소기업에 해당하는 것으로 보아 단순경비율(92.7%)을 적용하여 과세한 사실이 심리자료에 나타나고, 처분청은 이 건 조사 당시 청구법인을 실지조사하려고 하였으나 청구법인의 대표는 구속된 상태에서 장부 등의 서류제출 등이 미비하여 청구법인의 직전기의 영업상황도 정상적인 신고내용으로 보기 어렵다는 의견이다.(다)「부가가치세법」제21조제1항에 사업장 관할세무서장이 사업자의 부가가치세 과세표준과 납부세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 하나 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비한 때는 추계에 의하여 경정할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제69조 제1항 제4호 라목에는 “일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율로 정한 매매총이익율”에 의하여 추계결정 할 수 있도록 규정하고 있다.(라) 따라서, 처분청이 업종별 매매총이익율로 매출액을 환산하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.