토지가 수용된 경우 토지수용위원회의 재결일을 양도시기로 볼지 여부(기각)

수용보상금이 지급되기 전 소유권이전 등기가 접수된 경우 당해 소유권이전등기일을 쟁점 토지의 양도시가로 판단함

1. 처분개요

청구인의 아버지 류OO(1924.4.1 출생하여 2002.11.22 사망함, 이하 “피상속인”이라 한다)는 OOOOO OO OOO OOOOOO OOO 전 6,792㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 1999.1.7 OOOOOO(이하 “OOOO”라 한다)에 양도(수용)한 후, 1999.12.29 OOOO OOO OOO OOO OOOO OOO 전·답 8,809㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였다. 처분청은 2000.6월 쟁점농지의 양도를 농지의 대토로 보아 비과세결정하였다가 쟁점농지의 양도가 농지의 대토에 대한 비과세요건에는 해당되지 아니하나 8년이상 자경한 농지에는 해당되는 것으로 보아 8년이상 자경농지로 감면되는 3억원을 초과하는 부분에 대하여, 2004.4.3 상속인인 청구인외 4인에게 1999년도분 양도소득세 304,394,590원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.6.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 토지수용법 제67조 에서 물권변동일을 ‘수용한 날’로 규정하고 있고 OOOOOO위원회의 재결은 수용절차 중에서 종국적이고 가장 중요한 절차로서 행정처분에 해당하므로, OOOOOO위원회에서 재결서를 작성한 1998.12.22을 수용한 날(양도시기)로 봄이 타당하다 할 것이므로, 등기접수일인 1999.1.7을 양도시기로 보아 1999년도분 양도소득세로 처분하는 것은 부당한 바, 쟁점농지를 1998년도에 양도한 것이라면 부과제척기간 5년이 경과하였으므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

(2) 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률의 규정에 의거 개별공시지가는 적정한 표준지 가격에 비준율을 곱하는 방식으로 산정되어야 하고, 표준지 산정에 있어서 소관청(시장, 군수 또는 구청장)이 선정한 표준지보다 가장 유사한 표준지가 있었음에도 이를 배제하여 평가함으로써 쟁점농지의 개별공시지가가 적정가격보다 높게 산정되어 기준시가가 잘못 결정되었는 바, 이는 행정법의 일반원칙인 과세형평의 원칙에도 위반되므로 이 건 처분은 감액되거나 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 소득세법의 규정에 의하면, 부동산의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하며 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 규정되어 있으므로, 쟁점농지는 등기부등본상의 등기접수일 1999.1.7(원인일 1999.1.26)에 OOOO에 소유권이 이전되었고, 무통장입금표에 의하면 1999.1.13 OOOO가 쟁점농지의 수용보상금 2,603,178,900원을 피상속인(류OO)의 예금계좌에 입금한 사실로 보아, 이 건 부동산의 양도일은 수용보상금을 받은 날과 등기접수일 중 빠른 날인 1999.1.7로 보아야 하므로 소유권이전등기 접수일을 양도일로 하여 이 건 처분한 것은 정당하다.

(2) 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률의 의한 시장·군수·구청장의 개별공시지가의 결정공시사항은 국세청의 소관업무가 아니므로 이들에 대한 청구는 별론으로 하고, 이들에 의해서 적법하게 공시된 개별공시지가를 적용하여 이 건 처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점농지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일로 하여 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점농지의 양도 당시 고시된 개별공시지가가 인근토지에 비해 너무 높으므로 이에 근거한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 같은법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(2) 토지수용법 제67조 【권리의 취득, 소멸 및 제한】

① 기업자는 토지 또는 물건을 수용한 날에 그 소유권을 취득하며 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 소멸한다.

(3) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산 가. 토지 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률의 규정에 의한 공시지가 및 시장 군수 구청장(자치구의 구청장을 말한다)이 동법 제10조 의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 개별공시지가 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

② 제1항 제1호 가목 단서에서 배율방법 이라 함은 양도 취득당시의 개별공시지가에 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 의하여 평가하는 방법을 말한다.

(4) 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조의 2 【개별공시지가의 결정ㆍ공시 등】

① 시장·군수 또는 구청장은 개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금의 부과 기타 다른 법령이 정하는 목적을 위한 지가산정에 사용하도록 하기 위하여 제12조의 2의 규정에 의한 시·군·구토지평가위원회의 심의를 거쳐 매년 공시지가의 공시기준일 현재 관할구역안의 개별토지의 단위면적당 가격(이하 "개별공시지가"라 한다)을 결정·공시하고, 이를 관계행정기관 등에 제공하여야 한다. 다만, 표준지로 선정된 토지, 조세 또는 부담금 등의 부과대상이 아닌 토지 기타 대통령령이 정하는 토지에 대하여는 개별공시지가를 결정·공시하지 아니할 수 있다. 이 경우 표준지로 선정된 토지에 대하여는 당해 토지의 공시지가를 개별공시지가로 본다.

③ 시장ㆍ군수 또는 구청장이 개별공시지가를 결정ㆍ공시하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지의 공시지가를 기준으로 토지가격비준표를 사용하여 지가를 산정하되, 당해 토지의 가격과 표준지의 공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다. 같은법률 제10조의3 【개별공시지가에 대한 이의신청】

① 개별공시지가에 대하여 이의가 있는 자는 개별공시지가의 결정·공시일부터 30日 이내에 서면으로 시장·군수 또는 구청장에게 이의를 신청할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지의 소유권이 이전된 경위를 보면, OOOOOO위원회의 1998.12.22자 쟁점농지가 포함된 ‘OO동호지구 택지개발사업’에 대한 재결서의 주문내용에, ‘

1. 기업자(OOOO)는 위 사업을 위하여 별지1 기재 토지를 수용하고 별지2 기재 물건을 이전하며, 손실보상금은 금 30,847,806,390원(개별보상내역은 별지1, 2 기재와 같이 함)으로 한다,

2. 수용시기는 1999.1.26로 한다’고 되어 있고, 쟁점농지의 등기부등본에는 접수 1999.1.7, 원인 1999.1.26 토지수용, 소유자 OOOOOO로 기재되어 있으며, 무통장입금증에 의하면 OOOO는 1999.1.13 쟁점농지의 수용보상금 2,603,178,900원을 피상속인(류OO)의 예금계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOOO)에 입급한 것으로 확인된다.

(2) 처분청은 피상속인이 쟁점농지가 수용된 후 1년 이내인 1999.12.29 대토농지를 취득하였다 하여 2000.6월 쟁점농지의 양도를 농지의 대토로 보아 비과세결정하고 대토농지에 대하여 사후관리를 하던 중 대토농지가 소득세법 제89조 제4호 및 같은법 시행령 제153조 제2항 제1호의 규정에 의한 3년이상의 자경요건에 해당하지 아니한 사실을 확인하고, 쟁점농지를 8년이상 자경한 농지에는 해당되는 것으로 보아 8년이상 자경농지로 감면되는 3억원을 초과하는 부분에 대하여 1999.1.7을 양도일로 하고 이 시점에 고시되어 있는 개별공시지가에 의하여 양도차익을 계산하여 이 건 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점(1)에 대하여 본다. 전시 소득세법시행령 제162조 에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하는 경우 등에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 하며, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일이라고 규정하고 있는 바, 쟁점농지는 OOOO에 수용된 토지로 1998.12.22 OOOOOO위원회의 재결을 거쳐 등기원인일을 1999.1.26로 하여 1999.1.7 접수되어 소유권이전등기가 되고 양도대금(수용보상금)은 1999.1.13 피상속인에게 지급된 것으로 확인되므로, 이 건의 경우 소유권이전등기접수일인 1999.1.7이 양도시기가 되는 것이므로, 토지수용법 등을 들어 쟁점농지의 양도시기를 OOOOOO위원회의 재결서 시행일(1998.12.22)로 보아야 한다는 청구주장은 이유없다 할 것이다.

(4) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 소득세법 제94조 본문 및 제1호에서 ‘토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득으로 한다’고 규정하면서, 제96조 본문 및 제1호에서 ‘양도가액은 제94조 제1호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해자산의 양도당시의 기준시가로 하되 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다’고 규정하고 있고, 제99조 제1항 제1호 가목에서 ‘토지의 기준시가는 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가로 하되, 개별공시지가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. (나) 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 및 개별토지가격 합동조사지침(국무총리 훈령 제241호)의 규정에 의하여 건설교통부장관 또는 시장·군수·구청장이 결정한 개별공시지가 자체가 부당하거나, 당해 토지의 개별공시지가에 이의가 있는 자는 위 법률 제10조의 3 및 위 조사지침 제12조의 2의 규정에 의한 이의신청 또는 재조사 청구를 하여 구제를 받아야 하는 것이지, 단지 위 소득세법 관련 규정에 의거 당해 토지의 개별공시지가를 적용하여 양도소득세를 부과한 처분에 대해서는 그 개별공시지가가 부당하다 하여 이를 다툴 수는 없는 것(국심OOOOOOOO, 1997.8.22 외 다수 같은 뜻임)이므로, 청구인이 개별공시지가의 소관청(시장, 군수 또는 구청장)이 표준지 선정을 잘못하여 쟁점농지의 개별공시지가가 적정가격보다 너무 높게 잘못 결정되었으므로 이 건 처분이 부당하다는 청구주장은 이유없다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.