매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분의 당부(기각)

처분청이 발급한 사업자등록증명원은 고유번호부여에 대한 확인으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 과세사업등록을 하기 이전에 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없음

1. 원처분 개요 청구법인은 1995.12.20 처분청으로부터 고유번호를 부여받은 비영리 법인(OOOO협동조합)으로서 과세사업으로 등록정정한 바 없이 부동산임대업을 영위하기 위하여 사업설비투자후 1996.12.26 고유번호가 기재된 매입세금계산서를 교부받고 동 세금계산서상의 매입세액(135,563,637원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 96.2기 부가가치세 확정신고시에 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 이건 부가가치세를 경정함에 있어서 쟁점매입세액은 청구법인이 수익사업개시를 위한 사업자등록일인 1997.1.25 이전에 교부받은 세금계산서상의 매입세액이라하여 매출세액에서 불공제하고 이에 가산세를 합하여 1997.11.15 청구법인에게 96년도 제2기 부가가치세 149,120,000원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.1.13 심사청구를 거쳐 1998.4.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 중소기업협동조합법 제67조의 3 의 규정에 의하여 설립된 사업협동조합으로서 OO업체인 8개 조합원에게 임대하고자 물류현대화 시설(토지 18,877㎡, 물류창고 9,880.6㎡)을 신축하였는바, 위 물류센타 신축공사와 관련하여 청구법인은 1996.9.30 청구외 OO개발(주)와 다음과 같이 공사계약을 체결하였다.

○ 계 약 일 : 1996.9.30

○ 공사기간 : 착공 - 1996.10.2, 준공 - 1997.5.31

○ 도급금액 : 74억원 위 OO개발(주)는 공사착공과 동시에 청구법인으로 하여금 공사선급금을 지급하여줄 것을 요구하였으며, 이에 따라 청구법인의 담당자는 1996.10월 공사선급금과 관련하여 세금계산서를 교부받기 위하여 사업자등록증을 찾았으나 이를 찾을 수 없어 전임담당자에게 문의하였던바 분실한 것 같다는 답변을 듣고 처분청에 사업자등록증명원의 교부를 신청하였고, 처분청은 1996.11.4 “사업자등록증명원”을 교부하여 주었으며, 그 증명원상의 등록번호로 청구외 OO개발(주)로부터 세금계산서를 교부(교부일 1996.12.26)받은 것이다. 그 후 청구법인은 1997.1월말경 처분청의 담당공무원으로부터 위 사업자등록증명원의 교부를 신청하여 교부받은 것은 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록증이 아니고 처분청이 고유번호를 부여한 것이므로 사업자등록정정신고를 하라는 지도를 받고, 1997.1월말경에 “사업자등록정정신고서”를 처분청에 제출하여 1997.2.11 사업자등록증을 교부받았으나, 청구법인이 1996.11.4 교부받은 사업자등록증명원상의 등록번호나 1997.2.11 교부받은 사업자등록증상의 등록번호는 다같이 OOOOOOOOOOOO이다. 따라서 사업자등록증명원을 교부받아 그 증명원상의 등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 중소기업협동조합법에 의거 비영리사업을 목적으로 설립된 OOOO협동조합으로 1995.12.20 처분청에서 부가가치세법상 사업자등록번호가 아닌 고유번호를 부여한 바 있고, 사업설비투자를 하면서 부가가치세법상 과세사업에 따른 별도의 사업자등록을 한 바 없이 고유번호가 기재된 매입세금계산서를 수취하였고, 그후 부동산 임대업을 영위하기 위하여 1997.1.25 부가가치세법상 과세사업자로 사업자등록 정정한 바 있다. 따라서 면세사업자로 등록한 사업자가 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니하고 과세사업에 대한 설비투자를 한 경우 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 등록전 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로(부가 1265-945, 1980.5.24 참고) 처분청이 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령 부가가치세법 제5조 제1항에서는 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록을 할 수 있다”고 규정하고, 같은법 제5조 제2항에서는 「사업장관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다」고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제8조 제2항에서는 “관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다”고 규정하고 있다. 같은법 제17조 제2항 본문에서는 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있고, 제5호에서는 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”을 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 처분청에서 고유번호를 지정하여 청구법인에게 통보한 내용을 보면, 처분청은 1995.12.26 청구법인에게 고유번호(OOOOOOOOOOOO)를 지정하여 통보하였다.

(2) 처분청은 청구법인의 사업자등록정정신고서(1997.1.25)에 의하여 1997.2.11 업태 및 종목을 부동산임대로 하여 사업자등록증(등록번호 OOOOOOOOOOOO)을 교부하였다.

라. 적용 및 판단 부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 정부에 등록하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 부가가치세법 제5조 제1항 규정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무있는 자에 한하고 부가가치세 납부의무가 없는 자는 그 등록의무가 없다 할 것이므로 같은법 제17조 제2항 제5호의 규정에 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이다. 그러므로 비영리법인인 청구법인이 고유번호를 교부받았다는 사실만으로는 같은법 제5조 제1항 규정에 의한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수는 없는 것이다. (국심 88서 147, 1988.4.19, 대법원 84누 163, 1984.7.10 같은뜻임) 따라서 비영리법인이 임대사업을 영위하기 위하여 건축물을 신축함에 있어서 별도의 과세사업자로 등록하지 아니하고 과거 부여받은 비영리법인의 면세사업등록번호(고유번호)에 의하여 세금계산서를 교부받은 경우 그 매입세액은 등록전 매입세액에 해당하여 매입세액으로서 공제할 수 없다 할 것이다.

(국심 93경1538, 1993.9.8, 같은뜻임) 청구법인은 1996.11.4 처분청으로부터 사업자등록증명원을 발급받아 그 증명원상의 등록번호로 1996.12.26 청구외 OO개발(주)로부터 세금계산서를 교부받은 것이므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하나 처분청이 1996.11.4 발급한 사업자등록증명원은 고유번호부여에 대한 확인으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 과세사업등록(1997.1.25)을 하기 이전인 1996.12.26 교부받은 세금계산서상의 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없는 것으로 판단된다.

마. 따라서 이건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.