공통매입세액 안분계산시 면세공급가액은 정부출연금을 제외한 금액이라는 청구주장의 당부 등

공통매입세액을 안분계산함에 있어 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어 불합리한바 면세공급가액에 정부출연금을 포함함이 타당하나, 건물위탁관리용역비, 기타 건물유지관리비는 실지귀속되는 면적을 기준으로 안분계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 국가로부터 정부출연금을 지원받아 국책사업을 수행하면서 부동산 임대업을 수익사업으로 함께 영위하고 있는 비영리법인으로, 청사관리비용에 대하여 공통매입세액으로 안분계산하면서 정부출연금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 청구법인은 OOO 정부출연금을 제외하여 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세 2010년 제1기분 OOO, 2010년 제2기분 OOO, 2011년 제1기분 OOO, 2011년 제2기분 OOO, 2012년 제1기분 OOO, 2012년 제2기분 OOO의 환급을 구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였고, 처분청은 OOO 당초 신고가 정당하다 하여 경정청구 거부처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처 분청 의견 가. 청구법인 주장

(1) 「부가가치세법 시행령」제61조 는 과세와 면세에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 과세와 면세의 공급가액 비율에 의하여 안분하는 것으로 규정하고 있으며, 면세공급가액의 범위에 대하여는 2013.2.15. 개정되면서 공통매입세액 안분시 면세공급가액에 비과세공급가액을 포함하는 것으로 명시하였는바, 이는 2013.2.15. 이후 거래분부터 적용되는 것으로서 그 이전 거래분에 해당하는 국고보조금 및 정부출연금은 용역제공의 대가에 해당하지 아니하여 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액에 포함하지 않는 것으로 판시한 판례(대법원 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결)에 따라 면세공급가액에 포함하지 아니하는 것이 타당하다.

(2) 비영리 공공법인이 소유건물을 고유목적사업과 임대사업에 사용하는 경우 면적에 따라 계산되는 관리비를 실지귀속이 분명한 개별매입세액으로 보는 것(부가46015-2764, 1997.12.9, 서면3팀-2521, 2004.12.31.)인바, 2011년 제1기부터 2013년 제1기 부가가치세 신고분까지 관리비는 면적에 따라 청구되고 있으므로 공통매입세액이 아닌 면적에 따른 직접매입세액에 해당하며, 청구법인의 경우 아래 <표1>과 같이 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분하는 경우 정부출연금 등 면세공급가액이 대부분(97% 이상)이어서 실지 임대사업에 사용되는 면적비율(30%)에 비해 부가가치세 매입세액 불공제세액이 과다하게 계산되며, 관리비는 면적에 따라 정액으로 청구되는데 반해 이에 대한 매입세액은 출연금 등의 면세공급가액 비율에 따라 불공제되는 매입세액이 변동되는 결과가 발생하여 불합리하므로 면적에 따라 청구되는 관리비는 공통매입세액이 아닌 직접 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여 공제함이 타당하다. <표1> 면적에 따른 청사관리비 매입세액 안분내역 나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」제17조 제2항 제6호는 부가가치세가 면제되는 재화 등을 공급하는 사업에 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 등을 공급하는 사업을 포함하고 있으며, 청구법인이 제시한 판례는 정부출연금 등이 비영리법인이 무상으로 제공한 재화 등이 아닌 경우이나, 청구법인이 수령하는 정부출연금은 국책사업과 관련하여 제공하는 재화 등의 공급과 직접 관련된 대가에 해당하고, 공통매입세액 안분계산시 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 않으면 과세사업과 관련없는 사업에 대한 매입세액까지 공제받게 되며, 이러한 경우 총공급가액(과·면세 수입금액, 국고보조금 등)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련있는 매입세액을 산정하는 것이 타당하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 당초 공통매입으로 신고하였던 도시가스요금이나 전기요금 등은 면적이 아닌 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 청구법인 명의로 매입을 받고 임차인들에게 3.3㎡당 OOO을 월관리비로 받고 있으므로 이를 과세사업과 관련된 직접매입으로 볼 수 없으며, 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 정부출연금의 포함 여부

② 청구법인의 청사관리비용에 대해 사용면적에 따라 구분가능한 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부 나 . 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정청구서 등을 보면, 청구법인은 청사관리비용(시설관리용역 등)을 과·면세 공통 매입세액으로 하여 안분계산하면서, 2011년 제1기 부가가치세 예정신고기간까지는 건물사용면적에 따라, 2011년 제1기 부가가치세 확정신고기간부터는 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산한뒤, 면세공급가액에 포함하여 신고한 정부출연금에 대하여 면세공급가액에서 제외하여 달라는 취지의 경정청구를 한 것으로 나타나며, 경정청구 환급세액에 대한 상세내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 경정청구 환급세액 상세내역

(2) 경정청구 검토조서(2013.9.)를 보면, 청구법인의 경우 OOO로부터 국책사업과 관련된 비용을 지원받아 해당 국책사업에 사용하고 있으므로 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당되지 않는 것으로 판단된다는 내용 등이 기재되어 있다.

(3) 청사임대현황 및 관리비 등 계약내역은 아래와 같다. (가) 건물사용명세서(2011.3.31. 기준)를 보면, 청구법인 소유 OOO은 지상 17층, 지하 5층, 연면적 17,477.73㎡의 건물로, 1층은 OOO, 2층은 OOO, 3층은 OOO, OOO, OOO, 6·7층은 OOO, 11층 OOO에게 임대한 것으로 나타나는바, 임대(과세) 면적은 6,090.38㎡, 자가(면세) 면적은 11,387.35㎡로서 임대(과세)면적은 34.85%, 자가(면세) 면적은 65.15%로 나타난다. (나) 임대차 변경 계약서(2013.9.)를 보면, OOO 3층(계약면적 578.51㎡)를 월임대료 OOO, 월 관리비(VAT 포함) OOO에 임대하며, 제4조(월 관리비)를 보면, 임차인은 건물의 월 관리비(공용부 전기료, 전열료, 상·하수도료, 냉·난방료, 환기료, 청소료 및 기타) OOO을 청구법인에게 납부하여야 한다는 내용 등이 기재되어 있다. (다) OOO 시설물 종합관리용역 계약체결 통보(회계팀-15761, 2012.7.27.) 및 청사관리용역 과업지시서(2012.7.)를 보면, 청구법인은 OOO을 통해 OOO과 시설물 유지관리 용역을 체결하였는바, 용역대상은 청사관리업무 총괄, 시설·경비(방범, 방재, 고객안내 및 기타 경비업무)·미화·주차 등 관리, 승강기 등 관리, 시설관리 용역(건축, 기계, 전기, 소방, 영선) 등으로 나타난다.

(4) 청구법인이 제시한 공통매입 내역 및 임대면적 비율은 아래 <표3>과 같으며, 청구법인의 공통매입세액 내역을 보면, OOO 시설물 종합관리용역비, 전기요금, 도시가스요금 등으로 구성되어 있다. <표3> 공통매입 내역 및 임대면적 비율

(5) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO 이전 거래분에 해당하는 정부출연금은 용역제공의 대가에 해당하지 아니하여 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액에 포함하지 아니하는 것이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장한다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법 시행령」 제61조 의 내용 및 취지 등에 비추어 부가가치세 비과세사업 및 면세사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없는 것인바(조심 2012구2262, 2013.5.30., 같은 뜻임), 이 건의 경우 청구법인이 과세사업에서 발생하는 수입 외에 정부출연금을 지급받고 있고 공통매입세액을 안분계산함에 있어 면세사업 또는 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점, 이러한 경우 총공급가액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입금액과 정부출연금 등)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산정하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(6) 다 음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다는 의견이다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 비영리공공법인 소유건물을 고유목적사업과 부동산임대사업에 사용하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 면적에 따라 계산되는 관리비 등 실지귀속이 분명한 매입세액은 사용면적에 따라 안분계산하는 것이 타당한 바(조심2004전2092, 2004.11.3., 같은 뜻임), 이 건의 경우 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분하는 경우 정부출연금 등 면세공급가액이 대부분(97% 이상)이어서 실지 임대사업에 사용되는 면적비율(34.85% 등)에 비해 부가가치세 매입세액 불공제세액이 과다하게 산정되는 점, 청구법인이 체결한 시설물 유지관리 용역의 대상은 청사관리업무 총괄, 시설·경비·미화·주차 등 관리, 승강기 등 관리, 시설관리 등이고, 청구법인은 월관리비를 부가가치세를 포함하여 평당 계산하여 수령하는 점 등에 비추어 상기 <표3> 공통매입 내역 및 임대면적 비율의 공통매입가액 중 건물위탁관리용역비 및 기타 건물유지관리비의 경우에는 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보이므로 사용면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다.

다만, 당초 공통매입으로 신고하였던 가스요금 및 전기요금의 경우에는 원칙적으로 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 월관리비에 포함하여 임차인들로부터 수령하는 등 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보기 어려우므로 공급가액 비율로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청은 건물위탁관리용역비, 기타 건물유지관리비에 대하여 실지귀속에 따라 면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제17조 [납부세액 ]

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령 제61조(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 것) [매입세액의 안분계산]

① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업과 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) [매입세액의 안분계산]

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업과 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율