쟁점미수금을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분의 당부 등

청구법인은 계약금, 담보 설정 없이 쟁점토지의 소유권을 특수관계법인에 이전하는 등 제3자 간 거래에서 성립하기 어려운 거래형태를 취하면서, ‘매매대금을 폐기물처리비용과 상계한다’는 특약사항에도 불구하고 폐기물처리비용을 그대로 지급해온 것으로 확인되어 쟁점미수금 회수지연에 정당한 사유가 있다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립되어 건설폐기물 처리업을 영위하는 법인으로 2018.11.27. 경상남도 OOO 잡종지 OOO㎡ 등 OOO필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매로 취득하여 보유하다가 2021.5.20. 특수관계법인인 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 쟁점토지를 OOO원(이하 “쟁점미수금”이라 한다)에 양도하였고, 쟁점법인은 쟁점미수금을 이 건 심리일 현재까지 지급하지 아니하였다.

나. 동래세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.8.13.∼2025.9.29. 청구법인에 대한 2020∼2024사업연도 법인통합조사를 실시한 결과 쟁점미수금을 쟁점법인에 대한 업무무관 가지급금으로 판단하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.11.7. 위 과세자료 내용에 따라 청구법인에 2023사업연도 법인세(농어촌특별세 OOO원 포함) OOO원, 2024사업연도 법인세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점토지 양도의 경제적 합리성이 결여되어 있고, 매매일 이후 회수 노력이 전혀 없었으며, 매매계약상 상계특약도 이행되지 않았다는 점을 들어 쟁점미수금 전액을 경제적 합리성이 없는 업무무관 가지급금으로 판단하였다. 그러나 처분청은 결과적으로만 보아 경제적 합리성이 없다고 본 것에 불과하다. 청구법인이 쟁점토지를 청구법인에 양도한 이유는 OOO시청의 쟁점토지상 사업장 폐기물 처리명령 관련 행정처분 통보와 청구법인이 처리할 수 없는 사업장 폐기물을 쟁점법인이 쟁점토지상 폐기물 처리시설을 설치하여 처리하기 위한 것으로서 그 당시는 합리적인 판단이였다. 대법원은 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 원칙적으로 가지급금에 해당하지만, 채권의 회수 시기를 늦출 만한 정당한 사유가 있어 채무의 이행기를 장래의 일정한 사유 발생 시로 정한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 가지급금에 해당하지 않는다고 판시하였다(대법원 2013.7.11. 선고 2011두16971 판결). 쟁점법인은 2020.4.29. 설립된 신설법인으로 거래 당시 영업기반과 현금흐름이 갖추어지지 않은 상태였고, 청구법인은 그 영업이 정상화되어 자금사정이 개선되는 것을 사실상의 변제 조건으로 삼아 거래를 유지해 온 것이므로, 위 대법원 판례가 정한 '정당한 사유로 이행기를 장래의 사유 발생 시로 정한 경우'에 해당할 여지가 충분하다.

또한, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다는 것이 확립된 대법원의 입장이며(대법원 2007.9.20. 선고 2006두1647 판결 등), 쟁점법인이 실제로 쟁점토지의 사업장 폐기물 처리용역을 계속 수행하면서 그 매출액의 상당 부분을 청구법인으로부터 얻고 있다는 사실관계는, 쟁점미수금이 단순한 자금대여가 아니라 업무상 필요에 따라 발생한 거래에서 비롯된 것임을 뒷받침한다. 처분청이 원용하는 서울행정법원 2007.6.1. 선고 2007구합4384 판결은 대법원 확정판결이 아닐 뿐 아니라, 지연손해금 약정이 있었음에도 이를 전혀 활용하지 않은 아파트 분양대금 사안으로서, 폐기물 처리라는 업무상 필요와 상계특약, 계속적 거래관계가 존재하는 이 사건과는 사실관계를 본질적으로 달리하여 그대로 원용하기 어렵다.

(2) 처분청은 양도일 다음 날부터 인정이자를 기산하는 것이 적법하다고 주장하나, 앞서 본 대법원 2013.7.11. 선고 2011두16971 판결의 법리를 그대로 적용하면 정당한 사유로 이행기를 장래의 사유 발생 시로 정한 경우 그 기간 동안의 미수금은 애초 업무무관 가지급금 자체에 해당하지 않으므로 인정이자 및 지급이자 손금불산입 계산의 대상에서 제외되어야 한다. 설령 쟁점미수금 중 일부에 대하여 자금지원적 성격이 있다고 하더라도, 그 기산일은 양도일 다음 날이 아니라 실제 이행기 내지 쟁점법인의 자금사정이 객관적으로 개선된 시점 이후로 다시 산정되어야 한다.

(3) 처분청은 당초 선정사유에 B 수입금액 누락 혐의 외에도 특수관계인과의 가공거래, 인건비 부당계상, 쟁점 미수금 인정이자 미계상 등이 포함되어 있었으므로 조사 자체는 적법하다는 의견이나,대법원은 세무조사대상 선정사유가 없음에도 조사를 개시하여 수집한 과세자료에 기한 과세처분은 적법절차의 원칙과 조사권 남용금지 규정을 위반한 것으로서 위법하다고 판시하였고(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결), 구「국세기본법」 제81조의4 제1항은 객관적 필요성·최소성·권한남용 금지 등에 관한 훈시규정이 아니라 그 자체로 구체적 법규적 효력을 가지는 것이어서 이를 위반한 세무조사에 기초한 과세처분 역시 위법하다고 판시하였다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결). 나아가 대법원은 세무조사대상 선정 당시 객관적으로 납세의무 성립을 합리적으로 추정할 근거가 없었다면 이후 다른 사유로 과세처분이 이루어졌더라도 그 조사와 처분이 위법하다고 판단하였다(대법원 2024.3.12. 선고 2021두32088 판결).결국 B 수입금액 누락이라는 당초 혐의가 전혀 확인되지 않았음에도 조사 과정에서 발견한 별개의 회계 쟁점으로 과세근거를 전환한 이 사건 세무조사는, 위 대법원 판례 등에 비추어 조사의 목적과 범위를 벗어난 조사권 남용에 해당한다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점법인에 쟁점토지를 양도할 합리적인 이유가 없다.(가) 청구법인은 쟁점법인이 신속히 폐기물 처리시설을 갖추도록 하기 위해 쟁점토지를 양도하였다고 주장하나, 폐기물 처리시설을 설치하기 위해서는 먼저 쟁점토지상 매립된 폐기물을 처리하고 정화작업을 거쳐야 함에도 청구법인은 설립된 지 1년 밖에 되지 않은 쟁점법인에 정화작업을 거치지 않은 쟁점토지를 미리 양도하였는바, 그 양도 이유와 시점에 합리성이 있다고 보기 어렵다.(나) 또한, 청구법인은 당장 폐기물 처리시설을 지을 수 없는 쟁점토지를 쟁점법인에 미리 양도하고도 그 대금을 전혀 수령하지 않았으며, 쟁점법인은 결국 청구법인이 소유한 다른 토지에서 폐기물 처리사업을 시작하였다. 따라서 결과적으로 쟁점토지를 양도한 경우와 양도하지 않은 경우에 아무런 차이가 없다.

(2) 폐기물 처리의무는 쟁점토지 양도 이후에도 계속하여 청구법인이 부담하였다.(가) 청구법인은 쟁점토지를 경매로 취득함에 따라 기존 건설폐기물 처리업체가 무단 매립한 폐기물의 처리의무를 부담하게 되었다. 청구법인은 쟁점토지 양도 이후에도 계속하여 폐기물 처리의무를 부담하였고, OOO시청의 회신문서에서도 양도 이후인 2025년까지 청구법인과 OOO시청은 처리명령 기한 연장 및 처리계획 보고 등을 계속 주고받은 사실이 확인된다.(나) 결과적으로, 청구법인은 쟁점법인의 소유가 된 쟁점토지에 매립된 폐기물을 자신의 부담으로 처리하는 반면, 쟁점법인은 자신의 토지에 매립된 폐기물을 처리하면서 청구법인으로부터 용역대가를 지급받는 모순적인 상황이 발생하게 되었다.

(3) 청구법인은 폐기물 처리비용을 쟁점미수금과 상계하지 않고 그대로 지급하였다.(가) 청구법인은 OOO원이 넘는 쟁점토지를 계약금조차 수취하지 않고 쟁점법인에 양도하면서, 매매대금은 토지에 매립된 폐기물 처리비용으로 상계하는 것으로 특약하였는바, 계약내용대로라면 청구법인은 쟁점법인이 폐기물을 처리하고 그 비용을 청구법인이 쟁점법인에게 지급하는 대신 쟁점법인이 청구법인에 지급하여야 할 쟁점토지 매매대금과 서로 상계하였어야 하였다.(나) 그러나 청구법인은 폐기물 처리비용 명목으로 일정 금액을 쟁점법인에 지급함으로써 위 특약사항을 이행하지 않았다.

(4) 비합리적인 쟁점미수금은 업무무관 가지급금에 해당한다.(가) 청구법인은 쟁점토지상 직접 처리가 어려운 사업장폐기물을 처리하기 위해 별도로 쟁점법인을 설립하였다고 주장하나, 쟁점법인은 청구법인 대표이사의 아들이 1인 주주이고, 그 아들은 청구법인의 과장으로도 계속 근무하였으며, 쟁점법인의 운영·관리도 대부분 청구법인이 처리한 점 등에 비추어 독자적으로 운영·관리되는 별도 법인으로 보기 어렵다.(나) 특수관계인이 아닌 제3자 간의 거래라면 계약금이나 매매대금 일부도 수취하지 않고 OOO원이 넘는 쟁점토지의 소유권을 이전하거나, 매월 발생하는 폐기물 처리비용을 미수금과 상계하지 않고 전액 지급하는 상황이 발생하기 어려우므로, 쟁점미수금의 장기 미회수에 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.

(5) 조사청은 세무조사 절차를 위반하지 않았다.(가) 청구법인에 대한 세무조사는 사전통지 생략사유에 해당한다.청구법인은 B 수입금액 누락, 특수관계인과의 가공거래, 청구외법인에 대한 토지양도 미수금 지연회수 및 임대수입 신고누락, 인건비 부당계상 등 다수의 탈루혐의로 세무조사 대상으로 선정되었고, 이 건의 쟁점은 그 중 일부에 불과하였다. 특히 대부분의 혐의는 조사 현장에 보관된 원시서류를 통해 확인할 필요가 있는 것으로, 조사사무처리규정 제21조 제1항에 따른 사전통지 생략사유에 해당한다.조사청은 2025.8.13. 청구법인의 사무실에서 세무조사에 착수하려 하였으나, 청구법인의 대표이사가 사전통지 없는 조사에 불만을 제기하며 협조하지 않아 세무조사개시통지서를 교부하지 못하고 유치송달한 후 복귀하였다.이후 원시자료를 확보하지 못한 상태에서 세무대리인이 제출한 해명자료를 검토하였으나, 일부 혐의는 해명되거나 명확한 근거자료를 확보하지 못하여 과세하지 않았고, 이 건 관련 처분과 쟁점법인에 대한 무상임대 부분만 적출하여 조사를 종결하였다.(나) 청구법인에 대한 세무조사는 정상적인 관할조정 절차를 거쳤다.「국세기본법 시행령」 제63조의3 제4호는 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있는 경우를 규정하고 있고, 조사청은 이에 따라 청구법인의 관할인 OOO세무서가 아닌 조사청에서 세무조사를 실시하였다.OOO세무서는 관할 내 대규모 농공·산업단지가 밀집하여 법인사업자와 조사대상 법인이 많으므로, 관서별 업무량과 조사인력을 고려하여 부산 시내 다른 세무서로 관할을 조정하여 세무조사를 실시하는 경우가 자주 발생한다.

따라서 적법한 관할조정 절차에 따라 세무조사를 실시하였음에도 관할 세무서가 아닌 다른 세무서에서 조사하였다는 이유만으로 절차 위반이나 조사권 남용에 해당한다는 청구주장은 타당하지 않다.

(2) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가답변 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점미수금이 사업장 폐기물 처리를 위한 업무상 필요에 따라 발생한 것으로 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하고, 쟁점법인의 자금사정으로 매매대금 회수가 지연되었을 뿐이라고 주장한다. 청구법인은 쟁점토지상 사업장폐기물 처리를 위하여 쟁점법인을 설립하였으므로 쟁점법인의 사업장을 제3의 부지에 두고 청구법인이 쟁점토지를 계속 보유한 상태에서 폐기물 처리용역을 의뢰하는 방식으로도 동일한 목적을 달성할 수 있었다. 그럼에도 청구법인은 쟁점토지상 폐기물 처리가 선행되어야 폐기물 처리 시설 설치가 가능하다는 점을 알면서도 폐기물이 매립된 쟁점토지를 매매대금도 회수하지 아니한 채 쟁점법인에 양도한 것은 합리적인 거래로 보기 어렵다. 또한, 청구법인이 제출한 업무보고에 의하더라도 폐기물 처리시설 설치를 위한 기계설치 등을 검토한 시점은 쟁점토지 양도 이전으로 보이며, 청구법인의 주장과 같이 자금부족으로 사업계획의 실행이 어려운 상황이었다면 쟁점토지 매매는 보류하거나 취소하는 것이 합리적임에도 청구법인은 쟁점법인이 즉시 활용할 수도 없는 쟁점토지를 그대로 양도하였다. 청구법인은 계약금도 지급받지 아니한 채 쟁점토지를 양도한 이후 매매대금 회수를 위한 별다른 조치를 취하지 아니하였다. 청구법인은 쟁점법인이 2024사업연도 약 OOO원, 2025사업연도 약 OOO원의 매출이 발생하였음에도 2025사업연도까지 매매대금을 전혀 회수하지 아니하였고, 매매계약에서 약정한 폐기물 처리비용과 매매대금의 상계도 이행하지 아니하였다. 쟁점법인의 매출 중 청구법인과의 거래가 상당한 비중을 차지하였음에도 매매대금의 일부조차 회수하지 아니한 점에 비추어 쟁점법인의 자금사정으로 매매대금 회수가 지연되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(다) 양도일 다음날부터 인정이자 및 지급이자를 계산한 처분은 적법하다. 청구법인은 쟁점미수금이 금전대차거래가 아닌 상거래에서 발생한 매매대금채권이므로 쟁점토지 양도일 다음날부터 인정이자를 계산한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 쟁점미수금은 특수관계법인 간 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 토지매매에서 발생한 것으로, 일반적인 상거래에서 발생하는 매출채권과 동일하게 볼 수 없다. 또한 통상의 제3자 간 토지매매는 매매대금의 지급과 소유권 이전이 함께 이루어지는 것이 일반적이며, 법원도 특수관계인에게 매매대금을 회수하지 아니한 채 부동산 소유권을 이전한 경우에는 소유권 이전일부터 부당행위계산부인 규정이 적용된다고 판시(서울행정법원 2007.6.1. 선고 2007구합4384 판결)하였는바, 이와 사실관계가 유사한 이 건에서 양도일 다음날부터 인정이자를 계산한 처분은 적법하다. (가) 세무조사의 당초 선정사유는 적정하며 조사절차도 적법하다. 청구법인은 조사청이 B 수입금액 누락 혐의로 세무조사를 실시하였으나, 최종적으로 쟁점미수금 인정이자 항목에 대하여 과세하였으므로 조사선정이 위법하고 조사권을 남용하였다고 주장한다. 그러나, 청구법인에 대한 세무조사는 B 수입금액 누락 혐의뿐만 아니라 특수관계인과의 가공거래, 인건비 부당계상 및 쟁점법인에 대한 토지양도 미수금 인정이자 미계상 등 다수의 탈루혐의를 근거로 조사대상자로 선정되었으며, 조사청은 조사대상 선정검토표를 통해 그 선정사유와 근거를 제시하였다. 조사청은 세무조사 착수 과정에서 청구법인의 비협조로 원시자료를 확보하지 못하여 선정사유 중 확인된 사항에 대해서만 과세하고 조사를 종결하였을 뿐, 조사선정 사유가 B 수입금액 누락 혐의에 한정되었던 것은 아니다.

또한, 조사개시 당시 세무조사 대상 선정사유가 존재하였다면 일부 혐의가 과세처분으로 이어지지 아니하였다는 사정만으로 조사선정 자체를 위법하다고 볼 수 없으므로, 이 건 세무조사는 적법하게 이루어졌다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 특수관계법인인 쟁점법인에 쟁점토지를 양도하고 회수하지 않은 쟁점미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 과세한 처분의 당부

② 이 건 과세처분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어졌으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20609호로 개정되기 전의 것)제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35122호로 일부개정되기 전의 것)제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 단서 생략

(3) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 일부개정되기 전의 것)제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)

① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)

① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 국세기본법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35345호로 일부개정되기 전의 것)제63조의3(세무조사의 관할 조정) 법 제81조의6 제1항 단서에서 “납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

3. 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

4. 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 처분청이 제시한 청구법인에 대한 조사대상 선정 검토표 내용에 따르면 선정방식은 ‘개별 분석’, 조사유형은 ‘일반’, 조사구분은 ‘통합·최초조사’, 근거규정은 ‘국세기본법 제81조의6 제3항 제4호’ 탈루혐의는 ‘B 판매 수입금액 누락 등 혐의’로 기재된 것으로 나타난다.(나) 조사대상 선정 검토표 부속서류 내용 중 청구법인의 구체적인 탈루혐의 내용에는 쟁점법인 거래 관련 탈루 혐의가 포함되어 있고 해당 내용에는 쟁점미수금에 대한 인정이자 관련 내용이 포함되어 있는 것으로 확인된다. 그 외에도 과세자료 제출법 등에 따라 수집된 자료 등을 근거로 B 판매 수입금액 누락 혐의, 특정거래처 거래 관련 탈루 혐의, 인건비 허위 계상 혐의 등이 확인된다.(다) 처분청의 ‘법인사업자 조사종결 보고서’ 내용에 따르면 청구법인에 대한 조사결과 쟁점미수금에 대한 가지급금 인정이자 OOO원, 지급이자 손금불산입 OOO원, 대손상각비 OOO원, 사업용부동산 무상사용 임대료 OOO원을 각 적출한 것으로 나타난다.(라) 이 건 처분관련 경정내용은 아래와 같다.

＜표1＞

법인세 경정 내역OOO(마) 청구법인은 2021.5.20. 쟁점법인에 쟁점토지를 OOO원에 양도하기로 하는 계약을 체결하면서 해당 매매계약서상 쟁점토지 인도일은 2021.5.20., 계약금(OOO원으로 양도대금과 동일) 지급일도 2021.5.20., 특약사항으로 ‘매매대금의 지급은 매매목적물에 매접되어 있는 폐기물 처리비용과 상계하여 지급하고, 영수한 것으로 한다’는 내용이 나타난다.(바) 2021사업연도 쟁점법인의 표준재무상태표상 기타미지급금으로 OOO원이 계상되어 있고, 2025사업연도 쟁점법인의 표준재무상태표상 기타미지급금으로 OOO원이 계상되어 있는 것으로 나타난다.(사) 청구법인이 쟁점토지상 사업장 폐기물 처리시설 설치와 관련하여 작성한 ‘제2공장 설립추진 업무보고서’에는 아래 ＜표3＞과 같은 내용이 나타난다.

＜표3＞

‘제2공장 설립추진 업무보고서’ 중 일부 발췌OOO(아) 쟁점토지상 폐기물 처리용역 관련 청구법인이 쟁점법인에 지급한 대금지급내역과 쟁점법인이 청구법인에 발급한 세금계산서 내역은 아래와 같다.

＜표4＞

폐기물 처리용역 관련 세금계산서 및 대금지급내역(자) OOO시청이 청구법인에게 발송한 공문 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞

OOO시청 공문 내용 중 일부 발췌OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 살펴본다. (가) 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 업무무관 가지급금 등에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되며(대법원 1992.11.10. 선고 91누8302 판결, 같은 뜻임), 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 매매대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 매매대금을 회수하여야 할 날에 업무와 무관하게 그 미회수 매매대금 상당액을 가지급금으로 지출한 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2006.10.26. 선고 2005두1558 판결, 같은 뜻임). 다만, 채권의 회수 시기를 늦출 만한 정당한 사유가 있어 채무의 이행기를 장래의 일정한 사유 발생 시로 정한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 이를 업무무관 가지급금에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2013.7.11. 선고 2011두16971 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 쟁점토지 양도가 OOO시청의 행정처분에 대응하여 폐기물 처리시설을 설치하기 위한 것으로 업무상 필요에 따라 이루어졌고, 쟁점법인의 영업이 정상화되어 자금사정이 개선되는 것을 사실상의 변제 조건으로 삼았으므로 이행기를 장래의 일정한 사유 발생 시로 정한 경우에 해당하여 쟁점미수금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다고 주장하나,청구법인은 OOO원에 이르는 쟁점토지를 계약금조차 수취하지 아니한 채 쟁점법인에 소유권을 이전하였고, 매매대금의 지급을 강제할 담보나 연체이자 등에 관한 약정도 확인되지 않는바, 이러한 거래는 특수관계인이 아닌 제3자와의 거래에서는 성립하기 어려운 것으로 보이는 점, 쟁점토지 매매계약서상 쟁점토지의 인도일과 계약금(양도대금과 동일한 OOO원) 지급일이 모두 2021.5.20.로 기재되어 있고, 그 특약사항 역시 ‘매매대금의 지급은 매매목적물에 매립되어 있는 폐기물 처리비용과 상계하여 지급하고, 영수한 것으로 한다’는 내용인바, 청구법인과 쟁점법인이 쟁점미수금의 이행기를 쟁점법인의 영업 정상화 등 장래의 일정한 사유 발생 시로 정하였다고 볼 만한 객관적인 자료를 확인하기 어려운 점, 오히려 청구법인은 쟁점토지상 폐기물 처리용역과 관련하여 쟁점법인에 그 대금을 쟁점미수금과 상계하지 아니하고 그대로 지급한 것으로 나타나 스스로 위 특약사항을 이행하지 아니하였는바, 쟁점미수금의 회수 지연에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 쟁점토지에 매립된 폐기물의 처리의무는 그 양도 이후에도 계속하여 청구법인이 부담한 것으로 나타나고, OOO시청이 2022.2.15.부터 2025.4.16.까지 발송한 사업장폐기물 처리명령 이행촉구 및 기한연장 승인 공문도 모두 청구법인을 수신자로 하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지를 양도하고도 그 처리의무를 그대로 부담하면서

쟁점법인에 용역대가까지 지급하는 것은 통상의 거래형태로 보기 어려운 점, 쟁점법인은 결국 청구법인이 소유한 다른 토지에서 폐기물 처리사업을 개시하였는데, 당초부터 쟁점법인의 사업장을 별도의 부지에 두고 청구법인이 쟁점토지를 계속 보유한 상태에서 폐기물 처리용역을 의뢰하는 방식으로도 동일한 목적을 달성할 수 있었을 것으로 보여 폐기물 처리시설 설치를 위하여 쟁점토지를 양도할 수밖에 없었다는 청구주장을 그대로 신뢰하기 어려운 점, 한편, 청구법인이 제시한 '제2공장 설립추진 업무보고서'는 쟁점법인이 아닌 청구법인이 작성한 것으로 확인되는바, 이는 쟁점법인이 독자적인 사업계획과 자금계획을 갖추고 쟁점토지를 취득하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 인정이자 등의 기산일이 양도일 다음 날이 아니라 실제 이행기 내지 쟁점법인의 자금사정이 객관적으로 개선된 시점 이후가 되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 쟁점미수금의 이행기를 장래의 일정한 사유 발생 시로 정하였다고 보기 어렵고, 특수관계인에게 매매대금을 회수하지 아니한 채 부동산의 소유권을 이전한 경우에는 그 자산을 취득한 날부터 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것이 타당하다(서울행정법원 2007.6.1. 선고 2007구합4384 판결, 같은 뜻임) 할 것인 점, 등에 비추어 쟁점토지 양도일 다음 날부터 인정이자 등을 계산한 처분에 잘못이 있다고 보기 어렵다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다. (가) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호는 세무공무원이 정기선정에 의한 조사 외에 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 세무조사를 할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제63조의3 제4호는 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우 그 관할을 조정할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 제81조의7 제1항 단서에 따르면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우 사전통지를 생략할 수 있다고 규정하고 있다. 한편, 세무공무원의 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 하고, 「국세기본법」이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어긴 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다 할 것이며(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결, 같은 뜻임), 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 그 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하여 그에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다 할 것이다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 처분청이 B 수입금액 누락이라는 당초 혐의를 전혀 확인하지 못하였고, 조사 과정에서 발견된 별개의 쟁점으로 이 건 처분을 하였으므로 이는 세무조사의 목적과 범위를 벗어난 조사권 남용에 따라 이루어진 것으로서 위법한 처분이라고 주장하나,처분청이 제시한 조사대상 선정 검토표 자료 등에 기재된 청구법인의 구체적인 탈루혐의 내용에는 쟁점법인 거래 관련 탈루혐의가 포함되어 있고, 그 내용에 쟁점미수금에 대한 인정이자 관련 내용이 포함되어 있는 것으로 확인되는바, 쟁점미수금에 대한 업무무관 가지급금 관련 사항이 조사 선정 당시부터 특정되어 있었던 것으로 보이는 점, 그 밖에도 위 조사선정 내용에는 「과세자료법」 등에 따라 수집된 자료 등을 근거로 B 판매 수입금액 누락 혐의, 특정거래처 거래 관련 탈루혐의, 인건비 허위 계상 혐의 등 다수의 탈루혐의가 함께 기재되어 있어 청구법인이 객관적인 근거 없이 세무조사대상으로 선정되었다거나, 조사대상 선정 당시 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 없었다고 단정하기 어려운 점, 조사개시 당시 세무조사대상 선정사유가 존재하였다면 그 선정사유 중 일부 혐의가 과세처분으로 이어지지 아니하였다는 사정만으로 조사대상 선정 자체가 위법하다고 볼 수는 없는 점, 이 건 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아닌 부정한 목적을 위하여 행하여졌다고 볼 만한 사정은 확인되지 않는 점, 이 건 세무조사 사전통지의 생략 및 관할의 조정은 관련 법령에 근거한 것으로 그 세무조사 절차에 달리 위법한 사항이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 과세처분이 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것이므로 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.