신축주택 취득신고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부(쟁점2 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.11.28. 취득한 주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 2001.7.31. 취득한 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.10.25. 양도한 후「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제40조에 근거하여 양도소득세 전액을 감면 신청하였다.

나. 처분청은 종전주택을 재건축하여 신축주택을 취득한 경우「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제40조에 의하여 종전주택 취득시점부터 신축주택 사용승인일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 구조조정 대상 부동산 취득자에 대한 세제지원을 위해 제정된 법령인「조세특례제한법 시행령」제40조제1항은 1998년 IMF체제시 기업의 구조조정용 부동산의 매각을 촉진하기 위해 1998.9.16. 이후 기업의 구조조정 대상 부동산을 취득한 자가 취득일로부터 5년 이내 양도할 때는 양도세를 100% 감면하고, 5년경과 후에 양도할 때는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득을 양도세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정한 것으로, 이는 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 시점 이후에 발생하는 양도차익에 대해서만 과세하고자 하기 위한 것이며, 당해 산식에서의 ‘취득일’과 ‘취득당시’의 의미는 동일하며, 분자의 ‘취득당시’와 분모의 ‘취득당시’의 시간적 의미 또한 동일하게 해석하여야 함에도 처분청은 분자의 ‘취득당시’를 신축주택 ‘취득당시’로 하고 분모의 ‘취득당시’를 종전주택 ‘취득당시’로 보는 오류를 범하였는바, 세법은 그 문언 및 취지에 충실하게 해석하여야 하며 그 해석에 있어서 보정이나 보충을 원칙적으로 허용하지 아니하고 동일한 문구는 동일한 뜻으로 해석하여야 함에도 당해 처분은 이를 달리 해석하여 조세법률주의의 엄격해석 원칙을 위배한 처분이며, 과세관청의 업무처리 지침 등 종전의 유권해석을 신뢰하여 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 변경된 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)에 따라 소급적용하는 것은 조세법률주의 및 소급과세금지 원칙에 반하는 위법한 처분이며, 세법에 근거하여 정상적으로 세무신고를 하였고 납세자의 고의과실이나 법의 무지 또는 오인의 문제 등 청구인의 귀책사유가 아닌 과세당국의 법해석상 잘못으로 인하여 부과된 것임에도 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3제1항의 양도소득세 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으며, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 보유하고 있던 종전주택이 재건축됨에 따라 2001.7.31. 취득한 신축주택을 2006.10.25.양도하고, 2006.12.31. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 양도차익 계산 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액 감면을 신청하였으며, 처분청은「조세특례제한법 시행령」제40조제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액 OOO원 중 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 사실이 확인된다.

(2)처분청의 ‘신축주택 감면세액 적정여부 검토서’에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 신축주택 완공일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용하여야 하므로 구주택 또는 나대지 등의 취득시점부터 신축주택 완공일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하는 것으로 감면소득금액 적정여부 검토한 바, 양도소득금액 OOO원,

② 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(취득일부터 5년 경과하지 않은 경우 양도일 기준시가) OOO원,

③ 신축주택 취득당시 기준시가 OOO원, 양도당시 기준시가 OOO원 종전주택 취득당시 기준시가 OOO원으로 적정한 감면소득금액〔 ×(②-③)/( - )〕은 OOO원임에도 OOO원을 신고하여OOO원을 과다하게 신고하였다.(나) 감면세액 적정여부 검토한 바 산출세액 OOO원,

② 감면대상 양도소득금액 OOO원,

③ 기본공제 0원

④ 과세표준OOO원으로적정한 감면세액〔 ×(②-③)/ 〕은OOO원임에도 OO,OOOO원을 신고하여 OOO원을 추가결정고지하였다.

(3) 청구인은「조세특례제한법」제99조의3규정을 들어 청구인의 경우와 같이 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세 전액을 감면하여야 하며, 국세청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 청구인의 고의·과실이나 법의 무지 또는 오인에 의한 것이 아닌 과세관청의 법해석상 잘못을 청구인에게 전가하면서 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당한 처분이라고 주장한다.

(4) 살피건대,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다만,조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,「조세특례제한법」제99조의3제1항은 신축주택을취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고,후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로양도소득세를 감면하여야만「조세특례제한법」제99조의3의 입법 목적을달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.