계약해제후 수정세금계산서를 발행한 상태에서 쟁송중인 건물의 매입세액공제 여부(기각)

청구법인의 거래상대방이 매매계약을 해제하는 등 소유권에 관한 다툼이 있고, 거래상대방으로부터 정상적으로 세금계산서를 교부받지 못하였으므로 쟁점부동산 건물의 매입세액을 불공제하고 환급신청을 거부한 처분은 정당함.

1. 처분개요

청구법인은 2006.11.15. OOOO(주)로부터 OOO OOO OOO OOO OOOOO 번지 소재 지하1층, 지상10층 상가건물 OOOOOOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 공급가액 11,800백만원에 공급받는 것으로 매매계약을 체결하고, 잔금이 정산되지 않은 상태에서 OOOO(주)와 합의하에 2007.1.18. 소유권이전등기를 한 후 2007.1.25. 부가가치세 신고시 건물분 공급가액 8,100백만원과 관련한 매입세액을 공제하여 환급신고하였다. 처분청은 현지확인조사 결과, 쟁점부동산 매매계약당사자간 매매계약해지 약정을 체결하고 이를 근거로 OOOO(주)가 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였으며, 소유권이전등기말소와 관련한 소송이 진행 중이라 하여 매입세액을 불공제하고 환급을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산 매매대금 중 1,918백만원을 약속어음으로 지급하고 이후 중도금 및 잔금은 쟁점부동산과 관련한 채무액을 인수하는 것으로 대체하고 소유권이전등기하였다. OOOO(주)의 소유권이전등기말소청구소송은 적법하게 거래된 쟁점부동산과는 별개로 쟁점부동산을 담보로 한 대출 및 잔금정산과정에서 다툼이 있었기 때문으로 현재 청구법인이 쟁점부동산을 이용하여 임대업을 영위하고 있으므로 쟁점부동산 건물분 관련 매입세액을 공제하여 환급함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인과 OOOO(주)간의 쟁점부동산 매매계약은 계약해지 약정을 체결하였고 이를 근거로 OOOO(주)는 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였으며, 소유권이전등기말소에 관한 다툼으로 소송이 계류 중에 있으므로 청구법인에게 쟁점부동산과 관련한 매입세액을 불공제하고 환급을 거부하였음은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 그 건물가액과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급할 수 있는지 여부

나. 관련법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

(2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

(3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

(4) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2006.11.15. OOOO(주)와 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서 총 양수가액은 11,800백만원으로 하고 그 중 건물가액은 8,100백만원으로 하였으며, 청구법인이 계약금과 중도금을 지급하는 과정에서 OOOO(주)와 합의하에 2007.1.18. 쟁점부동산 소유권이전등기를 하고 건물분 세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하여 환급신고하였으나, 처분청은 청구법인과 OOOO(주)간에 2007.4.1. 쟁점부동산 매매계약해지약정을 체결하고, OOOO(주)는 같은 날 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였다 하여 쟁점부동산 건물분 매입세액을 불공제하고 환급을 거부하였다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산이 자신에게 소유권이전등기되어 실제 점유하면서 임차인들과 임대차계약을 체결하고 임대료도 받고 있으며, 쟁점부동산 매매대금 11,800백만원은 쟁점부동산과 관련한 채무 4,323백만원을 지급하고 별도로 청구법인이 7,736백만원의 채무를 인수함에 따라 총 12,060백만원을 정산하였다고 주장한다.

(3) 그러나, 쟁점부동산 매매에 관하여 청구법인과 OOOO(주)간에 다툼이 있고, 청구법인이 쟁점부동산을 실제 점유하면서 임차인들과 임대차계약을 체결하고 임대료를 수령하였다고 하나, 당해 임대차계약은 대부분 계약기간을 2개월씩으로 하여 체결하였으며, 청구법인은 임대수입에 대하여 부가가치세를 신고한 사실이 없음이 처분청 제시 전산자료에서 확인된다. 또한, 건물 매입에 따른 부가가치세 매입세액은 소유권이 이전되어야 하는 한편, 세금계산서가 정상적으로 교부되어야 매입세액을 공제할 수 있는 것이나, OOOO(주)는 당초 청구법인에게 쟁점부동산 소유권이전등기에 따라 세금계산서를 발행하였다가 매매계약을 해제함에 따라 같은 과세기간내에 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였으므로 청구법인은 쟁점부동산과 관련하여 공제받을 매입세액이 없게 되었다고 할 수 있다.

(4) 따라서, 청구법인은 쟁점부동산을 소유권이전등기하였다고 하나, 거래상대방이 매매계약을 해제하는 등 소유권에 관한 다툼이 있고, 거래상대방으로부터 정상적으로 세금계산서를 교부받지 못하였으므로 처분청이 쟁점부동산 건물분 매입세액을 불공제하고 청구법인의 환급신청을 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.