쟁점용역의 부가세 면제되는 기술연구용역 해당여부 등(기각)

쟁점용역은 재학생 등에 대한 설문조사로 수집한 자료를 기존 통계방법으로 분석한 용역이므로 부가세 면제되는 새로운 기술연구용역으로 볼 수 없고, 쟁점용역 제공만으로 이익금이 적립되어있어 실비로 제공하였다고 보기도 어려우며 자료소명 후 조치아니한 처분만으로 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 1998.10.1. 교육부장관의 허가를 받아 1998.10.24. 설립된 비영리사단법인으로, 2004년 제1·2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 1,325,944,181원(2004년 제1기 591,323,636원, 2004년 제2기 734,620,545원) 상당의 학교건물신축 기본계획연구용역(이하 ‘쟁점 용역’이라 한다)을 각급 교육청에 공급하고 쟁점용역이 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세를 무신고 하였다.

나. 처분청은 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 2010.8.11. 청구법인에게 2004년 제1기 부가가치세 106,595,880원, 2004년 제2기 부가가치세 128,749,770원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.17. 이의신청을 거쳐 2011.1.24 . 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 교육부는 1997년 12월 “수준별 수업의 도입과 학생선택권 확대, 재량활동시간의 도입”를 골자로 하는 제7차 교육과정을 고시하였고, 위의 새로운 과정은 기존의 각급 학교의 표준설계도에 의한 획일화된 학교시설에서는 수용할 수 없어 각급 학교별 시설연구가 필요하게 되었는 바, 청구법인은 이러한 사회적인 필요성을 기반으로 1998년도에 설립된 이래 2004년도까지 농어촌현대화시범학교 연구(1999년), 미래교수-학습형태연구(2001년) 등을 포함하여 총 343건의 실비 또는 무상으로 연구용역을 수행하였다. 청구법인이 각급 교육청 등에 제공하는 쟁점용역은 해당학교의 지질·지형·인문환경 등을 고려하고, 각 지역의 새로운 교과과정에 의거하여 학교신축에 대한 기본계획을 연구하는 데 그 의의가 있는 것으로서 기존의 학교건물 건축방식과는 전혀 다르다. 따라서, 신축학교별 연구용역인 쟁점용역은 「부가가치세법」제12조 제1항 제13호와 같은 법 시행령 제35조 제2호 라목, 같은 법 시행 규칙 제11조의 3에 의한 ‘새로운 이론·방법·공법’ 등에 의한 기술 용역에 해당하므로 이 건 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 각급 교육청과 쟁점용역에 대한 계약(수의계약) 체결시 청구법인이 비영리법인임을 이유로 실비(이윤을 제외함)로 제공할 것을 명시하였고, 계약금액에는 당해 용역에 참여할 연구원의 수, 소요연구재료 등만을 고려하여 산정하였으며, 청구법인이 2004 사업연도에 신고한 법인세신고서상 당기순이익 27,871,000원에는 이자 수익(24,037,000원)이 대부분이고, 쟁점용역제공에 의한 순이익은 극히 미미한 수준인 것(수입금액 1,458,538,000원 대비 0.002%인 3,534,000원임)으로 보아 청구법인이 쟁점용역을 실비에 의해 제공한 것임을 알 수 있다. 따라서, 쟁점용역은 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1항 제1호에 의한 부가가치세 면제대상이다.

(3) 처분청은 그동안 쟁점용역에 대하여 청구법인에게 소명을 수차례 요청하였고, 청구법인은 그때마다 자료와 구두로 소명하였으며, 처분청은 어떠한 조치로 아니하였음에 따라 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라는 확신을 갖게 되었다. 세무공무원의 적극적인 경정 또는 과세를 하지 아니하였다는 것이 비록 공적인 견해가 아니어서 신의성실의 원칙에 위배됨이 없다고 하더라도, 부가가치세 면제여부에 대한 판단이 모호한 상태에서 이루어진 소극적인 행정지도는 그 사실만으로 신뢰할 수 밖에 없다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 제공한 쟁점용역의 주 내용이 학교건물이 위치한 대지의 여건과 상황 및 교수·학습형태를 검토하고 인근학교의 교사·학부모·학생 등을 대상으로 설문조사 방법을 통해 학교에 알맞은 기본계획안을 제공하는 것으로서, 이러한 용역은 기존부터 존재해온 연구·조사방법에 의해 이루어져 왔으므로 새로운 이론·방법이 필요하거나 용역을 통해 새로운 이론 등이 창출된 사안이 아니어서 부가가치세 면제대상이 아니다.

(2) 쟁점용역이 학술연구단체가 무상 또는 실비로 제공하는 용역 인지에 대하여 살펴보면, 청구법인의 수입·지출에 관하여 설립인가 주무부서인 교육부의 사전사후 승인 등 통제를 받지 아니하고, 청구법인 스스로 판단하여 집행할 뿐 아니라, 쟁점용역 수입금액이 청구법인 수입금액의 대부분을 차지하고 있고, 쟁점용역은 설문조사외 다른 연구활동 등이 없음에도 인건비, 교통통신비 등을 높게 책정 하여 높은 용역수수료를 받는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 고유목적사업을 위하여 쟁점용역을 실비로 제공한 것으로 볼 수 없다. (

3) 청구법인의 용역제공 형태에 대하여 과세관청이 과세하지 않겠 다는 명시적 의사표시가 없었고, 쟁점용역과 같은 형태의 용역이 부가 가치세 과세대상임을 알고서도 묵시적으로 비과세 해온 관행이 있는 것도 아닌 바, 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 기술연구용역에 해당 하는지 여부

② 청구법인이 고유목적사업을 위하여 쟁점용역을 실비로 제공 하였는지 여부

③ 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

13. 저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

(2) 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인ㆍ법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 제37조【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

(3) 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 【인적용역의 범위】

③ 영 제35조 제2호 라목에서 “재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술 연구용역”이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. 제11조의5【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】

① 영 제37조 제1호에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

(4) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구법인은 1998.10.1. 교육부장관의 허가를 받아 1998.10.24. 설립된 비영리사단법인으로, 2004년 제1·2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 1,325,944,181원(2004년 제1기 591,323,636원, 2004년 제2기 734,620,545원) 상당의 쟁점용역을 교육청에 공급하고 쟁점용역이 부가가치세 면제대상으로 보아 부가 가치세를 무신고 하였고, 처분청은 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 「부가 가치세법」제12조 제1항 제13호, 같은 법 시행령 제35조 제2호 , 같은 법 시행규칙 제11조의3 를 보면, ‘ 부가가치세가 면제되는 학술연구 용역과 기술연구용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행 하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다 ’고 규정하고 있다. (나) 청구법인이 제출한 쟁점용역의 주요내용에 의하면, 연구목적은 개성적이고 창의적인 인재양성을 위한 평생교육을 방향으로 삼고 있는 제7차 교육 과정에 적응할 수 있고, 21세기 미래의 교육환경변화에 대응하기 위한 다양한 공간의 창출과 합리적인 시설배치에 있으며, 연구범위은 공간적·시간적·내용적 범위로 설정하고 있고, 연구방법은 현직교사, 학생, 지역주민(학부모)을 대상으로 설문조사를 실시하여 수집된 자료를 SPSS(Statistical Package for the Social Science)와 Ms-Excel를 분석의 툴로 사용하고, 통계방법은 빈도분석, 크로스분석을 사용한 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 자료를 보면, 2004년도 청구법인의 직원 12명이 61건의 용역을 각급 교육청에 제공한 확인된다.

(라) 위의 내용을 종합하면, 부가가치세가 면제되는 ‘기술연구용역 ’이라 함은 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’이고, 청구법인이 제공한 쟁점용역은 재학생, 학부모, 현직교사 등에 대한 설문조사로 자료를 수집한 후, 기존의 빈도분석과 크로스분석이라는 통계방법 으로 그 결과를 분석하여 개별학교 신축계획에 최대한 반영하도록 하는 것인바, 이는 기존의 조사와 통계이론 및 단순히 응용 또는 이용하고, 각종 법령에 의한 제한사항 등을 참고하여 작성한 것으로 보여질 뿐, 새로운 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ 방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 것으로 보기 어렵다. 따라서, 쟁점용역을 부가가치세 면제대상으로 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 「부가가치세법」제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호를 보면, ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법시행령」제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역’은 부가 가치세 면제대상이고, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에 ‘영 제37조 제1호에서는 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다’고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 법인설립허가증과 정관에 의하면, 청구법인은 1998.10.1. 「민법」 제32조 와 교육부소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규정 제5조에 의해 교육부장관의 허가를 받아 1998.10.24. 설립된 비영리사단법인이고, 교육환경을 전문적, 체계적, 종합적으로 연구개발하며, 선진교육환경을 도입연구·보급함으로써 교육환경의 향상발전에 기여함을 목적으로 한다고 기록되어 있다. (다) 청구법인이 증빙으로 제출한 쟁점용역 원가계산서를 보면, 쟁점용역비에 대한 구체적인 산정내역 없이 인건비(책임연구원·연구원 ·연구보조원·보조원), 경비 (여비·유인물비·전산처리비·연구용역재료비·협의 및 자문비·교통통신비) , 감가상각비(경비의 10%), 일반관리비(인건비+경비)의 5%, 이윤(제외), 용역원가, 용역예정금액’로 기재되어 있을 뿐, 업무영역별 업무량 등에 대한 구체적인 산정내역이 없어 쟁점용역을 실비로 지급되었는지 여부를 확인할 수 없다.

(라) 청구법인은 설립일부터 2004년도까지 다른 용역을 제공함이 없이 오직 쟁점용역에 대한 수입금액만이 발생하였음에도 2004사업 연도 표준손익계산서상 영업외수익인 이자수익 24,037,513원이 발생한 것으로 보아 상당한 규모의 내부적립금이 있는 것으로 보인다. (마) 위의 내용을 종합하면, 청구법인은 교육 등 공익을 목적으로 하는 비영리법인에 해당하고, 쟁점용역 원가계산서상에는 용역이 실비만을 받은 것으로 기재되어 있으나, 실비산정내역에 대한 구체성이 없고, 그동안 쟁점용역만을 제공하면서도 상당한 규모의 이익금이 적립되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 고유목적사업을 위하여 쟁점용역을 실비로 제공하였다고 보기 어렵다. 따라서, 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분청이 그동안 쟁점용역에 대하여 소명을 수차례 요청하였고, 청구법인은 자료와 구두로 소명한 것에 대하여 처분청은 어떠한 조치로 아니하였음에 따라 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라는 확신을 갖게 되었음에 따라 이 건 처분이 신의 성실의 원칙에 위배된다고 주장한다. (나) 일반적인 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO). ( 다) 이 건의 경우, 처분청이 청구법인의 용역제공 형태에 대하여 과세하지 않겠다고 명시적 의사표시를 한 사실이 없는 것으로 나타 난다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점용역의 공급을 용역의 공급으로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.