부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 중 단순가공식료품인 김치 및 단무지가 부가가치세법상 의제매입세액 공제대상인지의 여부(기각)

김치 등 단순가공식료품도 의제매입세액 공제대상으로 추가하였지만, 이 규정은 2002.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용되는 것이므로 청구법인의 경우는 적용될 수 없다고 판단한 사례임

1. 처분개요

청구법인은 서울특별시 중구 OO동 OOO에서 “OOOO케더링(주)”라는 상호로 집단급식위탁경영 서비스 사업(OOOOOOOOOOOO)을 영위하면서 2000년 제1기부터 2001년 제1기 중 급식사업에 공급된 김치, 단무지 매입금액 302,093,850원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다)에 대하여 부가가치세 의제매입세액을 공제 신고하였다.이에 대하여 처분청은 쟁점매입금액은 의제매입세액 공제대상에 해당되지 않는다고 보아 매입세액을 불공제하여 2001.12.1. 청구법인에게 2000년 제1기분 부가가치세 6,930,955원, 2000년 제2기분 부가가치세 5,887,865원, 2001년 제1기분 부가가치세 5,597,882원을 결정 고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2002.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 단체급식 및 서비스 인력공급업을 영위하는 업체로서 2002년 현재까지 30여개의 사업장에서 단체급식사업을 주된 목적사업으로 하여 사업을 영위하고 있으며, 청구법인의 각 지점 사업장은 단체급식의 용역을 공급하고 면세로 공급받은 농·수·축·임산물에 대하여 의제매입세액을 공제하여 왔으며, 기초 생필품인 김치(병입 등이 아님)를 임가공업체로부터 면세로 납품받은 후 부가가치세가 과세되는 단체급식용역을 제공하고 의제매입세액 공제를 한 후 신고 납부하였다.

(2)부가가치세법 제17조제3항의 규정에 의하여 매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(영 제28조 제1항에 규정하는 1차 가공을 거친 것을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다“고 규정되어 있다. 또한,동법 시행령 제28조제1항 제12호에는 제1호 내지 제12호 이외에 식용에 공하는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물과 기타 재정경제부령이 정하는 단순가공식료품(2000.12.29. 개정전)이라고 규정되어 있고, 2001.1.1. 이후는 동조 동항에서 김치, 두부 등 재정경제부령이 정하는 단순가공식료품을 미가공식료품에 포함한다고 하였으며, 2002.1.1. 이후에는 영 제62조 제2항에서 단순가공식료품도 면세농산물 등의 범주에 포함하여 김치 등에 대하여 의제매입세액공제가 가능하도록 개정되었다.

따라서, 의제매입세액 공제대상인 면세농산물의 범주에 단순가공식료품인 김치, 단무지 등도 포함하여 의제매입세액으로 공제되어야 함에도 처분청이 관련 예규 (부가46015-2462, 1998.10.31.)를 들어 의제매입세액공제를 배제하였으나, 2002.1.1.부터 단순가공식료품도 의제매입세액공제가 가능하도록 부가가치세법시행령이 개정된 것을 보더라도 과거부터 다툼의 소지가 있고 입법취지에 반하는 법률해석을 바로 잡아 실질적이고 실효성 있는 법집행이 되어야 한다.

나. 처분청 의견

부가가치세법시행령 제62조제1항에서 의제매입세액공제대상 면세농산물등을 규정하고 있고 재정경제부령이 정하는 [별표1]의 “미가공식료품 분류표” 상의 단순가공식료품은 의제매입세액공제대상 ‘면세농산물 등’ 에 명시되어 있지 아니하였다. 따라서, 청구법인은 부가가치세법에서 의제매입세액공제대상으로 규정하고 있는 ‘면세농산물’의 범위를 확대 해석하여 2000년 제1기부터 2001년 제1기분 부가가치세 신고시 재정경제부령이 정하는 [별표1]상의 단순가공식료품인 김치, 단무지를 면세 분으로 공급받고 매입세액으로 공제 받았으므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 중 단순가공식료품인 김치 및 단무지가 부가가치세법상 의제매입세액 공제대상인지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2001.12.29. 법률 제6539호로 개정되기 이전의 것)제17조(납부세액)

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

(2) 부가가치세법시행령(2001.12.31.대통령령 제17460호로 개정되기 이전의 것)제62조(의제매입세액계산)

① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.제28조(미가공식료품의 범위)

① 법 제12조 제1항 제1호에 규정하는 가공되지 아니한 식료품(이하 이 조에서 “미가공식료품”이라 한다)은 다음 각호에 규정하는 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차가공을 거쳐 식용에 공하는 것으로 한다.

12. 제1호 내지 제11호 이외에 식용에 공하는 농산물·축산물·수산물 또는 임산물과 기타 재정경제부령이 정하는 단순가공식료품

12. 제1호 내지 제11호 이외에 식용에 공하는 농산물·축산물·수산물 또는 임산물

② 미가공식료품에는 다음 각호의 것을 포함한다.

1. 김치·두부 등 재정경제부령이 정하는 단순 가공식료품

(3) 부가가치세법시행규칙(2001.12.31. 재정경제부령 제235호로 개정되기 이전의 것)제10조(미가공식료품의 범위)

① 영 제28조 제1항 및 영 제40조 제1항에 규정하는 미가공식료품의 범위는 [별표1] 미가공식료품분류표에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 급식사업을 영위하면서 2000년 제1기부터 2001년 제1기 중에 쟁점매입금액 상당의 김치 및 단무지를 매입하고 이를 의제매입세액 공제대상으로 보아 의제매입세액을 공제 신고한 사실이 심리자료에 나타난다. 청구법인은 쟁점매입금액은부가가치세법 제17조제3항 및동법 시행령 제62조의 규정에 의하여 부가가치세 의제매입세액 공제대상에 포함된다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(2) 김치·단무지 등 단순가공식료품이 전시부가가치세법시행령 제62조제1항 및 제28조 제1항의 규정에서 말하는 의제매입세액의 공제대상에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면,부가가치세법시행령 제62조제1항에서 의제매입세액공제대상으로 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물과 이러한 농산물·축산물·수산물 또는 임산물로서 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차가공을 거친 것을 규정하고 있어 김치, 단무지등 단순가공식료품을 공제대상으로 명시하지 아니하였음을 알 수 있다.또한, 그 동안의 관련예규 등을 보더라도 「김치, 단무지, 장아찌 등 면세로 공급받은 단순가공식료품을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는부가가치세법시행령 제62조제1항의 개정규정(대통령령 제17460호)에 의하여 2002.1.1. 이후 공급받는 분부터 의제매입세액을 공제할 수 있는 것임(재정경제부 소비 46015-63, 2002.3.15.)」, 「 도시락을 제조하는 사업자가 단순가공식료품인 김치, 단무지 등을 면세로 구입하는 경우에도 의제매입세액이 공제되지 아니함(국세청 제도 46015-12319, 2001.7.23.)」등으로 일관되게 의제매입세액 공제대상으로 보지 아니하였음을 알 수 있다.

(3) 재정경제부에서는 2001.12.31. 대통령령 제17460호(2002.1.1.시행)로부가가치세법시행령 제62조제1항의 규정을 개정하여 본래 공제되는 농산물과의 형평성을 감안하여 김치 등 단순가공식료품도 의제매입세액 공제대상으로 추가하였지만, 이 규정은 2002.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용되는 것이므로 청구법인의 경우는 적용될 수 없다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점매입금액을부가가치세법 제62조제1항의 규정에 의한 의제매입세액 공제 대상으로 보지 않고 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 국세심판관회의의 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.