고유목적사업에 사용코자 취득하였으나 형질변경허가를 받을 수 없어 형질변경 허가가 가능한 다른 토지와 O환·양도한 경우 당해 양도토지를 법인의 고유목적사업에 직접 사용한 토지로 보아 관련 법인세 및 특별부가세를 면제 또는 비과세할 수 있는지 여부(기각)

특별부가세 면제신청서를 법소정기한내에 제출하지 않았으므로 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 법인세와 특별부가세를 과세한 데 잘못이 없음.

1. 사실 및 처분개요청구법인은 88.1.20 노인복지시설설치운영을 목적으로 설립한 사회복지법인으로 전라남도 여천군 돌산읍 OO리 O OO 외 1필지 소재 임야 계 16,630㎡(이하 “쟁점임야”라고 한다)를 88.3.10 청구외 OOO(청구법인의 대표이사)로부터 출연받아 보유하고 있다가 91.4.16 전라남도 여천군 돌산읍 OO리 OOOO 소재 대지 3,363㎡(이하 “쟁점외토지”라고 한다)와 O환양도한 사실이 있다.처분청은 청구법인이 쟁점임야를 청구법인의 고유목적사업에 2년이상 계속하여 직접사용하지 않고 양도하였고 양도후 법소정기한내에 특별부가세에 대한 감면신청서를 제출한 사실이 없다하여 94.1.3 청구법인에게 ’91사업년도(1.1～12.

31) 법인세 20,542,550원과 특별부가세 25,678,190원을 과세하였다.청구법인은 이에 불복하여 94.2.14 이의신청과 94.5.12 심사청구를 거쳐 94.8.12 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장

(1) 법인세 비과세청구법인은 쟁점임야 위에 노인요양시설을 신축하기 위하여 인·허가 관청인 여천군청과 협의한 바, 「도시계획법」 및 「토지형질변경등 행위허가기준 등에 관한규칙」에 의거 형질변경을 할 수 없는 토지로 판단됨에 따라 부득이 91.4.16 쟁점임야와 쟁점외토지를 O환하여 쟁점외토지에 91.5.1 연면적 2,715㎡ 규모의 노인요양시설을 신축하였는 바, 쟁점임야의 경우, 형질변경등이 불가하여 고유목적사업에 사용할 수 없어 부득이 이를 사용가능한 쟁점외토지와 O환·양도하게 된 것이니 그 양도소득에 대한 법인세는법인세법 제1조제1항 제6호의 규정에 의거 과세대상에서 제외하여야 한다.

(2) 특별부가세 감면쟁점임야는 위와같이 고유목적사업에 사용치 못한 부득이 한 사유가 있었으므로 조세감면규제법 소정의 기한내에 감면신청한 사실이 없다 해도 실체적요건 충족에 따라 감면함이 타당하다.

나. 국세청장 의견청구법인은 당초 기본재산인 쟁점임야 위에 설립목적사업을 위한 노인요양시설을 신축코자 관할관청에 협의한 결과 토지형질변경이 불가함에 따라 결국 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용치 못하였음을 알 수 있고, 또한 특별부가세 면제신청서를 법소정기한내에 제출하지 않았으므로 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 법인세와 특별부가세를 과세한 데 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임야가 청구법인의 고유목적사업에 직접사용된 토지가 아니라 하여 당해 양도소득에 대한 법인세 및 특별부가세의 면제를 배제한 처분의 당부나. 관계법령(1)법인세법 제1조【납세의무】제1항에서 “국내에 본점 또는 주 사무소를 둔 법인(이하 「내국법인」이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서민법 제32조또는 사립학O법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 「비영리 내국법인」이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다”고 규정하면서 그 제6호에서 “고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입”이라고 규정하고 있고,같은법시행령 제2조【수입사업의 범위】제2항에서 “법 제1조 제1항 제6호에서 「고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것」이라 함은 부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호·제2호 및 제7호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 부동산을 말한다”고 규정하고 있다.위 규정에 의하면 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 부동산을 양도하거나 고유목적사업에 직접 사용한 경우에도 당해부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용하지 않은 부동산은 그 처분으로 인한 수입에 대하여 법인세를 부과함을 알 수 있다.

(2) 한편,조세감면규제법 제67조의14【사회복지법인 및 종O법인의 업무용토지 등에 대한 특별부가세 면제】제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등”이라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있고,같은법시행령 제55조의12【사회복지법인 및 종O법인의 업무용토지 등에 대한 특별부가세 면제】제1항에서 “법 제67조의14 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다”고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “법 제67조의14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.위 규정에 의하면 사회복지법인이 그 고유목적사업에 직접 사용하는 토지 등을 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도하는 경우로서 당해 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 당해 양도소득에 대한 특별부가세가 면제됨을 알 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 쟁점임야를 88.3.10 취득하여 91.4.16 쟁점외토지와 O환양도시까지 3년 1개월을 보유한 사실은 있으나 그 양도일 현재 2년이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 사실과 91.4.16 양도하고 법소정기한내에 쟁점임야의 양도소득에 대한 특별부가세 감면신청서를 처분청에 제출하지 않은 사실에 대하여는 다툼이 없다.위 다툼없는 사실관계와 관계법령을 종합하여 보면 쟁점토지의 양도소득에 대한 법인세 및 특별부가세는 면제대상이 아니라 할 것이어서 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세 및 특별부가세를 과세함은 적법·타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.