공통매입세액의 안분계산 및 정산(기각)

과세사업과 면세사업에 관한 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 건물이 준공된 후 임대가 개시되는 때를 정산시기로 보아 과세한 처분은 정당함

1. 사실 및 처분개요청구법인은 서울특별시 중구 OOO로 OO OOO에 본점을 두고 금융업을 영위하는 면세사업자로서, 1996.3.12 OO지점사옥(지하 2층, 지상 5층, 830.80㎡, 이하 “OO사옥”이라 한다)을 신축하여 1996.4.8 3,4층(240.93㎡)을 임대하였으며, 1996.7.19 OO지점사옥(지하 4층, 지상 10층, 2,762.70㎡, 이하 “OO사옥”이라 하고, OO사옥과 합하여 “쟁점사옥”이라 한다)을 신축하여 1996.9.7～1996.10.8 7,8층(563.38㎡)을 임대하고, 1998.2.2 9,10층(533.89㎡)을 임대한 후, 1998년 1기 부가가치세 확정신고시, 쟁점사옥 건축에 따른 공통매입세액을 사옥면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의해 안분계산하여 추가적인 매입세액 공제대상을 73,771,723원으로 하여 공통매입세액의 정산신고를 하였다.처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인조사시, 공통매입세액 안분계산의 정산시기가 OO사옥은 1996년 1기, OO사옥은 1996년 2기 확정신고시임에도, 청구법인이 1998년 1기 확정신고시에 정산신고하였다 하여 공통매입세액의 정산신고를 부인하여, 1998.9.30 청구법인에 1998년 1기분 부가가치세 81,148,890원을 경정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 1998.10.29 이의신청 및국세기본법 제45조의 2제2항 제4호의 규정에 의하여 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세 경정청구를 하고, 1999.1.13 심사청구를 거쳐 1999.5.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사옥의 공통매입세액을 정산함에 있어부가가치세법 시행령 제61조의 2에서 공통매입세액 정산시점을 “과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때”에 정산토록 규정하면서, 사용면적이 확정되는 시점을 명확히 규정하지 않고 있어 보수적인 관점에서 빈 사무실 상태가 해소된 1998년 제1기 확정신고시 정산하였음에도 처분청이 이를 부인하고 정산시점을 건물준공시점으로 하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 과세관청과 심사청구기관은 청구법인이 1998.10.29 제출한 경정청구가 1996년 1기와 1996년 2기 부가가치세 확정신고에 관한 것으로, 신고기한으로부터 1년이 경과되어 부적법한 경정청구라고 결정하고 있으나, 청구법인은 후발적인 사유의 하나인국세기본법 제45조의 2제2항 제4호의 규정에 의한 청구로 청구법인은 이를 근거로 1996년 1기(OO사옥 공통매입세액 추가분)와 1996년 2기(OO사옥 공통매입세액 추가분)의 경정 고지일인 1998.9.30부터 60일 이내인 1998.10.29 경정청구를 하였으므로 기한내 정당한 경정청구이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인이부가가치세법시행령 제61조제4항의 규정에 의하여 공통매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 것이고, 이 경우 「확정되는 과세기간」이라 함은 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 발생하는 과세기간을 말하는 것이므로(부가46015 -50, 1996.1.9), 처분청이 쟁점사옥의 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 건물이 준공되고 임대사업이 개시된 1996년 1기, 1996년 2기로 판단한 것은 정당하다.

(2) 청구법인이 1998.10.29 제출한 경정청구는 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세확정신고 기한인 1996.7.25 및 1997.1.25로부터 1년이상이 경과하여 제출된 것이므로 청구기한이 경과한 부적법한 경정청구라고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 과세사업과 면세사업에 관한 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 건물이 준공된 후 임대가 개시되는 때를 정산시기로 보아 과세한 처분의 당부와,

(2) 청구법인이 처분청의 1998년 1기 부가가치세 경정처분에 기하여 제기한 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세에 대한 경정청구를 처분청이 거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1)부가가치세법 제17조【납부세액】제2항에서「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액」이라고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×(면세공급가액 / 총공급가액)」이라고 규정하고 있고,제4항에서「제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.1.～2.(생략)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율」이라고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제61조의2【공통매입세액의 정산】에서「사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우가산 또는 공제되는 세액 = 총공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적)－기공제세액」이라고 규정하고 있다.

(2)국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】제1항에서「과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때」라고 규정하고 있으며,제2항에서「과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 금융업을 영위하는 면세사업자로서, 1996.3.12 OO사옥을 준공하여 1996.4.8 3,4층을 임대하였으며, 1996.7.19 OO사옥을 준공하여 1996.9.7 ～1996.10.8 7,8층을 임대하고, 1998.2.2 최종적으로 9,10층을 임대하였음이 임대차계약서 등에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 다툼이 없다. (나) 청구법인은 1998년 1기 부가가치세 확정신고시, 최종적으로 확정된 쟁점사옥의 임대 및 자가 사용면적을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 1995년 1기부터 1996년 2기까지의 공통매입세액을 정산하고, OO사옥은 6,787,535원, OO사옥은 66,984,188원을 과세분 매입세액에 추가하여 환급세액으로 신고하였음이 부가가치세 신고서에 의하여 확인되며,처분청은 쟁점사옥의 공통매입세액의 정산시기를 건물이 준공되어 임대사업에 사용된 과세기간, OO사옥 1996년 1기, OO사옥 1996년 2기의 확정신고시로 보고 청구법인이 신고한 공통매입세액의 정산액을 부인하여 이 건 과세하였음이 결정결의서등 과세자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 임대가 완료된 시점에 과세와 면세의 사용면적이 확정되므로 공통매입세액의 정산시기를 임대가 완료되는 시기로 보아 1998년 1기 확정신고시에 공통매입세액 정산신고를 한 것은 정당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

전시한부가가치세법 시행령 제61조의2에서「사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산한다」규정하고 있으며, 이 경우 “확정되는 과세기간”이라 함은 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 발생하는 과세기간을 말하는 것인 바(재무부 부가46015-50, 1996.1.9 같은 뜻),OO사옥은 1996.3.12 준공하여 1996.4.8 임대한 사실에는 다툼이 없으므로, 1996년 1기에 자가사용면적과 임대사용면적이 확정되었다 할 것이고, 그렇다면 OO사옥의 공통매입세액의 정산시기는 1996년 1기 확정신고시가 될 것이며,OO사옥은 1996.7.19 준공하여 1996.9.7～1996.10.8 7,8층을 임대하고, 9층은 임대지연으로, 10층은 자가사용계획에 의해 공가로 유지하다가 1998.2.2에 이르러서야 최종적으로 9,10층 임대가 확정되었다 하더라도, 9층은 당초 사용계획상 임대를 예정했던 것이고, 10층은 1996.9.4 소유권보존등기시 「강당」으로 등재된 사실로 볼 때, 당초 사용계획상 10층을 자가사용으로 계획했던 것을 1998.2.2 사용계획을 변경하여 임대로 전환하였다고 볼 것이므로, OO사옥의 사용면적의 확정시기는 당초 사용계획이 확정된 1996년 2기로 봄이 타당하다 할 것이고, 그렇다면 OO사옥의 공통매입세액의 정산시기는 1996년 2기 확정신고시가 된다 할 것이다.

따라서 처분청에서 청구법인이 1998년 1기 부가가치세 확정신고시 한 쟁점사옥의 공통매입세액의 정산신고를 부인하고 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.청구법인은 처분청의 1998년 1기 부가가치세 경정처분에 기하여, 동 처분이 청구법인이 한 1996년 1기 및 1996년 2기 공통매입세액 안분계산의 정산신고와 관련된다 하여국세기본법 제45조의 2제2항 제4호의 규정을 들어, 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세에 대하여 경정청구가 가능하다고 주장하고 있으나,쟁점(1)에서 살펴본 바와 같이, 청구법인이 1998년 1기 확정신고시 한 1996년 1기 및 1996년 2기 공통매입세액 안분계산의 정산신고는 그 정산시기를 일실한 적법한 정산신고가 아니므로, 처분청의 1998년 1기 부가가치세 경정처분은 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세와는 무관할 뿐만 아니라, 설사 적법한 정산신고라 하더라도부가가치세법 시행령 제61조의 2의 규정에 의한 공통매입세액의 정산은 건물사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 세액을 조정함으로써, 과거 과세기간의 공통매입세액의 안분계산을 정산하는 것일 뿐, 과거 과세기간의 과세표준과 세액의 변동을 초래하는 것은 아니므로, 청구법인이 처분청의 1998년 1기 부가가치세 경정처분에 기하여,국세기본법 제45조의 2제2항 제4호의 후발적 사유를 이유로 1996년 1기 및 1996년 2기 부가가치세에 대한 경정청구가 가능하다고 하는 청구주장은 위 법리를 오인한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제 81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.