청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

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로부터 재위탁 받은 기업이「조세특례제한법 시행령」별표6의 규정에 의한 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는 기업이 재위탁 받은 부분에 대하여는 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 금융업(생명보험업)을 영위하는 법인으로, 2004년 및2005년중 전산시스템개발업체인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 등에 위탁하여 신기간계시스템 등을 구축하였으나, 연구인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였다가 2008년 6월에 경정청구하여 2004.4.1.～2005.3.31.사업연도(이하 “2005사업연도”라 한다) 법인세 OOO원 및 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다) 법인세 OOO원을 환급받았다.

나. 감사원은 2010년 12월 처분청에 대한 감사를 통하여, 청구법인의 연구개발용역비 중 재위탁 부분은 세액공제 대상이 아니라고 지적함에 따라, 처분청은 2011.3.7. OOO가 재위탁한 부분의 연구인력개발비 세액공제를 재계산하여, 2011.3.7. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.3. 이의신청을 거쳐 2011.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 하는 것인 바, 연구기관에 위탁한 연구개발용역 중 재위탁비용을 세액공제대상에서 배제하도록 해석하는 것은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 규정을 한정적 허용 규정으로 해석하는 것으로, 조특법 제10조 등에는 위탁한 연구개발비 중 수탁자가 제3자에게 재위탁할 경우 세액을 공제대상에서 제외한다고 명시하지 않았는데도 , 기획재정부 예규(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)에서 제외 대상으로 해석하는 것은 조세법 엄격해석의 원칙에 비추어 타당성이 없고 , 수탁자가 제3자에게 재위탁한 경우에도 세액을 공제하는 것이 연구개발 활성화 조세지원 취지에 부합하며, 수탁자는 “위탁받아 수행하는 연구활동”에 따라 지출하는 비용을 연구인력개발비로 보지 않으므로 위탁자인 청구법인이 세액공제를 받지 못하면 누구도 세액공제를 받지 못하여 불합리하다.

(2) 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하는 바, 연구개발 수탁기관이 재위탁한 부분에 해당하는 연구인력개발비에 대하여 「조세특례제한법」 제10조 의 세액공제를 할 수 없다는 기획재정부 예규(조세특례제도과-844)는 2009.9.25. 생성된 것으로서 소급과세 금지의 원칙상 그 생성일 이후 사업연도분부터 적용되어야 함에도 해당 사업연도가 종료된 2006사업연도(2005.4.1.～2006.3.31.) 분에 대하여 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 반하여 위법·부당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 연구개발비 중 수탁자가 제3자에게 재위탁한 비용은 조특법 제10조 및 동법 시행령 제9조 별표6의 규정에 의하여 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않으므로, 수탁자가 재위탁한 연구개발비용에 대한 세액공제를 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

(2) 납세의무 성립일 당시의 조세법령에 근거하여 재경정하는 것은 「국세기본법」 제18조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 재산권 부당행위침해금지의 원칙과 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

(2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

[별표 6]

연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련)

구 분

비 용

1. 연구 개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2005 및 2006사업연도 법인세 신고 및 경정청구의 주요내용은 아래의 〈표1〉과 같고, 위탁개발 용역비용 및 세액공제 내역은 아래의 〈표2〉와 같다. OOOO OOO OO(OOOO OO) OO (OO : OO) OOOO OOOO OOOO O OO OOO OOOO OO (OO : OO)

(2) 처분청의 현지확인 결과보고서 등에 의하면, 위탁개발용역 및 재위탁개발용역과 관련한 비용 명세 등은 아래의 〈표3〉과 같다. OOOO OOOOOO O OOOOOOO OO (OO : OO) (가) 처분청은 청구법인의 2005사업연도 법인세에 대하여는 부과제척기간이 경과한 것으로 보아 법인세를 경정하지 아니하였다. (나) 2006사업연도의 재위탁개발용역과 관련 발생한 비용 OOO원은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 세액공제를 배제하여 법인세를 경정·고지하였다.

(3) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하 는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지에 대하여 본다. (가) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다.

(다) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO가 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어려운 것으로 보이고, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례제한법」제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점 , 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 다음으로 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지에 대하여 본다.

1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」 별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 국세청도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고, 「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심

2009서3678, 2010.9.1. 참조), 동일 건에 대하여 감사원의 2003년 OOO지방국세청에 대한 감사(2001사업연도 OOO은행 연구인력개발비 세액공제 관련 환급 경정청구)시도 과세되지 않았고, 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. 감사위원회의에서 불문의결 되었다는 통지를 한 점(재정경제감사국 제4과-OOO) 등을 감안할 때, OOO가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임). 따라서, 2006사업연도에 청구법인으로부터 위탁받은 용역을 OOO가 재위탁하였다 하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 OOO로부터 재위탁 받은 기업이 「조세특례제한법 시행령」 별표6의 규정에 의한 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는 기업이 재위탁 받은 부분에 대하여는 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.