부가가치세 과세사업(부동산임대업)과 면세과업(금융업)에 공할 쟁점건물을 신축하고 신축대금에 대한 매입세액을 과세사업과 면세사업부분으로 안분함에 있어서, 예정사용면적을 기준하여 안분하는 방법과 예정공급가액을 기준하여 안분하는 방법중 어느 방법이 합당한 방법인지의 여부(경정)

처분청이 공통매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 하여 공제가능 매입세액을 예정공급가액 비율로 안분계산한 처분은 부적법함.

1. 원처분 개요청구법인은 부가가치세 면세사업인 금융업과 과세사업인 부동산임대업을 겸업하는 업체인데 94.1.25 ’93년 제2기분 부가가치세신고시 OO지점 외 9개 지점의 건물(명세별지, 이하 “쟁점건물”이라 한다)신축과 관련한 매입세액 중 과세사업분 매입세액을 과세사업과 면세사업의 예정공급가액 비율로 안분계산하여 환급신고한 후 94.7.21 수정신고시에는 과세사업과 면세사업의 예정사용면적비율로 재계산하여 증액된 과세사업분 매입세액 392,669,465원을 추가 환급신고하였다.처분청은 청구법인이 94.1.25 당초신고한 예정공급가액 비율로 안분계산함이 타당하다하여 청구법인이 94.7.21 수정신고한 환급세액을 94.9.19 환급거부하였다.청구법인은 이에 불복하여 94.11.15 심사청구를 거쳐 95.3.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구법인의 주장쟁점건물신축에 따른 매입세액공제는부가가치세법 제17조및동법시행령 제61조제1항에 의하여 실지귀속에 따라 예정사용면적의 비율로 안분계산함이 타당하다.

나. 국세청장 의견부가가치세법시행령 제61조제4항에서는 과세사업과 면세사업에 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통 매입세액을 안분하는 방법의 순위를첫째, 매입가액비율. 둘째, 예정공급가액비율. 셋째, 예정사용면적 비율로 하도록 규정하고 있어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에같은법 시행령 제61조의2【공통매입세액의 정산」의 규정에 의하여 정산하는 것은 별론으로 하고, 이 건 쟁점건물은 ’93년 2기중 과세사업의 공급가액이 없을 뿐만 아니라 사용면적이 확정되지 아니하였으므로 위 시행령에서 규정하고 있는 순위에 따라 안분하여야 할 것인 바, 청구법인이 주장하고 있는 예정사용면적비율보다 앞순위인 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은 부가가치세 과세사업(부동산임대업)과 면세사업(금융업)에 공할 쟁점건물을 신축하고 신축대금에 대한 매입세액을 과세사업과 면세사업부문으로 안분함에 있어서, 예정사용면적을 기준하여 안분하는 방법과 예정공급가액을 기준하여 안분하는 방법중 어느 방법이 합당한 방법인지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

을 살펴보면,부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고,동법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략).면세사업에 관련된 매입세액 =

1. 원처분 개요청구법인은 부가가치세 면세사업인 금융업과 과세사업인 부동산임대업을 겸업하는 업체인데 94.1.25 ’93년 제2기분 부가가치세신고시 OO지점 외 9개 지점의 건물(명세별지, 이하 “쟁점건물”이라 한다)신축과 관련한 매입세액 중 과세사업분 매입세액을 과세사업과 면세사업의 예정공급가액 비율로 안분계산하여 환급신고한 후 94.7.21 수정신고시에는 과세사업과 면세사업의 예정사용면적비율로 재계산하여 증액된 과세사업분 매입세액 392,669,465원을 추가 환급신고하였다.처분청은 청구법인이 94.1.25 당초신고한 예정공급가액 비율로 안분계산함이 타당하다하여 청구법인이 94.7.21 수정신고한 환급세액을 94.9.19 환급거부하였다.청구법인은 이에 불복하여 94.11.15 심사청구를 거쳐 95.3.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구법인의 주장쟁점건물신축에 따른 매입세액공제는부가가치세법 제17조및동법시행령 제61조제1항에 의하여 실지귀속에 따라 예정사용면적의 비율로 안분계산함이 타당하다.

나. 국세청장 의견부가가치세법시행령 제61조제4항에서는 과세사업과 면세사업에 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통 매입세액을 안분하는 방법의 순위를첫째, 매입가액비율. 둘째, 예정공급가액비율. 셋째, 예정사용면적 비율로 하도록 규정하고 있어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에같은법 시행령 제61조의2【공통매입세액의 정산」의 규정에 의하여 정산하는 것은 별론으로 하고, 이 건 쟁점건물은 ’93년 2기중 과세사업의 공급가액이 없을 뿐만 아니라 사용면적이 확정되지 아니하였으므로 위 시행령에서 규정하고 있는 순위에 따라 안분하여야 할 것인 바, 청구법인이 주장하고 있는 예정사용면적비율보다 앞순위인 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은 부가가치세 과세사업(부동산임대업)과 면세사업(금융업)에 공할 쟁점건물을 신축하고 신축대금에 대한 매입세액을 과세사업과 면세사업부문으로 안분함에 있어서, 예정사용면적을 기준하여 안분하는 방법과 예정공급가액을 기준하여 안분하는 방법중 어느 방법이 합당한 방법인지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

을 살펴보면,부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고,동법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략).면세사업에 관련된 매입세액 =”이라고 규정하고 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율”이라고 규정하고 있다.

다. 쟁점건물신축에 따른 공통매입세액을 예정사용면적비율로 안분계산할 수 있는지에 대하여

(1) 위 관련법령에서와 같이부가가치세법시행령 제61조제4항은 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액 비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정하고 있으나,

(2) 건물신축관련 매입세액의 안분계산의 경우와 같이 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없음에도 불구하고 법규정에 따라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법이 아닐 뿐만 아니라,

(3) 위 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것(국심 94경3263, 95.2.22, 94경3526, 95.2.22 동지임)이며,

(4) 이 건의 경우, 청구법인이 이 건 OO지점외 9개 지점건물의 각 지점별 자가 사용면적과 임대사용면적을 구분한 사용계획을 수립하여 내부결재를 받아 확정한 사실이 관련자료에 의하여 확인되고 있으므로,청구법인이 신고한 ’93년 제2기 부가가치세 매입세액중 쟁점건물신축에 관련된 공통매입세액은 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 공제가능한 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 공통매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 하여 공제가능 매입세액을 예정공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.【 별지 】청구법인의 지점건물 명세

소 재 지

지 점 명

준공일자

총면적(坪)

충청남도 OO시 OO동 OOOOOOO외

전라북도 OO시 OO동 OOOOO

대전광역시 서구 OO지구 OOOOO OO

광주광역시 당산구 OO동 OOOOOO

서울특별시 양천구 OO동 OOOOOO

경기도 성남시 OO구 OO동 OOOOO

경상남도 OO군 OO읍 OO리 OOOOOO

OO광역시 중구 OO동 OO OOOO외

OO광역시 중구 OO동 OOOO외

경기도 고양시 OO신도시 OOOOOOOO

OO지점

OO지점

OO지점

OO지점

OO동지점

OO지점

OO지점

OO동지점

OO지점

OO지점

93.12.24

94. 3.17

94. 7.27

94. 3.12

94. 3.28

94. 9.29

93. 9.10

94. 6.30

94.12.24

94.12.23

669.84

685.23

907.66

664.79

383.40

1,497.39

526.95

988.54

4,219.63

940.05

계

11,483.48