수산물을 냉동한 후 판매하는 사업자가 냉동공장을 신축하는 도중에 부가가치세가 면세되는 수산물을 도매한 사실이 있을 때, 그 냉동공장의 신축에 관련된 매입세액을 환급할 수 있는지 여부(경정)

과세사업과 면세사업이 최초로 발생한 92년도 제1기 과세기간의 총공급가액중 면세사업에 관련된 공급가액의 비율로 정산할 수 밖에 없으므로, 그 비율로 안분계산하여 산출된 금액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보는 것이 합리적이라고 판단됨.

1. 원처분 개요가. 90.9.12 : 청구법인은 충청남도 서천군 장항읍 OO리 OOOOOO를 사업장으로 하고 업태를 “제조”로 종목은 “냉동수산물”로 하여 사업자등록을 함.

나. 90.12.31 : 청구법인은 청구외 OO산업 주식회사(대표이사 OOO)로부터 부가가치세가 면세되는 새우 78,003,600원을 매입하였고, 이 새우를 과세기간을 달리하여 91.5.31에 94,635,000원에 판매하였음.

다. 91.1.15 : 청구법인은 위의 사업장 소재지에 냉동공장 신축공사를 착공하였고 91년도 제1기 과세기간에 건물신축비 466,488,701원을 지급함.

라. 91.6.18 : 청구법인은 냉동공장 신축에 관련된 매입세액 22,087,720원을 환급받음.

마. 91.7.25 : 청구법인은 91년도 제1기 과세기간분 부가가치세의 과세표준과 세액을 확정신고하면서, 건물신축비에 대한 매입세액 46,648,870원을 환급받는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 신고함.

바. 91.8.16 : 청구법인은 위 냉동공장 신축에 관련된 매입세액 46,648,870원중 환급받지 아니한 24,560,340원을 환급받음.

사. 92.6.17 : 처분청이 청구법인은 91년도 제1기 과세기간에는 과세사업에 의한 공급가액은 없고, 면세사업에 의한 공급가액(94,635,000원)만 있으므로 매입세액을 전액 환급할 수 없다고 보아 부가가치세 51,312,870원을 부과함.

아. 청구법인은 위의 처분에 불복하여 92.7.21 이의신청, 92.9.8 심사청구를 거쳐 92.12.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장청구법인은 이 건 관련 냉동공장은 91.1.15 공사를 착공하였고, 처분청이 91년도 제1기 과세기간의 면세사업에 관련된 매출액으로 본 94,635,000원은 위 공장을 착공하기 전인 90.12.31 매입하여, OO산업 (주)OO냉장공장에 냉동보관한 후 91.5.31 판매한 것으로서, 청구법인이 신축하는 이 건 냉동공장과는 하등에 관계가 없다.그럼에도 불구하고 처분청이 91년도 제1기 과세기간에 면세사업에 관련된 매출액만 있을 뿐 과세사업에 관련된 매출액이 없다고 하여 냉동공장 신축에 관련된 매입세액을 추징하는 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견①부가가치세법 제17조에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하며, 이 경우 부가가치세가 면제되는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제61조 제1항 및동법시행규칙 제18조의 2제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매입세액중 공제되지 아니하는 세액(면세에 관련된 매입세액)의 계산은 실지귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공동매입세액”이라 한다)은 「면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×총공급가액분의 면세공급가액」의 산식에 의하여 계산하며, 위 산식에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 되어 있다.

② 사업자가 부가가치세가 과세되는 사업과 면세되는 사업을 겸업하는 경우에 있어서는, 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산하여야 할 것이다.

③ 청구인은 91년도 제1기중에 매입한 466,488,701원중 공장신축관련비용이 8건에 454,005,454원(VAT 45,400,546원)이고 차량, 집기 비품 등이 18건에 12,483,247원(VAT 1,247,522원)이 있다.

④ 청구법인이 신축하는 공장은 자기소유의 수산물을 냉장, 보관, 판매하는 면세사업과 타인의 수탁물을 냉장보관하고 수수료를 받는 과세사업의 겸영사업(혼합보관)으로서 청구법인의 매입세액은 과세사업과 면세사업으로 실지귀속 여부가 불분명하다.

⑤ 부가가치세는 사업장별로 과세하는 조세로서 처분청의 조사에 의하면 90.12.31 새우 78,003,600원을 청구법인이 매입하였다가 91.5.31에 94,635,000원에 판매한 사실이 있는 바, 이는 청구법인의 명의로 청구법인의 사업장을 기재하여 매출된 것으로서 설령 타인의 냉동창고를 이용(이에 대한 근거 없음)하였다 하더라도 청구법인의 당해 사업장의 당해기간의 면세공급가액에 해당한다.

⑥ 처분청이 91년도 제1기 과세기간에 과세매출이 전혀 없이 전액 면세매출만이 있으므로 부가가치세액을 면세관련 매입세액으로 본 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 수산물을 냉동한 후 판매하는 사업자가 냉동공장을 신축하는 도중에 부가가치세가 면세되는 수산물을 도매한 사실이 있을 때, 그 냉동공장의 신축에 관련된 매입세액을 환급할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나.부가가치세법 제17조제1항에서 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고, 그 제2항 제4호에서 부가가치세가 면세되는 재화와 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하도록 하였으며, 같은 법 시행령(92.12.31 개정이전의 것을 말한다. 이하 같다) 제61조에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산방법에 관하여는 “

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견”에서 열거한 바와 같이 규정하고 있다.

다.부가가치세법 제4조제1항에 규정한 바와 같이 부가가치세는 사업장별로 납세의무가 있는 것이고, 청구법인이 90.12.31 부가가치세가 면세되는 새우를 매입하여 91.5.31 판매하면서 위 냉동공장이 있는 소재지를 사업장으로 하여 “계산서”를 발행하고 또한 수취한 사실이 있으며, 청구법인은 위 사업장 이외에 다른 사업장을 갖고 있지 아니하다.그러므로 청구법인이 새우를 위 냉동공장에 냉동한 후 판매한 것은 아니지만 새우의 판매나 냉동공장의 신축에 관련된 매출세액과 매입세액은 하나의 사업으로 보아 계산하여야 할 것이다.

따라서 청구법인이 부가가치세가 면제되는 새우를 위 냉동공장에 냉동보관하지 아니하였기 때문에 위 냉동공장의 신축에 관련된 매입세액을 과세사업에 관련된 매입세액으로 보아 환급하여야 한다는 이부분 주장은 이유없다.

라. 냉동공장은 일반적으로 자기의 수산물을 냉동보관하는 것이 아니라 타인의 수산물도 냉동보관하는 것이 일반적이고, 청구법인도 위 냉동공장이 완공된 91년도 제2기분부터는 타인의 수산물을 보관하는 등 과세사업을 영위하고 있는 것으로 볼 때 청구법인은 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있는 것으로 보여지므로 위 냉동공장의 신축에 관련하여 환급할 매입세액은부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의하여 안분계산하여야 할 것이다.그런데 청구법인은 위 냉동공장의 신축중에는 과세사업에 관련한 공급가액이 없고, 건물신축비를 제외한 과세 및 면세사업에 관련한 매입가액도 없어서부가가치세법시행령 제61조제1항 및 제4항에 규정한 산식에 의하여 공통매입세액을 안분계산할 수 없으므로, 당해과세기간의 예정공급가액에 의해 공통매입세액을 안분계산하고 그 냉동공장이 완공될때에 이를 정산하는 것이 합리적이라고 보여진다(재무부예규 부가 22601-26, 92.2.27 참조).

마. 한편, 청구법인은 예정공급가액에 의해 공통매입세액을 안분계산하여 해당세액을 환급받은 것은 아니지만, 이 건 심판청구내용을 심리하는 현시점에서 볼 때 과세사업과 면세사업이 최초로 발생한 92년도 제1기 과세기간의 총공급가액중 면세사업에 관련된 공급가액의 비율로 정산할 수 밖에 없으므로, 그 비율로 안분계산하여 산출된 금액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.