청구인이 사업을 운영한 기간 동안 발생한 수입금액에 대하여만 종합소득세를 과세하여야 하는지 여부(경정)

사실관계를 조사함이 없이 경정청구를 거부한 처분은 부당함으로 공동사업장을 영위한 기간과 그 기간 동안의 수입금액 등을 재조사하여 종합소득과세표준 및 세액을 경정하는 것이 정당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.4.16. 개업하여 2010.3.31. 폐업한 ‘○○정보’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)의 사업소득에 대하여 이○○와 공동사업을 영위한 것으로 하여 지분율 50%로 하여 2010.5.31. 2009년 귀속 종합소득과세표준 확정신고를 한 뒤, 그 세액(분납)을 납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 2010.8.5.과 2010.9.3. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 54,633,340원 및 54,086,900원을 각각 결정·고지하였고, 청구인은 2010.8.31. 쟁점사업장의 사업자를 이○○로 하여 청구인의 수입금액을 0원으로 과세표준수정신고를 하며 처분청에 경정청구를 하였으나 처분청은 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 2010.10.1. 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2009.4.16.부터 2009.8.23.까지 단독으로 쟁점사업장을 운영하다가 폐업하려고 하였으나, 직원으로 있던 이○○, 김○○,구○○ 등이 계속 사업을 영위하고 싶다고 하여 2009.8.24. △△세무서를 방문하여 사업양도를 위한 절차로 이○○와 공동사업을 하는 것으로 사업자등록신청을 한 후 2009.9.2. 청구인의 지분을 양도한다는 서류를 제출하여 사업을 양도하였으므로 청구인이 사업을 운영한 기간의 수입금액에 대하여만 청구인의 수입금액으로 하여 종합소득세를 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 공동사업에서 발생한 소득금액을 손익분배비율에 따라 안분하여 2009년 종합소득세 확정신고를 정상적으로 이행한 후 당해 공동사업장에 대한 청구인의 수입금액 및 소득금액을 0으로 하여 경정청구서를 접수하여 검토한 바, 이는 손익분배비율을 전혀 고려하지 아니한 청구로 거부 통지한 처분은 정당하고,설사, 청구인의 주장이 정당하다고 하더라도 이는소득세법 제87조제6항 및동법 시행령 제150조제2항에 따라 대표공동사업자인 이○○의 주소지 또는 쟁점사업장을 관할하는 △△세무서장이 결정 ·경정할 사항이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점청구인이 사업을 운영한 기간 동안 발생한 수입금액에 대하여만 종합소득세를 과세하여야 하는지 여부나. 관련법률(1)소득세법 제1조【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 “공동사업자”라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 “손익분배비율”이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

(2)국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2010.5.31. 2009년 귀속 종합소득세를 신고하면서 다음 표와 같이 쟁점사업장의 수입금액에 대하여 이○○와 공동사업을 영위한 것으로 하여 신고하였다가, 2010.8.31. 청구인의 수입금액 및 소득금액을 0원으로 하여 경정청구를 하였으나, 2010.10.1. 처분청은 거부통지를 하였다.(단위 : 원)

사업자

분배비율

수입금액

소득금액

이○○

50%

#####

#####

청구인

50%

#####

#####

합계

100%

#####

#####

(2) 처분청이 제출한 전산자료에 의하면, 2009.4.16. 청구인이 사업자등록을 하고 개업하여 사업을 영위하다가 2009.8.24. 이○○와 공동사업자로 등록을 한 뒤, 2009.9.2. 청구인이 공동사업자에서 탈퇴한 것으로 나타나고, 부가가치세 신고내역을 보면 2009년 제1기 부가가치세 확정신고는 청구인 명의로, 2009년 제2기 부가가치세 예정 및 확정신고는 이○○ 명의로 신고한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 2009년 귀속 종합소득세 신고는 이○○의 세무대리인이 잘못 신고한 것이고, 청구인이 이○○와 쟁점사업장의 공동사업자로 등록을 한 것은 쟁점사업장을 폐업하고 이○○에게 양도하기 위한 방편으로 그렇게 한 것일 뿐, 사실상 공동사업을 영위하기 위한 것은 아니므로 청구인이 쟁점사업장을 운영한 기간에 대하여만 청구인의 수입금액을 산정하여 종합소득세를 과세하여야 한다고 주장하면 다음과 같이 증빙자료를 제시하고 있다.(가) 청구인이 이○○에게 쟁점사업장을 양도하기로 계약체결한 양도계약서(2009.7.20.)와 공동사업을 해지하므로 청구인이 이○○에게 모든 지분을 양도한다(추후 세금 및 제반사항은 모든 양수인이 책임진다)는 내용 등이 기재된 지분각서(2009.9.4.)(나) 쟁점사업장의 손익계산서(사업개시일부터 2009.9.2.까지 분), 상품매출 계정별 원장 및 증빙자료, 수입수수료 계정별 원장 및 증빙자료, 지급수수료 계정별 원장 및 증빙자료, 상품계정별 원장 및 증빙자료, 외주용역비 계정별 원장 및 증빙자료, 판매촉진비 계정별 원장 및 증빙자료 등을 제시하는 바, (주)

○○○○

은행이 2009.9.3. 발행한 세금계산서[품목: 공인인증서(금융거래)]에는 공급받는 자가 이○○(○○정보)로 나타나며, 판매촉진비 지급에 대한 증빙자료로 제시한 ○○은행의 이체이뢰내역서에 의하면, 보내는 사람이 2009.9.1.까지는 청구인으로, 2009.9.4.부터는 이○○(○○정보)로 나타난다.

(4) 살피건대, 처분청이 제출한 전산자료에 의하면, 2009.4.16. 청구인 명의로 사업자등록을 하였고, 이○○와 공동사업자로 등록한 기간은 2009.8.24.부터 2009.9.2.까지로 불과 1주일에 불과한 것으로 나타나는 점, 청구인과 이○○가 2009년 부가가치세 신고를 제1기와 제2기로 각각 나누어 신고한 점, 청구인이 쟁점사업장을 이○○에게 양도하기로 하고 계약을 체결한 점 및 2009.9.3. 세금계산서에 의하면 이○○가 금융거래용 공인인증서를 발급받은 것으로 나타나는 점 및 이 날 이후 대부분의 세금계산서에 대표자가 이○○로 나타나는 점 등을 감안하여 볼 때 쟁점사업장은 2009.4.16.부터 청구인이 운영을 하다가 이○○에게 양도하기 위하여 2009.8.24. 이○○와 공동사업자로 등록 한 것으로 볼 수 있는 바, 처분청이 위의 사실관계 등을 조사함이 없이 쟁점사업장을 청구인과 이○○의 공동사업장으로 보고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 하겠으므로 청구인이 쟁점사업장을 영위한 기간과 그 기간 동안의 수입금액 등을 재조사하여 청구인이 확정신고한 2009년 귀속 종합소득과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.