부동산은 폐업시 재고재화로 취득일로부터 양도일까지 10과세기간이 경과하여 건물부분의 과세가액이 영(0)이 되므로 과세처분을 취소하여야 하는지 여부 및 건물부분의 과세가액을 토지거래계약신고서상의 건물가액으로 하여야 하는지 아니면 감정가액이나 과세시가표준액으로 안분계산한 가액으로 하여야 하는지 여부(경정)

처분청이 부동산의 건물가액을 토지거래계약신고서상의 건물가액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 인정됨

1. 처분개요

청구인은 서울특별시 성북구 OO동 OO OOOOO 대지 475.5㎡ 및 지상건물 224.9㎡(이하 토지와 건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 1990.4.30 취득하여 임대목적으로 사용하다가 1997.10.4 청구외 학교법인 OO학원(이하 “매수법인”이라 한다)에 양도한 후 부가가치세를 신고하지 아니하였다.처분청은 쟁점부동산의 양도는 사업용 건물의 양도로서 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 매수법인과 함께 토지거래계약신고서를 성북구청에 신고하면서 토지가액 855,900,000원, 건물가액 434,100,000원 합계 1,290,000,000원으로 신고한 것을 근거로 건물가액 434,100,000원에 대하여 1998.8.3 청구인에게 1997년 제2기 부가가치세 9,550,200원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 1998.9.30 심사청구를 거쳐 1998.12.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인은 쟁점부동산을 1990.4.30 취득하여 1990.12.1부터 부동산임대업에 사용하던 중 1997.1.9 양도계약을 체결한 후 1997.9.30 부동산임대업 폐업신고 후 1997.10.1 잔금을 지급받고 쟁점부동산을 명도하였으므로 쟁점부동산은 폐업시 잔존재화에 해당하는 바, 쟁점부동산의 취득일부터 양도일까지는 10과세기간이 경과하였으므로 건물부분의 부가가치세 과세표준은 영(0)이 되므로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다.설령, 쟁점부동산을 폐업시 잔존재화로 보지 않는 경우에도 쟁점부동산은 건축된 지 20년이 경과하여 건물부분의 가액은 없는 것으로 당초 매매계약시에도 토지가액(평당 약 9백만원)만으로 계약하고 건물부분의 가액은 없는 것으로 하였으며, 설령 건물부분의 가액이 있다 하더라도 부가가치세법령상 토지와 토지에 정착된 건물을 함께 양도시 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 의하여 안분하도록 규정되어 있으므로 청구인이 제시한 한국감정원의 감정가액(1991.9.2 기준평가)을 기준으로 안분하여 계산한 금액을 건물가액으로 하여야 함에도, 처분청이 단순히 매수법인이 임의로 기재한 건물가액 434,100,000원을 실지거래가액으로 본 것은 동 금액은 지방세법에 의한 시가표준액이나 한국감정원의 토지 및 건물에 대한 감정평가액 등에 비추어 보아도 부당함으로 이 건 과세처분은 경정결정하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 1997.9.30 쟁점부동산의 임대업을 폐지하고 1997.10.1 부동산매매대금의 잔금청산 및 부동산명도가 이루어졌으며, 쟁점부동산의 매매계약일은 1997.1.9이고 잔금청산일은 1997.10.1로 되어 있음이 부동산매매계약서에 의하여 확인되는 바, 폐업일 이전에 과세사업에 공하던 부동산에 대한 매매계약을 체결하고 폐업일 이후에 공급시기가 도래하는 경우에는부가가치세법시행령 제21조제1항 단서규정에 의거 폐업일을 공급시기로 보는 것이므로 쟁점부동산의 건물부분 양도에 대하여 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 적법한 것이다.

(2) 쟁점부동산의 양도에 대한 처분청의 사실조사에 의하면, 매수법인은 쟁점부동산을 취득한 후 조사당시인 1998.7월 현재까지 OO유치원으로 사용하고 있으며 향후에는 OO대학 사회교육원으로 사용할 계획이라 하고 있어 쟁점부동산중 건물부분이 낡고 쓸모가 없다는 청구인의 주장은 수긍하기 어렵다.토지와 건물을 함께 공급하는 경우에 건물의 공급가액을 감정평가액 등으로 안분계산하는 것은 토지 및 건물의 실지거래가액의 구분이 없을 때에 적용하는 방법이고, 이 건과 같이 토지 및 건물의 실지거래가액이 구분되는 경우에는 그 구분된 건물가액을 공급가액으로 하여야 하는 것으로 쟁점부동산 매매계약시 청구인과 매수법인이 함께 작성한 후 서명날인하여 성북구청장에게 제출한 토지거래계약신고서에 의하면, 이 건 부동산의 실지거래가액은 토지분 855,900,000원과 건물분 434,100,000원 합계 1,290,000,000원으로 되어 있고, 매수법인의 이사회 회의록과 매수법인이 교육부장관(대학재정과장)에게 보고한 기본재산 증자보고서(OO학원 제98-20호, 1998.3.6)의 첨부서류인 교육용 기본재산 증자재산목록에도 토지가격 855,900,000원과 건물가액 434,100,000원이 구분기재되어 있는 점등으로 보아 처분청이 쟁점건물의 부가가치세 과세표준을 434,100,000원으로 하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산은 폐업시 재고재화로 취득일로부터 양도일까지 10과세기간이 경과하여 건물부분의 과세가액이 영(0)이 되므로 과세처분을 취소하여야 하는지 여부와

(2) 건물부분의 과세가액을 토지거래계약신고서상의 건물가액으로 하여야 하는지 아니면 감정가액이나 과세시가표준액으로 안분계산한 가액으로 하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령부가가치세법(1995.12.29 법률 제5032호로 개정된 것) 제6조 제1항의 규정에 의하면 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제4항의 규정에 의하면 “사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다”고 규정하고 있다. 같은법 제9조제1항의 규정에 의하면, “재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다”고 규정하면서 그 제2호에는 “재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때”라고 규정하고 있으며 제4항에서 “제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고같은법시행령 제21조제1항의 규정에 의하면 “법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다(각호 생략)”고 규정하고 있다. 또한같은법시행령 제49조제1항에서 “과세사업에 공한 재화가소득세법시행령 제62조또는법인세법시행령 제48조에 규정된 감가상각자산에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다.

이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 10을 초과하는 때에는 10으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다”고 규정하고 그 제1호에서 건물 또는 구축물의 시가를 「당해 재화의 취득가액 × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수)」로 계산하는 것으로 규정하고 있다. 한편같은법시행령 제48조의 2제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고, 같은조 제4항에서 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다”라고 규정하고 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다”를, 그 제3호에서 “지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”을 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다. 처분청은 부동산임대업에 공하던 쟁점부동산의 건물부분의 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 데 대하여 청구인은 쟁점부동산이 폐업시 잔존재화로서 건물부분의 과세가액이 영(0)이 되므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다. (가) 청구인은 쟁점부동산을 1990.4.30 취득하여 1997.10.4 양도하였음이 쟁점부동산의 등기부등본에 의하여 확인되고, 또한 청구인은 쟁점부동산을 사업용 자산으로 하여 부동산임대업을 1990.12.1 개시하였다가 1997.9.30 폐업하였음이 청구인이 제시한 폐업사실 증명원(1998.7.8 성북세무서장 발행)에 의하여 확인되고 있다. (나) 청구인은 폐업일 이후인 1997.10.1 잔금을 지급받고 쟁점부동산을 명도하였다고 주장하면서 매매대금이 1,290,000,000원이며 계약일이 1997.1.7이고 잔금지급일이 1997.10.1로 되어 있는 검인계약서를 제시하고 있고, 우리 심판소에서 1999.6.16 매수법인에게 사실조회(국심 46830-782)하여 회보(OO학원 제99-83호, 1999.6.24)받은 내용에 의하면 매수법인은 쟁점부동산 매매대금(1,290,000,000원)을 1997.1.7(계약서상의 1997.1.9은 오기로 보임) OOO,000,000원, 1997.3.5 560,000,000원, 1997.9.30 530,000,000원 1997.10.1 70,000,000원으로 나누어 각각 지급한 것으로 장부 및 증빙서류에 나타나고 있어 쟁점부동산의 계약일은 1997.1.7이고, 잔금지급일은 1997.10.1이라는 청구인의 주장은 신빙성이 인정된다.

(다) 쟁점부동산이 폐업시 잔존재화에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면,부가가치세법 제6조는 제1항에서 타인간의 거래에 있어서의 재화의 공급에 관하여 규정하고 있고, 제2항과 제4항에 걸쳐서는 공급하는 자와 공급받은 자가 동일인인 이른바 자가공급에 관하여 규정하고 있다. 또한 전시한부가가치세법 제9조제1항에서는 공급시기에 관한 원칙을 정하고 같은조 제4항의 위임에 따라서같은법시행령 제21조제1항에서는 제1호 내지 제11호에 걸쳐 거래형태에 따른 개별적인 공급시기를 정하면서 그 단서에서는 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 보도록 규정하고 있다. 이러한부가가치세법시행령 제21조제1항 단서의 규정은 폐업 전에 공급받을 자와 공급가액이 정해져서 부가가치세의 전가가 이루어질 수 있고 따라서 이러한 경우에는 당사자간의 거래가액을 기준으로 한 과세표준이 계산되어 과세되어야 함에도 단지 같은항 각호에서 정한 시기가 폐업일 이후에 도래하였다는 이유로 폐업시 잔존재화로 과세하는 것은 사업자가 사업자의 지위에서 소비자의 지위로 바뀜에 따라 이미 공제받은 부가가치세를 부담시키기 위한 폐업시 잔존재화에 대한 과세취지에 어긋날 뿐만 아니라 거래실질 내용과도 부합되지 아니하기 때문에 폐업일을 공급시기로 하여 당사자간의 거래가액을 기준으로 과세하기 위함이라고 해석된다(국심 90서 2553, 1991.5.2 합동회의 같은 뜻).

(라) 이 건의 경우 청구인이 쟁점부동산을 1,290,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 1997.1.7 체결하고 계약금과 중도금을 받은 후인 1997.9.30 영위하던 부동산임대업을 폐업하고 1997.10.1 잔금을 받은 후 1997.10.4 거래상대방에게 등기이전하였음이 확인되므로 처분청이부가가치세법시행령 제21조제1항 단서의 규정에 의하여 폐업일인 1997.9.30 쟁점부동산을 공급한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 인정된다.

(2) 쟁점2에 대하여 본다. 처분청은 쟁점부동산 매수법인의 장부에 등재된 건물가액 434,100,000원을 공급가액으로 하여 부가가치세를 하였는바, 청구인은 매매당시 토지와 건물가액을 구분하지 아니하였으므로 지방세법에 의한 시가표준액으로 안분계산한 가액을 건물가액으로 하여 과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다. (가) 처분청은 매수법인이 1997.1.7 성북구청에 제출한 토지거래계약신고서 및 1998.3.6 교육부장관에게 제출한 기본재산 증자보고(OO학원 제98-20호) 내용에서 쟁점부동산중 토지가액을 855,900,000원으로, 건물가액을 434,100,000원으로 구분하여 신고한 것에 근거하여 청구인이 쟁점부동산의 건물부분을 434,100,000원에 공급한 것으로 보고 부가가치세를 과세하였음을 알 수 있다. (나) 청구인은 매수법인에게 토지거래계약신고서상 총매매대금이 1,290,000,000원으로 하여 날인만 하여 주었을 뿐 토지·건물가액을 구분하여 양도한 것이 아니며 토지·건물가액은 매수법인이 임의로 기재한 것인 데도 이를 실지거래가액의 근거로 삼아 이 건 건물가액을 434,100,000원으로 보아 과세한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(다) 우리 심판소가 쟁점부동산의 취득과 관련하여 매수법인에게 사실조회(국심 46830-782, 1999.6.16)하여 회신(OO학원 제99-83호, 1999.6.24)받은 내용에 의하면, 매수법인은 청구인으로부터 건물을 제외하고 대지만을 평당 8,977,660원으로 하여 1,290,000,000원[8,977,660원 × 143.8평(475.5㎡) = 1,290,987,508원]에 계약한 사실이 매수법인의 내부결의서(1997.1.7 ‘교육용 토지 매입계약체결’)에 의하여 확인되므로 토지·건물가액을 구분하여 쟁점부동산을 양도한 것이 아니라는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다. (라) 그러하다면 쟁점부동산은 실지거래가액이 1,290,000,000원으로 확인되나 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당되므로 전시한부가가치세법시행령 제48조의2제3항 단서의 규정이나 같은조 제4항의 규정에 의하여 건물가액을 산정하여야 할 것인 바, 청구인이 제시하고 있는 한국감정원의 감정가액은 청구인이 쟁점부동산을 양도하기 약 6년 전인 1991.9.2을 가격시점으로 한 것이므로 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 적정히 반영하였다고 보기 어려우므로, 전시한부가가치세법시행령 제48조의2제3항 단서의 규정에 따라 쟁점부동산 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분하여 건물가액을 산정하여야 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점부동산의 건물가액을 토지거래계약신고서상의 건물가액 434,100,000원을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 인정된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.