세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부(취소)

쟁점상가를 대물변제로 취득하고 세금계산서를 실제 거래관계(대가관계)가 있는 자로부터 받지 않고 다른 사업자로부터 받아 매입세액을 불공제함

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점상가”라 한다)에서 2008.2.27. 부동산임대업을 개업한 사업자로서, 2008.2.15. OOOOOOOOOOOOOO(OOO OOOOO, 이하 “OOOOOO”이라 한다)으로부터 공급가액 429,829,364원에 쟁점상가를 공급받은 것으로 하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받고 2008년 1기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액 42,982,936원을 환급세액으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점상가의 공급자가 OOOOOO이 아닌 주식회사 OOOOOO(이하 “OOOOOO”이라 한다)이라고 보고 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제하고 2008.7.7. 청구인에게 2008년 1기분 부가가치세 52,714,270원을 경정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여2008.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO주식회사(이하 “OOOOOO”이라 한다), OOOOOOOOOOOO(이하 “OOOOO”이라 한다)의 합의에 의하여 청구인과 청구인의 배우자 OOO(이하 “청구인등”이라 한다)이 OOOOOO로부터 받아야 할 지분양도대금 및 지급수수료를 쟁점상가로 대신 받은 것이므로, OOOOOO을 공급자로 하여 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점상가를 대물변제로 취득한 것은 OOOOOO에 주식 양도 및 기타 채권을 상계하기 위한 것으로 OOOOOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 정당하다는 주장이나, 청구인은 쟁점상가 취득에 따른 세금계산서를 실제 거래관계(대가관계)가 있는 OOOOOO로부터 수취하여야 하나 OOOOOO으로부터 수취하였기에 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

나. 관련 법령

(1)부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항(2)부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 매도인 OOOOOO(OOO OOO)과 매수인 청구인이 2008.2.5. 체결한 쟁점상가 분양계약서에 의하면, 쟁점상가는 건물부분 계약면적이 115.483㎡(전용면적 65.800㎡, 공용면적 49.683㎡), 대지면적(공유지분)이 11.900㎡로 나타나고, 총 분양금액이 705,690,000원(대지가격 232,877,700원, 건물가격 429,829,364원, 부가가치세 42,982,936원)으로 나타난다.

(2) 쟁점상가 등기부등본에 의하면, OOOOOO(OOO OOO)이 2007.6.20. 소유권보존등기를 하였고, 2008.2.27. 청구인이 2008.2.5. 매매를 원인으로 OOOOOO으로부터 소유권을 이전받았으며, 거래가액은 662,707,064원으로 나타난다.

(3) 청구인은 2008.2.15. OOOOOO으로부터 쟁점상가 건물부분을 공급가액 429,829,364원에 공급받은 것으로 하여 쟁점세금계산서를 교부받았고, 쟁점상가 토지부분은 232,877,700원에 공급받은 것으로 하여 계산서를 교부받은 것으로 심리자료에 나타난다.

(4) 청구인이 제시하는 사업시행대행약정서(2002.6.20.), 건축허가서(2004.3.5.), 자금관리대리사무계약서(2005.3.21.), OOO지방법원 화해권고결정문 및 그 사건 소장 등 심판청구서류에 의하면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인의 배우자 OOO은 평소 알고 지내던 OOO와 함께 OOO OOO OOO OOOOO OO OOOOOOOOOOOO(이하 “이 건 재건축사업”이라 한다)의 시행대행사업을 추진하기로 하고, 주식회사 OOOOOOOOO(이후 OOOOOO로 명칭 변경, 2002.7.10. 등기, OOO은 주주, OOO의 배우자인 청구인은 주주 겸 공동대표, OOO는 주주 겸 공동대표, OOO의 배우자 OOO는 주주로 참여)를 설립하여 2002.6.20. 재건축사업 시행자 OOOOOOOOO(이후 OOOOOO으로 변경)과 사업시행대행약정서를 체결하였다는 내용이 나타난다. (나) 사업시행대행약정서에 의하면, 조합의 조합원지분을 제외한 나머지는 일반분양하여 그 분양대금으로 공사비는 물론 각종 사업부대비용 등 사업비로 충당하고, 잔여금액 중에서 조합의 해당조합원 대지환불금을 청산한 후 나머지는 OOOOOO의 지분으로 한다는 내용이 나타난다.

(다) 2005.3.21. 체결된 이 건 재건축사업 관련 자금관리대리사무계약서 주요내용을 보면, 계약당사자는 시행사(OOOOOO, OOOOOO), 자금관리사(OOOOO), 시공사(OOOOOO), OOOO은 OO OOO 주상복합아파트 신축사업(이 건 재건축사업)으로 나타나고, 신축건물을 각 용도에 따라 분양하고 분양업무(분양광고, 분양계약서 작성 및 보관, 분양계약 체결 등 업무) 및 수분양자 분양대금 관리업무는 OOOOOO의 책임과 부담으로 OOOOOO이 수행하고, OOOOOO은 분양계약서 제작 및 인쇄시 OOOOOO을 매도인으로, 수분양자를 매수인으로 하는 등 하여 분양계약 체결시 OOOOO과 사전에 협의하여야 하며, 분양계약자가 이를 숙지하도록 하여야 한다는 내용 등이 나타난다.

(라) 이 건 재건축사업과 관련하여 건축주들(OOO, OOOOOO OO OOO O OOO)이 2004.3.5. 건축허가를 받은 후 일반분양을 시작하면서 OOO과 OOO의 관계가 여러 가지 사정으로 인하여 멀어지게 되었고, 이에 청구인등은 소유하고 있던 OOOOOO의 주식을 OOOOOO OOO에게 양도하기로 하고 그 대가로 이 건 재건축사업으로 시행한 주상복합아파트의 수입금에서 현금 4억원, 약 4억원 상당의 상가 1채(1층 17호), OOO의 기투입비용 2억원 합계 10억원 상당을 지급받기로 OOOOOO OOO와 약정하였는데, OOOOOO이 약속한 현금 4억원을 지급하지 아니하자 OOO은 2005.4.26. OOOOOO이 OOOOOO에 대하여 가지는 이 건 재건축사업 시행대행용역 잔금청구채권 중 4억원의 채권을 가압류(OOOOOOO OOOOOOOOOO OO, OOOOOOOOOOO OOOOOOO)한 사실이 있는 것으로 나타나고, OOO은 OOOOOO을 상대로 OOO지방법원에 지분인수합의대금 지급소송도 제기하여 2005.11.28. OOO지방법원으로부터 OOOOOO은 OOO에게 4억원을 지급하라는 내용의 화해권고결정(OOOOOOO OOOOOOOOOO)을 받은 사실도 있는 것으로 나타난다.

(마) 이후 청구인등과 OOOOOO은 2005.12.29. 합의서를 작성하였는 바, 그 내용에 의하면 주식포기 및 양도양수금액은 4억원(OOOOOO은 청구인등에게 2005.12.28.까지 입금된 2억 4천만원을 제외한 1억 6천만원을 2006.12.30.까지 지급한다는 내용이 나타남)이고, OOOOOO이 청구인등에게 지급할 OOOOOO의 신축상가를 17호에서 18호로 변경하며, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO 3자의 합의하에 OOOOOO은 청구인등 또는 청구인등이 지정하는 자에게 상가 18호의 완불계약서를 작성하여 2006.12.30. 입주할 수 있도록 등기이전 할 수 있도록 한다는 내용이 나타나다. (바) 청구인등이 2008년 2월 OOOOOO에 작성해준 것으로 나타나는 확약서에 의하면 이 건 재건축사업과 관련하여 OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO 3자간 합의하에 지급수수료로 지급하기로 한 쟁점상가의 소유권을 이전받았으므로 향후 청구인등과 OOOOOO 대표이사 OOO와의 채권채무관계는 완전히 소멸하였음을 확약한다는 내용이 나타나며, 이에 따라 청구인은 2008.2.5. OOOOOO과 쟁점상가 분양계약을 체결하고 2008.2.15. OOOOOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았다는 주장이다.

(5) 처분청은 2008년 4월경 청구인의 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인조사를 실시하여, 쟁점상가는 OOOOOO이 OOOOOO으로부터 시행대행수수료로 받아서 청구인에 대한 OOO의 채무를 상계하기 위하여 청구인에게 대물변제한 것으로 보았으며 그 근거는 아래와 같은 것으로 나타난다.(가) OOOOOO 총무 OOO가 2008.4.14. 처분청 세무공무원에게 작성한 확인서에 의하면, OOOOOO이 청구인에게 쟁점상가 분양계약을 한 것은 OOOOOO에서 주도하여 한 것으로 OOOOOO에서는 분양 및 대금수불에 대하여 관여하지 않았고 청구인의 분양대금 실제 수령여부 등도 확인하지 아니하였으며, OOOOOO에서는 상가분양의 경우 OOOOOO의 요구에 의하여 분양계약서에 날인하고 있으며 가끔 OOOOOO OOOOO에게 전화하여 분양대금의 사용내역을 파악하고 있고, OOOOOO은 OOOOOO 및 OOOOOO에 대한 공사비, 대행에 따른 수수료 지급의무만 있을 뿐이며, OOO, OOO, 청구인에 대한 채무는 없다는 내용이 나타난다.(다) OOOOOO 관리부장 OOO가 2008.4.10. 작성한 확인서 내용에 의하면, 분양계약서는 OOO 자신이 2008.2.5. OOOOOO OO 사무실에서 작성하였고, OOOOOO, OOO, OOO이 참관하였으며, OOOOOO의 도장은 OOO OOO OOO OOOOOO 사무실에서 OOOOOO 조합장이 날인하였고, 분양대금은 OOOOOO이 OOO과 청구인에게 지급하여야 할 채무를 완전히 상계한 것이며, 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 입금표는 자신이 사용인감을 날인하여 교부한 것이라는 내용이 나타난다.

(6) 살피건대, 청구인이 쟁점세금계산서를 교부받은 2008.2.15. 현재 등기부상 쟁점상가의 소유자는 OOOOOO으로 나타나므로 특단의 사유가 없는 한 쟁점상가의 소유자는 등기부의 기재내용에 따라 OOOOOO이라고 보아야 할 것이고, 청구인이 2008.2.5. OOOOOO과 쟁점상가 분양계약을 체결하고 그 거래대금을 직접 OOOOOO에 지급하지는 아니하였으나 청구인등과 OOOOOO이 2005.12.29. 작성한 합의서 및 OOO지방법원 화해권고결정(OOOOOOOOOO) 등에 의하면 청구인등은 OOOOOO로부터 지분인수합의대금 등으로 현금 및 상가 약 8억원 상당을 받을 채권을 보유하고 있었고, 이 건 재건축사업 사업시행대행약정서(2002.6.20.) 등에 의하면 OOOOOO은 OOOOOO에 사업시행대행수수료 등을 지급하여야 하는 채무를 부담하고 있었던 것으로 보이며, 2005.12.29. 작성한 위 합의서 및 청구인등이 2008년 2월 OOOOOO에 작성해준 확약서 기재내용 등으로 보아 청구인, OOOOOO, OOOOOO이 서로 합의하여 OOOOOO이 청구인에게 쟁점상가의 소유권을 이전함으로서 3자간의 채권채무를 서로 상계하기로 한 것으로 보인다. 따라서 청구인은 등기부상 소유자인 OOOOOO으로부터 쟁점상가를 공급받고 그 거래대금지급채무를 OOOOOO로부터 받아야 할 채권과 서로 상계한 것이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.