특수관계법인으로부터 임차한 쟁점토지에 청구법인이 골프장을 조성하면서 발생한 매입세액을 토지와 관련된 것으로 보아 불공제한 처분의 당부

토지 임차사업자가 토지 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 이는 매입세액불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니하는 점, 쟁점토지는 임대차 종료시 당초 계약에 따르면 원상회복 또는 청구법인이 매수하는 것으로, 변경된 계약에 따르면 원상회복 또는 제3자가 매수하는 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 쟁점토지 관련 매입세액을 공제함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 OOO(18홀 회원제, 총면적 OOO㎡, 이하 “쟁점골프장”이라 한다)을 운영하고 있으며, 쟁점골프장 사업부지의 소유현황을 보면, 전체 OOO㎡ 중 청구법인이 OOO㎡(약 34.70%), (주)OOO(청구법인의 특수관계법인임, 이하 “OOO”이라 한다)이 나머지 OOO㎡(약 65.30%, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 소유하고 있다.

나. 청구법인은 2009년 제2기부터 2012년 제1기까지 쟁점토지의 자본적 지출분 등에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 신청하지 아니하였으나, 대법원 판결OOO을 근거로 처분청에 부가가치세 경정청구를 하여 부가가치세 OOO원을 환급받았다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.11.14.～ 2014.03.31. 기간 동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인과 OOO이 2009년 12월 체결한 쟁점토지에 대한 임대차계약서(이하 “쟁점임대차계약서”라 한다) 제4조(계약해지)****의 규정에서 청구법인이 쟁점토지를 원상복구하는 것은 실현가능성이 없으므로 쟁점임대차계약서는 청구법인이 임대차 종료시점에 쟁점토지를 매수하기로 하는 계약이라고 보아 쟁점토지 관련 매입세액의 공제를 부인하여2015.12.3. <표1>과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

<표1>

부가가치세 경정·고지 내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 토지 소유주가 아닌 사업자로서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우에 해당하므로 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않고OOO, 특수관계자간 임대차 계약이라 하더라도 제3자간 임대차 계약과 다를 바 없으므로 매입세액의 공제여부에 대하여달리 볼 것이 아니며, 기획재정부 예규OOO를 적용하더라도 계약 종료 시 반드시 토지를 매수해야 하는 것이 아닌데도 임대차계약 종료 시점에 토지를 매입하는 것으로 해석하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 작성한 임대차계약서는 계약종료 시 원상복구 또는 매수라는 형식상 선택권을 행사할 수 있으나, 쟁점토지는 임야로 원상회복 시 복구비용이 과다할 뿐만 아니라 청구법인의 소유토지와 쟁점토지의 지가하락으로 경제적으로 실현가능성이 없을 뿐만 아니라, 쟁점토지OOO를 반환할 경우 회원제 골프장(18홀) 기능 상실로 사업이 불가한 현실적인 문제뿐만 아니라, 청구법인의 소유토지와 쟁점토지가 섞여 있어 쟁점토지만 분리하여 반환할 수 없는 물리적인 문제 등으로 토지매수를 선택하는 것이 불가피한 경우로서 실질적인 “매매계약”에 해당하므로 청구법인의 쟁점토지에 대한 골프장 조성 공사비는 매입세액 공제 대상이 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 특수관계법인으로부터 임차한 쟁점토지에 골프장 조성을 위하여 지출한 자본적 지출액이 매입세액 공제대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제14조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전)제12조(면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

13. 토지제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(3) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)제60조(매입세액의 범위) ⑥법 제17조제2항제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 부가가치세 경정결의서, 과세전적부심사결정서, 처분청 답변서, 쟁점토지에 대한 임대차계약서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인과 쟁점토지 임대인인 OOO의 2009년～2012사업연도 법인주주 현황은 <표2>와 같고, 청구법인과 OOO은 특수관계 법인에 해당한다.

<표2>

청구법인과 OOO의 주주 현황

○○○

(나)쟁점골프장 부지의 총 면적은 OOO㎡이고, OOO의 쟁점골프장 부지 소유면적은 OOO㎡, 청구법인의 쟁점골프장 부지 소유면적은 OOO㎡이며, 코스면적은 OOO㎡(OOO코스, OOO코스 각 9홀씩 전체 18홀)이고, 쟁점토지는 대략 OOO코스의 1/2, OOO코스의 1/3을 차지하고 있는 것으로 나타난다.(다)청구법인과 OOO이 2009년 12월 체결한 쟁점토지에 대한 임대차계약서의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3>

부동산 임대차계약서

○○○

(라) 청구법인과 OOO은 2010년 12월 쟁점토지에 대한 임대조건을 ‘보증금 예치 및 연간임대료 지급’방식에서 ‘연간 임대료가 없는 보증금 OOO원만을 예치’하는 방식으로 변경하는 1차 변경계약을 체결하였으며, 2015.7.1. 계약해지 조항을 ‘임대차 계약기간이 만료되거나 중도에 해지될 경우에는 청구법인이 본 부지를 원상복구하는 방법과 청구법인이 합리적인 금액으로 OOO으로부터 매수하는 방법을 선택할 수 있다.’에서 ‘임대차 계약기간이 만료되어 청구법인이 본 부지를 원상복구하여 OOO에게 반환하거나 또는 중도에 해지되어 OOO과 청구법인이 합의하여 경제적인 상황에 맞게 제3자에게 양도할 수 있도록 변경하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점임대차계약서 제4조의 규정에서 청구법인이 쟁점토지를 원상복구하는 것은 실현가능성이 없으므로 쟁점임대차계약서는 청구법인이 임대차 종료 또는 해지시에 쟁점토지를 매수하기로 하는 계약이라고 보아 이 건 처분을 하였으나, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미하고, 토지의 소유자가 아닌 토지 임차사업자가 토지 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 이는 매입세액불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 아니한다 할 것인바OOO, 당초 쟁점임대차계약서상 계약기간이 종료되거나 중도에 해지될 경우에는 원상회복 또는 청구법인이 매수하는 조건이며 이후 변경된 임대차계약서에 원상회복 또는 제3자가 매수하는 조건으로 기재되어 있고, 특수관계자간에 체결된 임대차계약이라 하더라도 토지의 소유자가 아닌 임차인이 부담한 토지 조성비용과 관련된 매입세액의 공제여부는 임대차계약서상 확정되지 아니한 사실을 전제로 하여 사실관계를 달리 보는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지 관련 매입세액은 매입세액 공제대상으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점토지 관련 매입세액의 공제를 부인하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.