겸업사업자가 면세.과세 재화의 공급가액을 안분계산하여 각각 세금계산서교부받은 것을 과세당국이 다시 공통매입세액 안분계산을 할 수 있는지 여부(취소)

처분청이 안분계산되지 않은 공통매입세액으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 판단됨.

1. 원처분 개요 청구법인은 OOOO아파트(소재지: 전라남도 여수시 OO동 OOOO)를 신축하기 위해 89.6.27 OO건설주식회사(이하 “수급자”라 한다)와 공사 도급계약을 체결하여 매기성에 대한 공사대금을 지급하면서 국민주택(이하 “면세아파트”라 한다)의 건설용역에 대해서는 계산서를 수취하였고 국민주택 규모초과 아파트(이하 “과세아파트”라 한다)의 건설용역에 대해서는 세금계산서(구체적인 명세는 별첨과 같음)를 수취하여 89년 제2기～91년 제1기 부가가치세 신고시에 동 세금계산서상의 매입세액 169,104,736원(이하 “해당매입세액”이라 한다)을 공제받았다. 처분청은 청구법인이 일반관리 및 도급공사와 관련하여 공제받은 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하였고 또한 홈오토메이션판매와 관련하여 매출누락하였다고 보아 92.1.16 청구법인에게 부가가치세 164,572,270원(89년 제2기분: 23,635,010원, 90년 제1기분: 54,787,190원, 90년 제2기분: 29,606,190원, 91년 제1기분: 56,543,880원)을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.5.21 심사청구를 거쳐 92.9.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 과세아파트와 면세아파트에 대하여 일괄도급 공사계약을 체결하면서 과세아파트 공사비와 면세아파트 공사비를 각각 구분하였고, 과세 및 면세아파트 건설용역의 매기성에 대하여 동시에 수취한 세금계산서 및 계산서상의 공급가액의 비율은 총공사도급금액에 대하여 과세 및 면세아파트의 공사비가 차지하는 비율과 일치하므로 해당 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액이 아니라 과세사업에만 사용된 매입세액이므로 처분청이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 해당매입세액의 일부를 불공제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 수급자가 총공사도급금액에 비례하여 매기성에 대한 세금계산서를 발행하였으므로 청구법인이 수취한 세금계산서의 해당매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없으므로 처분청이 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 처분청이 해당매입세액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 다툼이 있다.

나. 관련법규 부가가치세법 제17조 제2항에 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하면서 같은 항 제4호에 「제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)」을 열거 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제61조 제1항에 「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×

1. 원처분 개요 청구법인은 OOOO아파트(소재지: 전라남도 여수시 OO동 OOOO)를 신축하기 위해 89.6.27 OO건설주식회사(이하 “수급자”라 한다)와 공사 도급계약을 체결하여 매기성에 대한 공사대금을 지급하면서 국민주택(이하 “면세아파트”라 한다)의 건설용역에 대해서는 계산서를 수취하였고 국민주택 규모초과 아파트(이하 “과세아파트”라 한다)의 건설용역에 대해서는 세금계산서(구체적인 명세는 별첨과 같음)를 수취하여 89년 제2기～91년 제1기 부가가치세 신고시에 동 세금계산서상의 매입세액 169,104,736원(이하 “해당매입세액”이라 한다)을 공제받았다. 처분청은 청구법인이 일반관리 및 도급공사와 관련하여 공제받은 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하였고 또한 홈오토메이션판매와 관련하여 매출누락하였다고 보아 92.1.16 청구법인에게 부가가치세 164,572,270원(89년 제2기분: 23,635,010원, 90년 제1기분: 54,787,190원, 90년 제2기분: 29,606,190원, 91년 제1기분: 56,543,880원)을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.5.21 심사청구를 거쳐 92.9.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 과세아파트와 면세아파트에 대하여 일괄도급 공사계약을 체결하면서 과세아파트 공사비와 면세아파트 공사비를 각각 구분하였고, 과세 및 면세아파트 건설용역의 매기성에 대하여 동시에 수취한 세금계산서 및 계산서상의 공급가액의 비율은 총공사도급금액에 대하여 과세 및 면세아파트의 공사비가 차지하는 비율과 일치하므로 해당 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액이 아니라 과세사업에만 사용된 매입세액이므로 처분청이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 해당매입세액의 일부를 불공제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 수급자가 총공사도급금액에 비례하여 매기성에 대한 세금계산서를 발행하였으므로 청구법인이 수취한 세금계산서의 해당매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없으므로 처분청이 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 처분청이 해당매입세액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 다툼이 있다.

나. 관련법규 부가가치세법 제17조 제2항에 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하면서 같은 항 제4호에 「제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)」을 열거 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제61조 제1항에 「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×」고 규정하고 있다.

다. 해당매입세액이 안분계산된 매입세액인지 여부. 먼저 사실관계를 보면, 청구법인은 89.6.27 과세아파트 180세대와 면세아파트 905세대의 신축공사를 공사도급금액 37,112,695,000원(공급가액: 35,917,695,000원, 부가가치세: 1,195,000,000원)에 수급자와 계약체결하였고 수급자는 89.7.10～90.6.30에 세금계산서 및 계산서상의 공급가액의 비율이 총공급가액(35,917,695,000원)에서 과세아파트 공급가액(11,950,000,000원)과 면세아파트 공급가액(23,967,695,000원)이 차지하는 비율(과세 : 면세 = 33.27% : 66.73%)과 동일하게 매기성에 따라 세금계산서(과세아파트) 및 계산서(면세아파트)를 구분하여 동시에 교부하였으며, 90.4.2 과세아파트는 당초 180세대에서 30세대로, 면세아파트는 당초 905세대에서 1,072세대로 사업변경이 승인되었고 또한 계약금액을 조정할 수 있다는 당초계약서상의 약정에 따라 청구법인과 수급자는 90.6.27 당초보다 공급가액을 2,934,922,000원만큼 증액시키고 부가가치세는 당초보다 884,206,000원만큼 감액시켜서 공사도급금액을 당초보다 2,050,716,000원 만큼 증액시키기로 변경 합의함에 따라 수급자는 90.7.21～91.6.29에는 총공급가액에서 과세아파트 공급가액과 면세아파트 공급가액이 차지하는 비율(과세 :면세 = 8% : 92%)과 세금계산서 및 계산서상의 공급가액 비율이 동일하게 매기성에 대한 세금계산서 및 계산서를 교부하였고 청구법인은 89.7.10～91.6.29에 수취한 세금계산서의 해당매입세액을 매출세액에서 공제하여 89년 제2기～91년 제1기 부가가치세신고를 하였음이 공사도급계약서, 세금계산서 및 부가가치세 신고서 등에 의해 확인된다.

다음으로 해당매입세액이 안분계산된 매입세액인지를 보면, 첫째, 수급자가 세금계산서교부와 관련하여 91.12.18 청구법인에게 보낸 회신문에 의하면, 수급자는 부가가치세법 및 조세감면규제법에 의거 과세아파트와 면세아파트를 구분하여 과세 및 면세부분으로 계약체결하여 과세 및 면세아파트를 일괄 시공하는 관계로 과세 및 면세를 공급가액에 비례하여 매기성에 대한 세금계산서를 발행한 것임을 알 수 있는 바, 수급자는 당초부터 공사도급계약서의 공급가액에서 과세아파트 공급가액과 면세아파트 공급가액이 차지하는 비율에 따라 매기성에 대한 세금계산서 및 계산서의 공급가액을 산정하여 세금계산서와 계산서를 각각 구분하여 교부하였으며, 둘째, 청구법인과 수급자가 89.6.27 체결한 당초 공사도급계약을 90.6.27 1차 변경하고 91.6.27 2차 변경을 하여 합의한 2차 변경 합의서에 의하면, 공급가액을 5,211,041,000원만큼 증액시키고 부가가치세도 432,306,000원만큼 증액시킴에 따라 공사도급금액은 당초계약시 37,112,695,000원(공급가액 35,917,695,000원, 부가가치세 1,195,000,000원)에서 44,806,758,000원(공급가액 44,063,658,000원, 부가가치세 743,100,000원)으로 증가되었는 바, 수급자는 과세 및 면세아파트 건설용역의 매기성에 대한 세금계산서 및 계산서의 공급가액비율이 도급계약서상의 총공급가액에서 과세아파트 및 면세아파트 공급가액이 차지하는 비율과 동일하게 세금계산서 및 계산서를 교부하였고, 91.10.19과 92.8.28에는 세금계산서 및 수정계산서를 발행하여 과세아파트 및 면세아파트 건설용역의 기성고를 조정하여 과세아파트를 모두 신축한 시점인 92.8.28 현재 수급자가 기교부한 세금계산서의 공급가액은 7,431,000,

000원이며 청구인이 수취한 세금계산서의 매입세액은 743,100,000원이 되어 청구법인과 수급자가 2차변경 합의한 과세아파트의 공급가액(7,431,000,000원) 및 부가가치세(743,100,000원)와 각각 일치하는 점 등으로 보아 청구법인이 수취한 세금계산서의 해당매입세액은 세금계산서를 수취할 당시에 이미 안분계산된 매입세액으로 인정되므로 처분청이 안분계산되지 않은 공통매입세액으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.