의제매입세액 공제 배제한 처분의 당부(경정)

부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서 규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령의 위임범위를 벗어난 위반되는 것임

1. 사실 청구법인은 경기도 안양시 OO동 OOO에 사업장을 두고 부가가치세의 명제를 받아 공급받은 농산물·축산물 등을 원재료로 하여 부가가치세가 과세되는 과자류를 제조하는 사업자로서 위 농산물·축산물에 대한 의제매입세액 21,041,260원(88.1기분 20,029,500원, 88.7.1-7.11 기간분 1,011,760원)을 공제하여 같은 금액을 환급받을 세액으로 법정 기한내인 88.12.31 자로 수정신고하였던 바 처분청이 이에 대하여 88.7.12 자 개정전의 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 별표 3에 의하면 과자류를 제조하는 제조업에 대하여는 의제매입세액공제규정이 적용되지 아니하는 것으로 규정되어 있다는 이유를 들어 위 수정신고한 의제매입세액을 공제부임함으로써 부가가치세 21,041,260원의 환급을 거부하는 통지를 89.3.23 청구법인에게 하자 청구법인이 이에 불복하여 88.5.3 심사청구를 거쳐 89.7.7 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고 그 계산할 수 있는 방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항이 모법의 위임한계를 벗어나 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 의제매입세액 공제제도의 취지에도 배치될 뿐만 아니라 무효인 규정이므로(대법원 전원합의부 판결 86누734, 87.12.29 외 대법원 판결 다수 동지) 이 규정을 근거로 청구인의 수정신고한 농산물·축산물(강력분·중력분·박력분·계란·찹쌀·적두·분유·양파·대파·당근·양배추·감자·양상치·오이·돈육·잣·호도·냉동딸기·꿀·보리가루·참깨·검정깨·들깨가루·콩)에 대한 의제매입세액을 공제하지 아니함으로써 21,042,260원(88.1.1-6.30 기간분 20,029,500원, 88.7.1-7.11 기간분 1,011,760원)을 환급하지 아니함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인이 제조한 과자류는 87.7.12 개정전의 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 의제매입세액규정의 적용를 배제하도록 한 동 시행규칙 별표3의 재화에 해당되므로 이에 대한 의제매입세액을 공제하지 아니한 처분 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 의제매입세액을 공제하여 신고한 쟁점농산물·축산물에 대하여 처분청이 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 따라 의제매입세액공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 매입당시의 관련 규정을 보면 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율을 105분의5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표3에 게기된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액 공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과, 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 모법에 위반되는 것이라 보아진다. 왜냐하면 부가가치세법 제17조 제3항이 [... 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다]고 하고, 동시행령 제62조 제1항이 [...

매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은... 농산물·축산물... 의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다]고 하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액 계산방법만을 시행령에 위임하였고, 동 시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서 규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령의 위임범위를 벗어난 위반되는 것이라 할 것이기 때문이다. 또한 위 단서의 규정이 공제율을 영(0)으로 정한 것인지에 있어서도, 동 단서 규정의 표현 문구대로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로는 인정되지 아니하며 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액 공제를 불가능하게 하는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다(대법원 전원합의부 판결 84누734, 87.12.22 외 다수 대법원 판례 동지). 따라서 처분청이 이 건 의제매입세액 21,041,260원을 공제부인함으로써 동액을 환급하지 아니한 처분은 위법 부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.