매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부(경정)

과세사업자임에도 면세사업자등록 번호로 매입세금계산서를 수취한 것을 세금계산서의 필요적 기재사항인 사업자등록번호가 기재되지 않은 것으로 보아 매입세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분에는 잘못이 없음.

1. 처분개요

청구인은 92.4.3 처분청에 업태를 도매업으로, 종목을 농산물로 하고 취급품목을 “면솜, 메밀껍데기”로 하여 부가가치세법 규정에 의한 사업자등록을 신청하였으나 처분청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 92.4.8 교부받았고, 92.8.14부터 92.11.14까지 기간에 중국, 파키스탄 등에서 메밀껍질 및 폐면을 수입하여 매출하고 92년 2기분 부가가치세는 신고납부하지 아니하고 93.5 92년 귀속 수입금액신고(신고금액 124,236,000원)를 하였으며, 93.3.16 면세사업자용 사업자등록증을 검열받았다.처분청은 청구인이 수입한 재화가 비식용 농산물로서 부가가치세 과세대상 재화에 해당한다고 보아 93.8.17 청구인이 신고한 수입금액을 공급대가로 한 부가가치세 11,294,181원, 미등록가산세 1,129,417원 및 신고납부 불성실가산세 1,638,507원 등 92년 2기 부가가치세 14,062,100원을 결정고지 하면서 수입세금계산서의 매입세액 9,195,240원은 공제하지 아니하였다.청구인은 이에 불복하여 93.9.11 심사청구를 거쳐 93.11.24 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장청구인은 92.4.1 사업개시 후 법정사업자등록신청 기한내인 92.4.3에 사업자등록신청서를 제출하였으나 처분청이 면세사업자용 사업자등록증으로 잘못 발급함으로써 청구인이 부가가치세 신고를 할 수 없게 하였음에도 그 책임의 전부를 청구인에게 전가하여 1년 전 거래금액에 대하여 소급과세 하였고, 더구나 청구인을 미등록사업자로 보고 세관장이 교부한 수입세금계산서의 매입세액 9,195,240원을 불공제 하고 미등록가산세 및 신고납부불성실 가산세를 적용하여 과세함은 부당하다.

3. 국세청장 의견청구인이 사업자등록신청서의 업태 종목란에 기재한 도매 농산물은 면세 사업에 해당되며, 취급품목란에는 면솜과 메밀껍데기를 기재하였고, 주요매입처 및 주요매출처란은 기재하지 않고 공란으로 제출하였으므로 처분청이 면세사업자용 사업자등록증을 발급한 것은 정당하고, 부가가치세법상 납세의무가 있는 사업자는 과세사업을 개시하는 경우 반드시 사업자 등록을 하고 세금계산서를 발행하거나 교부받도록 규정하고 있으므로 만일 청구인이 면세사업자등록증을 교부 받은 후 취급품목이 부가가치세 과세품목이었다면 즉시 정정의 방법에 의하여 사업자 등록신청을 하여야 함에도 이를 이행하지 않은 것은 청구인의 잘못이라고 보인다.

따라서 청구인이 과세사업자임에도 면세사업자등록 번호로 매입세금계산서를 수취한 것을 처분청이 세금계산서의 필요적 기재사항인 사업자등록번호가 기재되지 않은 것으로 보아부가가치세법 제17조제2항 제1호의 규정에 따라 매입세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분에는 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단

이 건 심판청구의 다툼은 사업자등록신청을 하였으나 처분청이 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 후 청구인의 사업을 부가가치세 과세사업이라 하여

① 청구인을 미등록과세사업자로 보고 미등록가산세를 부과하고,

② 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

가. 관련법령1)부가가치세법 제5조제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장 마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다”고 규정하고 있고,동법 시행령 제7조제1항 및 제3항에서는 등록하고자 하는 사업자는 사업자등록신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 하고 신청을 받은 세무서장은 신청내용을 조사하여 사업자의 인적사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일로부터 7일 내에 신청자에게 교부하여야 하나, 다만 신청내용이 조사한 사실과 다른 경우에는 그 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 교부하되, 이 경우의 교부기간은 7일에 한하여 이를 연장할 수 있도록 규정하고 있고, 또한동법 제22조제1항 제1호에서는 “제5조 제1항에 규정하는 기간 내에 등록을 신청하지 아니한 때”에는 부가가치세 미등록가산세를 부과하도록 규정하고 있으며,한편,소득세법 제197조의2제3항에서부가가치세법 제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에게 준용한다고 규정하고 있다.2)동법 제17조제2항 제1호 및 제5호에서 “제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액”과 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

나. 사실 및 판단1) 수입한 폐면 및 메밀껍질이 부가가치세 과세재화에 해당하는 것에 대하여는 다툼이 없다.

2) 먼저 미등록가산세를 부과한 처분의 당부에 대하여 보면,청구인이 92.4.1에 사업개시하고 92.4.3 업태종목을 도매 농산물로 기재하고 취급품목을 면솜, 메밀껍질로 기재한 사업자등록신청서를 처분청에 제출하였는데, 처분청은 부가가치세 사업자등록증이 아닌 면세사업자 사업자등록증을 교부하였고 그 후 이 건 미등록가산세를 부과하였다.위 관계법령에서 본 바와 같이 부가가치세 과세사업자의 사업자등록과 소득세 납세의무만 있는 면세사업자의 등록은 그 근거법규가 다르므로 마땅히 별개의 서식을 정해야 함에도 그와 같이 정하지 아니함에 따라 납세자는 물론 과세관청도 그 구분에 혼란을 가져왔으며, 더욱이 청구인이 취급하는 품목마저 수입여부에 따라 과세여부가 달라져 이 또한 구분이 용이하지 아니하다.그렇다면 청구인이 적법하게 제출한 사업자등록신청서 양식이 과세사업자용과 면세사업자용의 구별이 없이 공용으로 사용됨에 따라 처분청이 면세사업자로 등록하였는바 청구인은 사업개시일로부터 20일 이내에 사업자등록신청을 하지 아니한 경우가 아니므로 청구인에게 미등록의 책임까지를 물을 수는 없다고 판단된다.

따라서 미등록가산세를 부과한 처분은 위법부당한 처분이라고 판단된다.

3) 수입시 납부한 부가가치세를 매입세액 불공제한 처분의 당부에 대하여 보면,청구인은 92.4.8 면세사업자용 사업자등록증을 교부받아 그 등록번호(OOOOOOOOOOOO)로 92.8.14부터 92.11.14까지 기간에 수입세금계산서 5매 과세표준 91,952,709원, 세액 9,195,240원을 교부받았다.처분청은 면세사업자 등록번호는 사업자등록번호가 아니므로 필요적 기재사항이 기재되지 아니한 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하였다.청구인의 취급품목인 버섯재배용 면솜, 메밀껍질은 우리 나라에서 생산된 것은 면세이고 수입한 것은 과세재화인 바, 청구인이 사업자등록신청서에 단순히 “면솜, 메밀껍질”로만 기재하였기에 처분청은 면세로 판단하여 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였으나, 청구인이 최초로 수입세금계산서를 교부받은 92.8.14까지는 4개월의 기간이 있었으므로 당초 교부받은 면세사업자등록증을 과세사업자등록증으로 정정 교부받을 충분한 시간적 여유가 있었다 할 것이고 더욱이 청구인은 사업자등록신청시 신청서상에 취급품목만을 단순히 “면솜, 메밀껍질”로 기재하고, 그 주요매입처란을 기재하지 아니함으로써 취급품목이 국내생산품인지 수입품인지를 구별하지 아니하여 처분청으로 하여금 면세사업자로 오인할 원인을 제공한 책임도 간과할 수 없다.그렇다면 청구인이 면세사업자등록번호가 기재되어 교부받은 수입세금계산서에 대하여 처분청이 사업자등록번호가 기재되지 않은 세금계산서로 보아 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않은 처분에는 잘못이 없다.

따라서 이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의 의결에 따라 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.