토지를 수용에 의해 양도하고 대토보상을 받기로 하였다가 현금보상받은 경우 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면이 적용되는지 여부

대토보상 신청을 철회하고 현금보상을 받은 다음 과세이연금액에 상당하는 세액을 신고·납부하는 경우 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다 할 것인 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도에 대해 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면이 적용되지 아니한다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못임

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.1.30. 및 2009.2.25. OOO 209-6, 397-10, 397-8, 397-9, 397-4(이상 5필지의 토지를 이하 “수용토지”라 한다)를 OOO에 수용을 원인으로 양도하고, 수용토지 중 OOO 209-6, 397-10(이상 2필지의 토지를 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 현금보상이 아닌 대토보상을 신청한 다음 2009.3.31. 양도소득세 신고를 하면서 쟁점토지에 대하여는 「조세특례제한법」 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다가, 2013.1.15. 쟁점토지에 대한 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령한 다음 2013.2.28. 양도소득세를 신고하였으나, 신고 당시 「조세특례제한법」 제77조 에 따른 감면을 적용받지 못하였음을 이유로 2014.7.30. 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 수용토지에 대하여 현금보상이 아닌 대토보상으로 양도소득세 과세이연을 신청하였다가 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 과세이연금액에 상당하는 세액을 신고·납부하는 경우는 「조세특례제한법」 제77조 에 의한 감면대상이 아니라고 보아 2014.8.26. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지에 대하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없기 때문에 「조세특례제한법」 제77조 에 따라 현금보상에 준하는 20% 감면을 적용하여야 한다. 조세심판원 결정인 조심 2013서3111(2014.1.15.) 역시 청구인의 경우와 같이 OOO신도시 내 편입된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하였다가 현금보상으로 전환한 경우의 사례로, 동 결정에 의하면 조세심판원은 동 사건의 청구인이 매매계약서상 OOO가 조성한 대토로 보상받기로 하였을 뿐 대토보상 신청 당시에는 대토 예정지의 위치나 면적이 구체적으로 확정되지 않았을 뿐만 아니라 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하였기 때문에 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없으므로 「조세특레제한법」 제77조 의 양도소득세 감면 규정이 적용되어야 한다고 판단하였다.

나. 처분청 의견

청구인은 OOO와의 대토보상계약에 따라 2009.3.31 쟁점토지에 대하여 양도소득세 신고를 하면서 과세이연을 신청하였고, 이후 쟁점토지에 대하여 2013.1.15. 현금보상으로 전환하여 과세이연 금액에 상당하는 세액을 2013.3.31. 신고·납부하였다가 「조세특례제한법」 제77조 에 따른 감면을 주장하면서 이 건 경정청구를 제기하였다. 그러나, 청구인은 당초 대토보상으로 양도소득세를 신고함으로써 그렇지 않은 양도자와는 달리 「조세특례제한법」 제77조의2 에 따른 과세이연의 혜택을 보았으며, 같은 조 제1항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」 제15조의3에 따라 대토보상을 현금보상으로 전환하고 과세이연금액에 상당하는 세액을 현금을 받은 달의 말일부터 2개월 이내에 납부하는 경우에는 「조세특례제한법」 제77조 의 감면 규정은 적용되지 아니하므로[상속증여세과-17(2013.3.28.), 부동산거래관리과-69(2012.2.1.) 등] 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 공익사업용 토지를 수용에 의하여 양도하고 그 보상금을 대토로 받기로 하였다가 현금보상으로 전환한 경우 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세 감면이 적용되는지 여부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 수용토지는 국토해양부 고시 제2008-393호(2008.8.5.)로 개발계획이 승인된 OOO지구택지개발사업의 사업부지에 포함된 토지로서, 청구인은 수용토지 중 OOO는 2002.9.9., 나머지 토지는 2002.9.5. 각 취득하여 이를 소유하다가, 2009.1.30.과 2009.2.25. OOO의 수용에 의해 이를 양도하면서 수용토지 중 쟁점토지에 대하여는 현금보상이 아닌 대토보상을 신청하였는바, 구체적인 보상액 등은 다음과 같다. OOO

(2) 쟁점토지는 2009.2.3.과 2009.2.26. 수용을 원인으로 하여 OOO 명의로 소유권이전등기가 되었고, 청구인은 대토보상을 신청한 쟁점토지에 대하여 2009.3.31. 양도소득세 신고를 하면서 「조세특례제한법」 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다.

(3) 한편, 청구인이 OOO와 작성한 “대토보상신청토지 협의취득용 매매계약서”에 의하면 OOO는 대토보상약정을 하면서 청구인에게 대토로 공급할 토지의 필지를 특정하지는 아니하였던 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2013.1.15. 쟁점토지에 대한 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 현금보상으로 변경한 이유로 청구인이 대토보상신청에 따라 확정적으로 토지를 취득하기 위해서는 조합결성 등을 통하여 청구인과 같은 대토보상신청자들이 여럿이 모여 그 보상금액이 일정 수준 이상의 금액이 되어야 하나 조건이 충족하기가 어려워 어쩔 수 없이 대토보상을 철회한 것이라고 설명하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 공익사업용 토지를 공익사업의 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여 「조세특례제한법」 제77조 제1항은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 대토보상을 받은 부분에 대하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는바, 공익사업의 시행에 따라 수용된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하고 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토에 대한 공급계약이 체결되지 아니하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없는 상황에서 사정변경으로 대토보상을 현금보상으로 전환하여 양도소득세를 신고·납부하는 경우 납세의무자로서는 같은 항에 따른 과세이연의 혜택을 포기하고 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면의 혜택을 선택할 수 있다고 할 것이다.

(나) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지에 대하여 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토보상 신청에 따른 토지를 확정적으로 취득하지 못한 상태에서 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고 현금보상 전환 당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로, 비록 청구인이 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 과세이연을 신청한 바 있다 하더라도 대토보상 신청을 철회하고 현금보상을 받은 다음 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항에 따른 과세이연금액에 상당하는 양도소득세액을 신고·납부하는 경우에는 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다고 할 것이며, 이러한 경우는 이미 「조세특례제한법」 제77조의2 제1항에 따른 과세이연의 효과가 사라지는 것이므로 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면과 같은 법 제77조의2 제1항에 따른 과세특례가 중복 적용되는 것은 아니라고 하겠다. (다) 따라서, 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 자가 대토보상을 현금보상으로 전환하는 경우는 「조세특례제한법」 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면이 적용되지 아니한다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.