건물의 신축관련 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 예정(확정)사용면적비율로 안분계산함이 타당한지 여부(경정)

공제가능 매입세액을 총공급가액에 대한 과세사업의 공급가액비율로 안분계산한 처분은 관련법령의 오인한 부당한 처분이라고 판단됨.

1. 원처분개요청구법인은 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 금융업(부가가치세 면세사업)과 부동산임대업(부가가치세 과세사업)을 영위하는 법인(은행)으로서 청구법인의 OO지점건물(총면적 26,654.35㎡, 준공일: 1994.4.9), OO지점 건물(총면적 9,620.43㎡, 준공일: 1993.6.19), OO지점건물(총면적 4,125.744㎡, 준공일: 1993.2.4, 위 3개의 건물을 이하 “쟁점건물”이라 한다)의 신축과 관련한 과세사업 및 면세사업의 부가가치세 공통매입세액을 예정사용면적비율(면세비율 63.0%, 과세비율: 37.0%)에 의하여 안분계산하여 부가가치세 신고를 하고 과세사업분에 대한 부가가치세 매입세액을 공제(환급)받았다.처분청은 쟁점건물의 경우 과세사업과 면세사업에의 실지귀속이 불분명하다 하여 쟁점건물의 매입세액을 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보고부가가치세법 시행령 제61조제4항 제2호의 규정에 의한 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의하여 면세비율을 계산하여 해당 부가가치세를 1차 경정결정한 후 1993년 제1기분 및 제2기분 부가가치세는 확정된 공급가액의 비율에 의거 재차경정결정하고 1994년 제1기분 부가가치세는 예정공급가액의 비율에 의하여 경정결정하여 1994.11.16 청구법인에게 1993년 제1기분 부가가치세 5,719,220원(가산세가 포함된 금액임, 이하같음), 1993년 제2기분 부가가치세 11,457,470원, 1994년 제1기분 부가가치세 323,502,730원을 납부고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 1994.12.28 심사청구를 거쳐 1995.4.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견가. 청구주장청구법인은 과세사업인 부동산임대업과 면세사업인 금융업에 공동으로 사용할 쟁점건물을 신축하고 건물신축관련 공통매입세액을 예정사용면적비율에 의거 안분계산하여 부가가치세를 신고한데 대하여 처분청에서는 실지귀속이 불분명하다고 판단하여 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세하였는데, 부가가치세가 과세되는 사업과 면세되는 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 공할 예정인 경우의 공제되는 매입세액의 계산은 실지귀속이 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산하도록 관계규정에서 정하고 있고, 쟁점건물의 경우 1992.10.13 신축건물의 자가사용면적과 임대사용면적을 구분한 사용계획을 수립하여 내부결재를 받아 확정하고 쟁점건물을 완공한후법인세법시행규칙 제18조제3항 제11호 가목의 규정에 의한 임대부동산의 비업무용부동산 판정에 있어서도 과세사업에 공할 예정이었던 임대면적을 그대로 적용한 사실이 있으므로 본건은 실지귀속이 분명한 경우에 해당한다.

나. 국세청장의견청구법인은 금융업과 부동산임대업을 겸영하는 법인이 건물을 신축하여 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 예정인 경우, 공제되는 매입세액의 계산은 과세사업과 면세사업에 공할 예정사용면적비율에 의한 것이 가장 합리적인 실지귀속의 판단기준이라고 주장하나,본건의 경우, 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세사업에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분(예: 국민주택규모이하 아파트신축 등)되는 경우가 아니고, 따라서 과세·면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 알 수 없는 매입세액으로서부가가치세법시행령 제61조제1항 및 제4항에서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의하도록 규정하고 있으므로, 실지귀속이 불분명한 이 건의 경우 총예정공급가액비율에 의거 해당매입세액을 계산하여 과세한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 쟁점건물의 신축관련 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 예정(확정)사용면적비율로 안분계산함이 타당한지 여부에 그 다툼이 있다.

나. 관계법령부가가치세법 제17조제2항에서는 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하면서 그 제4호에서 「부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액」을 열거하고 있으며,같은법시행령 제61조제1항에서는 「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.= 공통매입세액×」라고 규정하고 있고,같은조 제4항에서는 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다(1992.12.31 개정).

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율」이라고 규정하고 있으며,같은법시행령 제61조의 2제1항에서는 「사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.가산 또는 공제되는 세액 = (총 공통매입세액 ×- 기공제세액) 또는 (총 공통매입세액×- 기공제세액)」라고 규정하고 있고,같은조 제2항에서는 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다.」고 규정하고 있다.

다. 쟁점건물신축에 따른 공통매입세액을 예정(확정)사용면적비율로 안분계산할 수 있는지의 여부에 대하여 살펴본다.

(1) 전시한 1992.12.31자로 개정된부가가치세법시행령 제61조제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나,

(2) 건물신축관련 매입세액의 안분계산의 경우와 같이 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없음에도 불구하고 법규정에 따라 단순히 예정공급가액 비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법이 아닐 뿐만 아니라,

(3) 위 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세사업에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이며(94서0374, 1994.9.16외 다수 같은 뜻),

(4) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점건물의 공사진행중인 1992.10.13자로 쟁점건물에 대한 자가사용 면적과 임대사용면적을 구분한 사용계획을 수립하여 대표이사(은행장)결재를 받아 확정하고 현재까지 그 “품의” 내용대로 사용하고 있으므로(국심94경3526, 1995.2.22 같은 뜻), 쟁점건물 신축에 관련된 공통매입세액은 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 공통매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총공급가액에 대한 과세사업의 공급가액비율로 안분계산한 처분은 관련법령의 해석을 오인한데 기인한 부당한 처분이라고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.