매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부(경정)

매립지 정지공사비가 발전소 부지의 사토를 유용한 것이어서 발전소 부지와 관련된 토지에 대한 자본적 지출로 보아 이를 불공제되는 매입세액으로 본 처분청의 처분은 부당하므로 이 건 부가가치세 과세표준에 포함시킨 매립지 정지공사비는 과세표준에서 차감하여야 함

1. 처분 개요

청구법인은 OO화력발전소 부지 및 석탄회 투기장을 조성할 목적으로 1991.9.6 충청남도지사로부터 충청남도 OO군 OO면 OO리 지선 일원 해상 3,676,330㎡에 대한 공유수면 매립면허를 받고, 1993.7.5 위 충청남도지사로부터 위 공유수면매립지 가운데 공용 또는 공공의 사용에 필요한 호안은 국가에 준공과 함께 기부체납하여 귀속시키기로 하는 조건으로 총사업비 138,713,425,000원의 공유수면매립 실시계획의 인가를 받아 호안축조 등 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 OO건설산업 주식회사와 도급계약을 체결하여 그 무렵부터 매립공사를 시작하였고, 1996.3.11에는 충청남도지사로부터 이미 매립된 공유수면 중 일부인 597,440㎡(이하 “가사용승인면적”이라 한다)에 대한 준공전 사용허가를 받은 사실이 있으나, 이때를 공급시기로 하여 쟁점공사의 매출과세표준을 신고하지 아니하였다.이에 대하여 처분청은 쟁점공사가 부가가치세 과세대상인 용역의 유상공급에 해당하는 것으로 판단하고 가사용승인면적의 준공전 사용허가일인 1996.3.11을 공급시기로 하여 가사용승인면적에 소요된 공사비를 아래 [표1]과 같이 28,030,439,348원(가사용승인 매립지 정지공사비 10,173,859,000원, 호안축조공사비 10,910,877,562원, 어업권보상비 6,945,702,786원의 합계액)으로 계산한 후 이를 매출과세표준으로 하여 1998.12.10 청구법인에 1996년 제1기분 부가가치세 3,643,957,113원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 1998.12.11 심사청구를 거쳐 1999.5.28 이 건 심판청구를 제기하였다.[표1] 공유수면매립지 가사용승인면적(597,440㎡)에 소요된 사업비 산출내역(총매립예상면적 3,125,416㎡중 가사용승인면적분 비례 안분계산)

① 공유수면매립 부지공사비 (가사용승인분)

10,173,859,000원

② 호안축조공사비 31,105,572,000원×912m/2,600m

(예산에 호안길이 안분)

10,910,877,562원

③ 어업권보상비 36,335,382,000원×597.440㎡/3,125.416㎡

(공유수면매립허가면적에 가사용승인면적 안분)

6,945,702,786원

과세표준 합계

28,030,439,348원

매출분 부가가치세

2,803,043,934원

가산세

840,913,179원

부가가치세 합계

3,643,957,113원

① 가사용승인일 현재 가사용승인면적 597,440㎡에 상당하는 매립부지 정지공사비

② 매립지의 가사용승인면적에 상당하는 호안축조 공사비 (호안축조공사 사업비총액 × 준공전사용허가면적에 상당하는 호안길이 912m/ 호안의 총길이 2,600m)

③ 어업권 총보상비중 가사용승인면적 597,440㎡에 상당하는 금액

2. 청구법인주장 및 국세청장 의견가. 청구법인주장

(1) 재정경제부나 국세청(부가 22601-213, 1991.9.16)은 공유수면매립공사를 하여 토지를 취득하는 것을 재화(토지)의 공급으로 보아 부가가치세 면세 및 매입세액 불공제하는 것으로 해석하여 왔으나, 공유수면매립공사를 용역(건설)의 공급으로 보아 부가가치세 과세대상인 동시에 이와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제 받는 것으로 해석한 대법원 판례(93누4809, 1993.5.25, 95누15308, 1996.3.12)를 수용하여 기존의 해석을 변경(소비 46015-17,1998.5.9)하였고, 국세심판소에서도 종전의 입장을 바꿔 공유수면매립공사관련 공사비를 용역의 유상공급으로 보게되었는 바, (국심 96부 3447, 1998.5.27) 청구법인의 공유수면매립공사는 새로운 행정해석이 시행된 1998.5.9 이전에 이루어졌고, 기존의 해석에 따라 공유수면매립공사비에 대한 부가가치세를 신고하지 않았고 관련 매입세액도 불공제한 것이므로 처분청이 새로운 해석에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은국세기본법 제15조및 제18조에 위배되는 처분이다.

(2) 쟁점공사의 공급시기는부가가치세법 제22조제1호 및 제3호에 의하여 준공일 또는 국가로부터 매립지의 소유권취득이 확정되는 시점으로 보아야 할 것이므로 준공전 사용면적의 가사용승인일을 용역의 공급시기로 보아서는 안되며, 더욱이 처분청이 부가가치세를 과세한 호안축조공사비 10,910,877,562원은 총 공사비 예산을 가사용승인이 난 호안의 길이에 따라 안분한 것인 바, 호안이 완공되기전에 총지출액이 확정되지 아니한 공사비 예산을 기준으로 과세표준을 산출하여서는 안될 것이므로 공유수면매립공사가 완공된 후 실제 지출액을 부가가치세 과세표준으로 하여야 할 것이다.

(3) 처분청이 공유수면 매립공사비용으로 판단하여 쟁점공사의 매출누락으로 처분한 10,173,859,000원(총공사비를 가사용면적비율로 안분한 공사비)은 발전소 부지를 조성하는 과정에서 발생하는 사토를 운반하여 공유수면을 매립하는데 든 비용인 바, 이는 청구법인 소유토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로써 매입세액 공제를 받지 아니한 금액이므로 공유수면매립과 관련된 부가가치세 매출세액 신고분에 해당되지 않는다.

(4) 가사용 승인을 받은 공유수면 토지조성에 투입된 공사비가 부가가치세 과세대상이 된다고 하더라도 어업권 보상비는 공유수면매립공사로 인하여 발생되는 보상비가 아니고 발전소준공 가동시 배출되는 온배수 또는 항로의 개설등의 사유로 지급된 간접피해보상비이므로 공유수면매립공사비용이 아니며 부가가치세 과세대상이 아니다.

나. 국세청장 의견

(1) 공유수면매립공사를 제공하고 그 대가로 토지를 취득하는 경우에 대하여 과세관청이 용역의 제공으로 보지 않는다는 공적 견해를 표명한 바 없을 뿐만 아니라, 공유수면을 매립하여 토지를 취득하는 경우 부가가치세 과세대상인 용역의 제공으로 보는 것이 대법원의 일관된 법해석 및 판례임이 확인되므로 공유수면매립을 재화의 공급으로 보는 세법해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 상태로 볼 수 없으며, 준공전사용허가일 이후 예규가 생성되었다고 하여 당초 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는 위법·부당한 것이라고 보기 어렵다.

(2) 공유수면매립공사의 경우 공급시기는 동 용역의 제공이 완료되는 때(용역제공의 완료가 불분명한 경우에는 준공검사일 또는 준공인가일)로 하는 것이나 준공인가전에 가사용승인에 의하여 당해 매립지 사용이 가능한 때에는 가사용 승인일이 당해 공급시기가 되는 것인 바(같은 뜻, 부가 46015-1144, 1998.5.27), 준공전 사용허가일(1996.3.11)을 공급시기로 하여 과세함은 정당하다고 판단된다.

(3) 청구법인이 청구외 OOOO(주)로부터 교부받은 부지정지공사비는 국가 소유의 공유수면과 연접한 청구법인 소유 토지에 발전소 건설을 위하여 자체 부지조성하면서 발생된 비용으로서 이와 관련된 쟁점매입세액은 청구법인 소유토지의 조성 등을 위한 토지관련매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 국가소유의 공유수면에 쟁점공사를 제공하고 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부와 소급과세금지의 원칙을 위배하였는지 여부

(2) 쟁점공사의 공급시기를 준공전 사용허가일로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

(3) 공유수면 인근의 발전소 부지 조성시 나오는 사토(沙土)를 매립공사에 이용한 경우 동 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

(4) 어업권 보상비를 공유수면매립비용에 포함하여 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제1조【과세대상】제1항은 「부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입」이라고 규정하고 있고,같은 법 제7조【용역의 공급】제1항에서 「용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다」라고 규정하고 있으며,같은 법 제17조【납부세액】에서 「

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출 세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1.～

3. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. (생 략)」라고 규정하고 있다.한편, 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 「법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점(1)에 대하여공유수면매립법상 공유수면매립면허를 받은 자가 매립공사를 하여 준공을 하게 되면, 매립공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하고 나머지는 국가 또는 지방자치단체에 귀속하게 되는 바, 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 공유수면매립과 호안축조라는 용역의 공급과 그에 상응한 공유수면매립지 소유권의 취득과는 서로 경제적·실질적 대가관계에 있다고 봄이 상당하므로 쟁점공사는 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 유상공급에 해당된다고 할 것이다.

(대법 95누 15308, 1996.3.12, 국심96부3447, 1998.5.27 합동회의 참조)한편, 청구법인은 이 건 쟁점이 되는 공유수면매립공사는 새로운 재정경제부 행정해석이 공표된 1998.5.9 이전에 이루어진 것인 바, 기존의 행정해석에 따라 공유수면매립공사비에 대한 부가가치세를 신고하지 않았고 관련 매입세액도 불공제한 것이므로 처분청이 새로운 해석에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은국세기본법 제15조및 제18조에서 규정하는 소급과세금지원칙과 신의성실원칙에 위배되는 처분이라고 주장하나, 청구법인이 쟁점공사가 부가가치세 과세대상 인지 여부를 문의하거나 이에 대한 회신을 과세관청이나 재정경제부로부터 직접 받은 사실이 없는 점, 쟁점공사와 같은 공유수면매립을 부가가치세가 과세되는 용역의 제공으로 본 대법원의 판례가 1992년 이후 나와 있었던 점, 공유수면매립과 유사한 기부채납도 용역의 제공으로 보는 것이 대법원의 일관된 법해석이며 국세청에서도 1993.12. 공유수면매립에 대하여 용역의 제공으로 보아 과세한 바가 있었던 점등에 비추어 볼 때 공유수면매립을 재화(토지)의 공급으로 보아 부가가치세가 과세되지 않는다는 주장 또는 세법해석은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 상태라고 보기는 어려우므로 이 건 부가가치세 결정고지가국세기본법 제18조에서 규정하는 소급과세금지의 원칙을 위반한 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

쟁점(2)에 대하여청구법인은 쟁점공사가 과세용역의 공급에 해당된다하더라도 공유수면매립공사 및 호안축조공사 용역의 공급시기는 가사용승인일이 아니라 공유수면매립공사의 준공일 또는 호안의 기부채납행위가 있은 때라고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴보면,공유수면매립과 관련한 공사용역의 공급시기는 동 용역의 제공이 완료되는 때로 하고, 용역제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일 또는 준공인가일로 하는 것이나 이 건의 경우와 같이 준공인가전에 가사용승인에 의하여 당해 매립지가 사용이 가능하게 된 때에는 가사용승인일에 가사용승인면적에 해당되는 공사용역의 공급이 완료된 것으로 보아야 할 것(부가46015-1144, 1998.5.27 같은 뜻)인 바, 가사용승인일을 용역의 공급시기로 본 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보인다. 한편, 호안축조공사는 공유수면매립공사에 부수되는 필수불가결한 공사로써 호안이 완성되지 않으면 매립지의 조성이나 이용 자체가 불가능할 것이므로 비록 호안이 완성된 후 국가 또는 지방자치단체에 기부채납된다하더라도 호안축조공사비는 청구법인이 공유수면매립공사후 취득하게되는 토지와 경제적·실질적 대가관계가 있는 것으로 볼 수 있으며 이런 이유로 가사용승인일 현재 가사용승인면적에 해당되는 공사용역이 제공되는 것과 동시에 동 가사용승인면적에 포함되는 호안에 대한 공사용역도 같이 제공된 것으로 보아야 할 것이다.

따라서, 가사용승인면적에 포함되는 호안에 대한 공사비는 가사용승인일 현재 지출된 것으로 보는 것이 정당하며, 확정되지 아니한 공사비 예산액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정한 것 또한 전체 호안이 완성되어 충청남도에 기부채납될 때 그 실제 지출액을 확정하여 이에 대한 정산이 가능할 것이므로 총호안길이 2,600m 중 가사용승인면적에 상응하는 호안 912m의 축조공사용역이 가사용승인일에 제공된 것으로 본 처분청의 처분은 합리적이고 정당한 것으로 판단된다. 쟁점(3)에 대하여쟁점공사와 관련하여 청구법인이 충청남도에 공유수면매립 실시계획인가신청시 제출한 예산내역서상의 총공사비는 매립지 정지공사비 13,910,844,000원을 포함하여 152,624,269,000원으로 되어 있었으나, 충청남도지사는 공유수면매립 실시계획 인가 조건으로 ‘매립지 정지공사비는 청구법인이 발전소 건설을 위하여 공유수면 인근의 산을 정지하면서 생겨나는 사토를 유용하는 것이므로 총사업비에서 이를 제외할 것’으로 하여 총공사비를 138,713,425,000원으로 확정하였는 바, 이는 공유수면매립공사에 지출한 사업비에 상응하게 청구법인이 총 매립지의 일부에 대하여 그 소유권을 취득하게 되는 상황하에서 공유수면매립허가권자인 충청남도지사는 공사비 총액이 과대계상될 경우 그 만큼 공유수면매립부지 중 청구법인이 취득하게되는 면적이 늘어나고 지방자치단체에 귀속되는 토지의 면적이 줄어드는 것을 방지하는 뜻에서 매립지 정지공사비를 총사업비에서 제외한 것으로 판단된다.

이와 같이 청구법인이 취득하게 되는 공유수면매립부지는 매립지 정지공사비에 해당되는 면적만큼 줄어들게 되므로 매립지 정지공사비는 청구법인이 취득하게되는 공유수면매립지와 경제적·실질적 대가 관계가 없다 할 것인 바, 매립지 정지공사비가 발전소 부지의 사토를 유용한 것이어서 발전소 부지와 관련된 토지에 대한 자본적 지출로 보아 이를 불공제되는 매입세액으로 본 처분청의 처분은 부당하므로 이 건 부가가치세 과세표준에 포함시킨 매립지 정지공사비 10,173,859,000원은 이를 과세표준에서 차감하여야 할 것으로 판단된다. 쟁점(4)에 대하여청구법인은 어업권 보상비 등은 공유수면을 매립함으로써 보상한 금액이 아니라 발전소의 건립으로 인한 해수면의 온도 상승 및 항로개설 등의 사유로 인한 어업피해를 보상한 간접보상비이므로 공유수면매립공사비에 포함되어서는 안된다고 주장하나, 청구법인이 지출한 어업권 보상비 등이 청구법인 주장대로 해수면 온도 상승 및 항로개설 등의 사유로 인한 피해를 보상하는 측면이 일부 있다 하더라도 공유수면매립으로 상실하게되는 어장에 대한 피해보상의 성격이 강한 것으로 보이고, 각 지출 사유별로 객관적이고 합리적인 기준에 의하여 이를 안분하기가 불가능하며, 그 구분 또한 애매한 것으로 보이므로 처분청이 동 보상비 상당액을 이 건 부가가치세 과세표준에 포함한 것은 달리 잘못이 없는 처분으로 보인다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2·3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.