교회를 1거주자로 보고 양도세 부과한 처분의 당부(기각)
심판청구를 기각합니다.
청구교회를 법인으로 보는 단체가 아닌 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당함
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 국세기본법(2026.08.11 시행), 소득세법 시행규칙(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
청구교회를 법인으로 보는 단체가 아닌 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당함
이유
1. 처분개요
가. OOOOOOOO OOOO(OO OOOOOOO OO)는 2의 소유인 OOOOO OOO OOO OOOOOOO O O,OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2004.4.13. OOOOO OOOOOO에 공공용지로 협의양도하였다.
나. 처분청은 쟁점토지의 양도당시 청구교회는 국세기본법 제13조 에 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2005.6.27. 청구교회에게 2004년 귀속 양도소득세 34,363,430원을 결정고지하였다.
다. 청구교회는 이에 불복하여 2005.9.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
청구교회는 종교목적으로 출연된 토지 및 건물 등 기본재산을 보유하고 있는 재단으로서 국세기본법 제13조 제1항 제2호에 규정하는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단에 해당되며, 법인세법상 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인에 해당하므로 청구교회가 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산을 양도한 데 대하여 청구교회에게 양도소득세를 부과한 당초 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구교회는 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의한 비영리법인에 해당하지 아니하므로 소득세법 제1조 제3항의 규정에 의거 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점 청구교회를 소득세법상 1 거주자로 보아 과세한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】
① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.
(2) 소득세법 제1조 【납세의무】
① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)
③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.
(3) 소득세법시행규칙 제2조 【법인격 없는 단체의 구분】
① 「국세기본법」 제13조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 단체 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니한 것은 그 단체를 1거주자로 보아 법을 적용한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 명시적으로 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하더라도 사실상 이익이 분배되는 경우에는 그 단체의 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 법을 적용한다.
(4) 법인세법 제1조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.
다. 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구교회가 2의 소유인 OOOOO OOO OOO OOOOOOO O O,OOOO를 OOOOO OOOOOO에 공공용지로 협의양도한데 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도당시 쟁점교회가 국세기본법 제13조 에 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구교회에게 양도소득세를 결정고지한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.
(2) 청구교회는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산을 양도한 데 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구교회는 1982.6.29. OOOO시장에게 법인설립등록을 한 재단법인 OOOOOOOO에 소속된 사실이 법인설립등록증 및 소속증명서 등에 의하여 확인된다. (나) 법인세법 제1조 제2호 다목에서 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의한 법인격이 없는 사단·재단 기타단체는 비영리내국법인으로 보고 이 법을 적용한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제13조 제1항은 법인격없는 사단·재단 기타 단체 중 다음 각호의 1에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있으며, 제1호에서 ‘주무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것’을, 제2호에서 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’을 들고 있다. 청구교회를 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인격없는 단체에 해당되는지 여부를 살펴보면 청구교회가 OOOOOO OOO OOOOOO 소속 교회이기는 하나 쟁점토지의 양도일 현재 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나, 주무관청에 직접 등록된 바 없으므로 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당하지 아니한다 할 것이다.
청구교회를 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의거한 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당하는지에 대하여 살펴보면 교회를 법인격없는 사단으로 인정하는 이상, 그 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하고 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용·수익할 수 있다 할 것인데, 이러한 교회가 법인격없는 재단으로서의 성격을 함께 갖고 있다고 본다면, 교회재산인 부동산이 교인의 총유이면서 동시에 법인격 없는 재단의 단독소유가 된다는 결과가 되어 그 자체가 모순될 뿐만 아니라 그 소유관계를 혼란스럽게 할 우려가 있으므로, 교회가 법인격없는 사단이면서 동시에 법인격없는 재단이라고 볼 수는 없다 할 것이어서 청구교회가기본재산을 소유하고 있다 하여 국세기본법 제13조 제21항 제2호의 규정에 의한 법인격 없는 재단으로 볼수 없다(OO O OO OOOOOOOO, OOOOO OO OO). 또한, 청구교회가 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당되지 아니한다 하더라도 국세기본법 제13조 제2항 규정에 따라 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 비영리법인단체로 승인을 받은 사실도 확인되지 아니하여 청구교회를 비영리법인으로 볼 수는 없다고 판단된다. 따라서, 처분청이 소득세법시행규칙 제2조 제1항의 규정 따라 청구교회를 1거주자로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 소득세법 시행규칙 제2조 (일시적 출입국 사유 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 국세기본법 제13조제1항 (법인으로 보는 단체 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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국세기본법 제13조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
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