매입세금계산서 수취하였으나 법정기한내 제출하지 않은 경우 매출세액에서 공제가능 여부(기각)

이 건 재화의 매입세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 장부에 제출한 사실이 없으므로 이 건 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니하고 과세한 당초 처분은 정당함

1. 사실 청구법인은 서울특별시 송파구 OO동 OOOO에서 슈퍼 또는 연쇄점등에 상품을 공급판매하는 사업자로서, 85.6.20 OO주택공사로부터 서울 강동구 OO동 OOO소재 OO 주공아파트 지하상가 1채(취득가액 68,360,434원)를 분양받은후 86.3.14 양도(양도가액 110,000,000원)한데 대하여 처분청은 89.3.16 이 건 상가의 건물 부분(이하 “이 건 재화”라 한다)의 매출액 71,399,426원에 OO 부가가치세 9,981,910원을 청구법인에게 부과 고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 89.5.15 심사청구를 거쳐 89.9.1 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 청구법인이 85.6.20 서울 강동구 OO동 OOOOO 소재 주공아파트 지하상가를 구입하여 86.3.14 양도하고 건물부분에 OO 세금계산서를 발행하지 아니하였으며 부가가치세 신고 납부도 이행하지 아니하였으나 청구법인이 OO주택공사로부터 이 건 재화를 매입하고 교부받은 세금계산서(84.11.21자 1,944,520원과 85.6.20자 (2건) 4,889,160원, 계 6,836,040원)는 정당하게 수취한 세금계산서이므로 동 매입세금계산서상의 매입세액 6,836,042원은 이 건 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제160조 제1항 제2호의 규정에 따라 이 건 재화의 매입세금계산서를 경정기관(처분청)의 확인을 거쳐 장부에 제출한 사실이 없으므로 이 건 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니하고 과세한 당초 처분은 타당하다는 의견이다.

4. 쟁점 청구법인이 이 건 재화의 매입세금계산서를 수취하고 처분청에 법정기한내에 제출하지 아니한 경우 이 건 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저, 처분청이 결정한 이 건 부가가치세의 과세경위를 보면, 청구법인이 OO주택공사로부터 85.6.20 분양 취득한 이 건 지하상가를 86.3.14 양도한데 대하여 89.3.16 처분청은 이 건 상가의 건물 부분에 OO 매출액 71,299,426원에 OO 부가가치세 9,981,910원을 결정 고지하였음을 처분청이 제시한 부가가치세 과세표준 결정결의서에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구법인은 이 건 매출세액에서 당초 매입세액 6,836,040원을 공제하여야 한다는 주장이다. 다음 이 건 관련 법규정을 보면 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나, 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우”에는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있으며 동 1호 단서에서 “다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하도록”규정하고, 동 위임규정인 동법 시행령 제60조 제1항에서 “법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 게기하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 국세기본법 시행령 제25조 제1항의 규정에 의하여 과세표준 수정신고서와 함께 제출하는 경우

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정(재경정을 제외한다)에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조 제3항 후단의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우”등으로 규정하고 있다. 한편, 청구법인이 이 건 재화를 매입하고 수취한 세금계산서를 처분청에 전시한 규정에 의하여 제출하였는지의 사실관계를 보면 청구법인은 이 건 매입세금계산서를 84.11.21 및 85.6.20 OO주택공사로부터 교부받은 후 예정신고 및 확정신고기한내에 처분청에 제출한 사실이 전혀 없으며, 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼 또한 없다. 뿐만 아니라 국세기본법 제45조 및 동법 시행령 제25조 제1항의 규정에 의한 과세표준 수정신고도 없었음이 확인되고 있다. 따라서 청구법인이 부가가치세 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 전시 규정에 의하여 처분청에 제출한바 없을뿐 아니라 과세표준 수정신고와 함께 제출한바 없었으므로 당초 매입세액 공제를 할 수 없으므로 이 건 매출세액에서 공제해 달라는 청구주장은 받아들이기 곤란하다고 하겠다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.