합병 후 행사한 주식매수선택권도 특례 대상인가요?

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

1. 문구 변경회신 당시 시행본 2023.05.12 → 현재 시행본 2026.07.01

   조세특례제한법 제16의2조: 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 4개로 바뀌었다(수정 2개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
2. 문구 변경회신 당시 시행본 2023.05.12 → 현재 시행본 2026.07.01

   조세특례제한법 제16의3조: 회신 당시 7개 문장·단위에서 현재 7개로 바뀌었다(수정 1개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
3. 문구 변경회신 당시 시행본 2023.05.12 → 현재 시행본 2026.07.01

   조세특례제한법 제16의4조: 회신 당시 16개 문장·단위에서 현재 16개로 바뀌었다(수정 4개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에…

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2027년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에…

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.