가축분뇨 처리와 비료 생산의 부가세는 어떻게 다른가?

사업자는 허가 또는 신고를 하고 가축분뇨 수집·운반 및 처리업을 한다. 비료생산업으로 등록해 수집한 가축분뇨로 비료를 생산하며, 자원화시설을 설치하고 세금계산서를 발급받았다.

「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 가축분뇨수집・운반 및 처리업을 하는 경우「부가가치세법 시행령」제35조제10호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당되어 부가가치세가 면제되는 것이고,「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하는 경우 이는 부가가치세가 과세됨.

가.「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가 또는 신고를 하고 가축분뇨수집·운반 및 처리업을 하는 경우 「부가가치세법 시행령」제35조제10호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당되어 부가가치세가 면제되는 것이고,「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하는 경우 이는 부가가치세가 과세되는 재화에 해당되어, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 해당되는 것이며, 사업자가 가축분뇨처리를 위한 자원화시설을 설치하고 세금계산서를 발급받은 경우, 해당 설치와 관련하여 부담한 매입세액은 「부가가치세법」제40조에 따라 안분계산 하여야 하는 것입니다.

나.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제39조에서 정하는 경우를 제외하고는 매입세액 공제를 받을 수 있는 것입니다.

질의

가축분뇨 수집·운반 및 처리업과 가축분뇨를 이용한 비료 생산의 부가가치세 과세 여부 및 관련 매입세액 처리방법.

회답

가. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가 또는 신고하고 가축분뇨 수집·운반 및 처리업을 하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제35조제10호의 의료보건용역에 해당해 부가가치세가 면제된다. 「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨로 비료를 생산하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 재화에 해당한다. 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 가축분뇨처리 자원화시설을 설치하고 세금계산서를 발급받은 경우 관련 매입세액은 「부가가치세법」 제40조에 따라 안분계산한다.

나. 사업자가 자기 사업에 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역의 부가가치세는 「부가가치세법」 제39조에서 정하는 경우를 제외하고 매입세액 공제를 받을 수 있다.

국세청 법령해석 부가가치세과-654 (2014.07.18 회신), "가축분뇨 처리와 비료 생산의 부가세는 어떻게 다른가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000153580/