비영리 재단법인도 법인세와 원천징수 의무가 있나?

질의 대상에는 민법 제32조에 따라 설립된 재단법인 예술전당이 포함된다. 출연재산의 고유목적사업 사용 여부와 토지 등의 유상 양도 및 수익사업 소득에 관한 세무처리가 문제 되었다.

재단법인은 비영리법인으로 수익사업의 소득에 대하여 법인세 납세의무와 원천징수의무가 있음

1. 질의 가, 나의 경우 상속세법 제8조의2 규정에 의거 종교 자선 학술 및 기타 공익사업에 출연하는 재산에 대하여는 현행 상속세법상 증여세를 과세하지 아니하는 것이나 출연재산이 당초 고유목적사업에 적법하게 사용되었는지 여부는 소관 세무서장이 사후 관리하는 것임. 다만 "재단법인 예술전당"이 상기내용에 해당되는지 여부는 당해 법인의 정관상 사업목적 및 사실상의 사업내용에 따라 판단할 사항이며, 질의 나의 경우 양도자산 및 양도조건 등이 불분명하여 정확한 회신을 해드릴 수 없으나 법인이 법인세법 제59조의2 제1항의 토지 등을 유상으로 양도시에는 법인세법 또는 조세감면규제법상 비과세 및 면제규정을 제외하고는 특별부가세와 방위세가 과세되는 것이고,

2. 질의 다, 라의 경우 민법 제32조의 규정에 의하여 설립하는 재단법인은 비영리법인으로 법인세법 제1조와 동법 시행령 제2조에 의한 수익사업의 소득에 대하여 법인세 납세의무와 법인세법 제39조에 의한 원천징수의무가 있으며, 기타 각 세법에 의한 납세의무 등에 대한 상세한 사항은 관할 세무서에 문의하시기 바람.

질의

재단법인의 공익사업 출연재산, 토지 등 양도 및 수익사업 소득에 대한 납세의무에 관한 질의이다.

회답

1. 질의 가, 나

종교·자선·학술 및 기타 공익사업에 출연하는 재산에는 증여세를 과세하지 않으나, 출연재산이 당초 고유목적사업에 적법하게 사용되었는지는 소관 세무서장이 사후 관리합니다. 재단법인 예술전당이 이에 해당하는지는 정관상 사업목적과 사실상의 사업내용에 따라 판단합니다.

양도자산과 양도조건 등이 불분명하여 정확히 회신할 수 없으나, 법인이 토지 등을 유상으로 양도하면 비과세 및 면제규정을 제외하고 특별부가세와 방위세가 과세됩니다.

2. 질의 다, 라

민법 제32조에 따라 설립하는 재단법인은 비영리법인으로, 수익사업의 소득에 대한 법인세 납세의무와 원천징수의무가 있습니다.

국세청 법령해석 법인22601-3753 (1986.12.20 회신), "비영리 재단법인도 법인세와 원천징수 의무가 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000097702/