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합병 시 연구개발비 미공제액이 승계되나?

국세청 공식 회신문서번호 서면2팀-535회신일 2006.03.27세목 조세특례회신 후 개정
1. 질문합병 시 연구개발비 미공제액이 승계되나?2. 공식 회신국세청 · 2006.03.273. 다툰 결과0건 직접 · 10건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 2006.03.27

준비금 잔액과 이월공제 후 남은 미공제액은 합병법인에게 승계된다.

합병 때 피합병법인의 준비금과 연구개발비 세액공제 미공제액이 승계되는지 물었다. 준비금 잔액과 이월공제 후 남은 미공제액은 합병법인에게 승계된다. 합병등기접수일을 합병일로 하며, 회계상 합병기일이 다르면 관련 분개를 제거하는 세무조정을 한다.

근거 조문 조세특례제한법 제4조제2항제1호 법인세법 시행령 제85조제1항제3호

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

피합병법인의 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 의제사업연도로 하여 법인세를 신고한다. 합병기일과 합병등기일이 서로 다른 사업연도에 속할 수 있다.

질의요지

피합병법인의 의제사업연도 법인세신고시 중소기업투자준비금은 규정에 따라 환입하고 잔액은 합병법인에게 승계되며, 이월된 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 대한 미공제액은 합병법인에게 승계되는 것임

본문(원문)

합병의 경우 합병등기접수일을 합병일로 하여 법인세법을 적용하는 것으로, 피합병법인의 사업연도개시일부터 합병등기일까지 의제사업연도의 각사업연도소득에 대한 법인세신고시 중소기업투자준비금은 조세특례제한법 제4조 제2항 제1호 규정에 따라 환입하고 잔액은 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 다목의 규정에 의거 합병법인에게 승계되는 것이며, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 이월공제액이 있는 경우 이월공제를 적용하고 미공제액은 합병법인에게 승계되는 것임. 또한 합병기일과 합병등기일이 속하는 사업연도가 서로 달라 법인이「기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙」에 따라 합병기일에 합병에 관한 회계처리를 한 경우 합병법인이 합병기일이 속하는 각사업연도소득에 대한 법인세신고시 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무제표를 제출하는 것이며 합병과 관련된 모든 분개를 모두 제거하는 세무조정을 하여야 하는 것임.

정제 정리

질의

합병 시 피합병법인의 중소기업투자준비금과 연구 및 인력개발비 세액공제 미공제액의 처리 및 승계 여부.

회답

합병등기접수일을 합병일로 하여 법인세법을 적용한다. 피합병법인의 사업연도개시일부터 합병등기일까지 의제사업연도의 법인세 신고 시 중소기업투자준비금은 조세특례제한법 제4조 제2항 제1호에 따라 환입하고, 잔액은 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 다목에 따라 합병법인에게 승계한다.

연구 및 인력개발비 세액공제 이월공제액이 있으면 이월공제를 적용하고 미공제액은 합병법인에게 승계한다.

합병기일과 합병등기일이 속하는 사업연도가 서로 달라 「기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙」에 따라 합병기일에 회계처리한 경우, 합병법인은 기업회계기준을 준용한 재무제표를 제출하고 합병 관련 분개를 모두 제거하는 세무조정을 하여야 한다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면2팀-535 (2006.03.27 회신), "합병 시 연구개발비 미공제액이 승계되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000078721/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000078721)
원 제목
연구 및 인력개발비의 세액공제에 대한 미공제액의 합병법인에게 승계 여부
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질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-09
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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