GovBrief 국세자주 묻는 질문법인세

고유목적사업용 토지 교환수익은 과세되나?

국세청 공식 회신문서번호 법인세과-46회신일 세목 법인세회신 후 개정 보관 문서

검색 색인 제외 보관본. 질문·답·공식 본문·회신일·해소된 근거 조문 중 일부가 검색 품질 기준을 충족하지 않는다. 아래에 남은 공식 원문과 출처 링크를 확인한다.

1. 질문고유목적사업용 토지 교환수익은 과세되나?2. 공식 회신국세청 · 2009.01.053. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문3개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

사실관계가 불분명해 단정할 수 없으나, 정해진 사용 요건을 충족하면 교환수익에 법인세를 부과하지 않는다.

비영리내국법인의 고유목적사업용 토지를 교환할 때 발생한 수익에 법인세가 부과되는지를 물었다. 사실관계가 불분명해 단정할 수 없으나, 정해진 사용 요건을 충족하면 교환수익에 법인세를 부과하지 않는다. 처분일 현재 3년 이상 법령 또는 정관상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이어야 한다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 0
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2009.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제50조: 회신 당시 5개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 5개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국법인이 2년이상 당해 사업에 직접 사용하던 고정자산으로서 대통령령이 정하는 자산(이하 이 條에서 "事業用固定資産"이라 한다)을 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자외의 다른 내국법인이 2년이상 당해 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용고정자산(이하 이 條에서 "交換取得資産"이라 한다)과 교환(大統領令이 정하는 多數法人間의 交換을 포함한다)하는 경우 당해 교환취득자산의 가액중 교환으로 발생한 사업용고정자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 대통령령으로 정하는 사업을 하는 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 특수관계인 외의 다른 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용자산(이하 이 조에서 "교환취득자산"이라 한다)과 교환(대통령령으로 정하는 여러 법인 간의 교환을 포함한다)하는 경우 그 교환취득자산의 가액 중 교환으로 발생한 사업용자산의 양도차익 상당액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

  2. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2009.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제3조: 회신 당시 제목은 ‘과세소득의 범위’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘납세의무자’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제3조(과세소득의 범위) ①법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득 ②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "收益事業"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 3. 「소득세법」 제17조제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 固定資産으로서 大統領令이 정하는 것을…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 내국법인 2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인 ② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다. ③ 연결법인은 제76조의14제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세(각 연결법인의 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 및 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세를 포함한다)를 연대하여 납부할 의무가 있다. ④ 이 법에 따라 법인세를 원천징수하는 자는 해당 법인세를 납부할 의무가 있다.

  3. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2009.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제2조: 회신 당시 제목은 ‘납세의무’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘정의’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제2조(납세의무) ①다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 내국법인 2. 국내원천소득이 있는 외국법인 ②내국법인 및 외국법인에게 제55조의2 및 제95조의2의 규정에 의한 토지등양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다. ③내국법인중 국가 및 지방자치단체(地方自治團體組合을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. ④내국법인 및 외국법인과 「소득세법」에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "내국법인"이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다. 2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인 나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) 다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 3. "외국법인"이란 본점 또는 주사무소가 외국에 있는 단체(사업의 실질적 관리장소가 국내에 있지…

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

질의요지

비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업을 제외)에 직접 사용한 것에 해당하는 경우에는 교환으로 인하여 발생하는 수익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하므로 법인세법 제50조의 규정을 적용하지 아니함

본문(원문)

귀 질의의 경우, 사실관계가 불분명하여 답변을 할 수 없으나, 쟁점 토지가 「법인세법」 제3조 및 같은법 시행령 제2조에 따른 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업을 제외)에 직접 사용한 것에 해당하는 경우에는 쟁점 토지의 교환으로 인하여 발생하는 수익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것입니다.

정제 정리

질의

비영리내국법인이 고유목적사업에 사용한 쟁점 토지를 교환하는 경우 그 수익에 법인세가 부과되는지 여부.

회답

사실관계가 불분명하여 답변할 수 없습니다. 다만 쟁점 토지가 「법인세법」 제3조 및 같은법 시행령 제2조에 따른 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산이고, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것이라면 교환으로 발생하는 수익에 법인세를 부과하지 않습니다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인세과-46 (<time datetime="2009-01-05">2009.01.05</time> 회신), "고유목적사업용 토지 교환수익은 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000077905/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000077905)
원 제목
건축물을 철거하고 나대지로 판매하는 경우 비사업용 토지 해당여부
공개 등급
보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap