공익법인의 초과보유 주식에 가산세가 붙나?

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 4곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

1. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제49조: 회신 당시 5개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 4개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ①공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "株式등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
2. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제49조 제1항: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 3개로 바뀌었다(수정 3개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ①공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "株式등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
3. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제78조 제4항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ④세무서장등은 공익법인등이 제49조제1항 각호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(同項 但書의 規定을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 所得稅 課稅期間 또는 法人稅 事業年度 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제7항에서 "주식등"이라 한다)에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
4. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2001.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제42조 제1항: 회신 당시 제목은 ‘기타의 증여의제’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘재산사용 및 용역제공 등에 따른 이익의 증여’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ①제38조ㆍ제39조의2ㆍ제41조 또는 제41조의3에서 규정하는 것과 방법 및 이익이 유사한 경우로서 특수관계에 있는 자가 직접 또는 간접적인 방법으로 법인의 합병ㆍ분할ㆍ감자 등에 참여하거나 참여하지 아니함으로써 통상적으로 지급하여야 하는 대가를 지급하지 아니하고 소유지분 또는 그 평가액이 변동됨에 따라 직접 또는 간접적인 이익을 얻은 경우로서 상속세 또는 증여세를 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그에 상당하는 이익을 증여받은 것으로 본다. 이 경우 특수관계에 있는 자 및 이익의 계산 등에 관하여는 제38조 내지 제41조 또는 제41조의3의 규정을 준용한다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 재산의 사용 또는 용역의 제공에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액(시가와 대가의 차액을 말한다)을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다. 1. 타인에게 시가보다 낮은 대가를 지급하거나 무상으로 타인의 재산(부동산과 금전은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 사용함으로써 얻은 이익 2. 타인으로부터 시가보다 높은 대가를 받고 재산을 사용하게 함으로써 얻은 이익 3. 타인에게 시가보다 낮은 대가를 지급하거나 무상으로 용역을 제공받음으로써 얻은 이익 4. 타인으로부터 시가보다 높은 대가를 받고 용역을 제공함으로써 얻은 이익

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.