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정비사업조합의 법인세와 대물변제는 어떻게 처리하나?
일정 기간 비영리법인으로 보아 청산소득 법인세가 없고, 대물변제는 당시 시가를 적용하며 초과 분배액은 의제배당이다.
정비사업조합의 법인세, 대물변제 수입금액 및 잔여재산 분배에 대한 세무처리를 물었다. 일정 기간 비영리법인으로 보아 청산소득 법인세가 없고, 대물변제는 당시 시가를 적용하며 초과 분배액은 의제배당이다. 2003.12.30.이 속하는 사업연도부터 2008.12.31. 이전 종료 사업연도까지의 조합 등에 관한 판단이다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 소득세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다
GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.
인용 조문·항·호 중 4곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2005.07.13 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제104의7조: 회신 당시 6개 문장·단위에서 현재 8개로 바뀌었다(수정 6개 · 신설 2개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제104조의7 (정비사업조합에 대한 과세특례)
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례)
- 문구 변경회신 당시 시행본 2005.07.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제60조: 회신 당시 9개 문장·단위에서 현재 18개로 바뀌었다(수정 9개 · 신설 9개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상①납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2005.07.15 → 현재 시행본 2026.02.27
법인세법 시행령 제89조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 16개로 바뀌었다(수정 1개 · 신설 15개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ②법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을…
- 문구 변경회신 당시 시행본 2005.07.13 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제17조 제2항 제3호: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 4개로 바뀌었다(수정 1개 · 신설 3개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상3. 해산한 법인(法人으로 보는 團體를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 주식 및 출자 또는 자본을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)3. 해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 주식ㆍ출자지분 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액. 다만, 내국법인이 조직변경하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.
사실관계
법인으로 설립된 정비사업조합이 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 신고한다. 조합이 공사대금을 부동산으로 대물변제하거나 해산 후 조합원에게 잔여재산을 분배하는 경우도 함께 제시되었다.
질의요지
정비사업조합이 2003.12.30.이 속하는 사업연도 분부터 2008.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 비영리법인으로 보므로 청산소득에 대한 법인세 납세의무는 없는 것임
본문(원문)
조세특례제한법 제104조의 7 규정을 적용함에 있어 도시 및 주거환경정비법 제18조의 규정에 의하여 법인으로 설립된 정비사업조합이 2003.12.30.이 속하는 사업연도 분부터 법인세법 제60조의 규정에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 신고하는 경우 당해 정비사업조합은 2008.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 비영리법인으로 보아 법인세법을 적용하는 것으로 청산소득에 대한 법인세 납세의무는 없는 것이며
“정비사업조합”이 공사대금을 대물로 변제하는 경우 당해 부동산의 수입금액은 대물변제 당시의 시가를 적용하는 것으로 시가는 법인세법 시행령 제89조 규정을 준용하는 것이며
주택재개발조합원이 조합의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 조합의 주식 및 출자 또는 자본을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 소득세법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 의제배당에 해당하는 것입니다.
정제 정리
질의
정비사업조합의 법인세 적용, 공사대금 대물변제 시 수입금액 및 해산에 따른 잔여재산 분배의 세무처리.
회답
1. 2003.12.30.이 속하는 사업연도부터 2008.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 정비사업조합은 비영리법인으로 보아 법인세법을 적용하므로 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없습니다.
2. 공사대금을 부동산으로 대물변제하는 경우 수입금액은 대물변제 당시의 시가를 적용하며, 시가는 법인세법 시행령 제89조를 준용합니다.
3. 조합 해산에 따른 잔여재산 분배로 취득한 금전 또는 재산의 가액이 주식·출자 또는 자본의 취득금액을 초과하면 그 초과금액은 의제배당에 해당합니다.
근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결
- 조세특례제한법 제104의7조 (정비사업조합에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 주거환경정비법 제18조 (자동 해소 실패)
- 법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 소득세법 제17조제2항제3호 (배당소득) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-1901 (2005.11.24 회신), "정비사업조합의 법인세와 대물변제는 어떻게 처리하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000025549/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000025549)
- 원 제목
- 정비사업조합 세무처리
- 공개 등급
- 공개 후보 · 검색 색인 대상
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-10