GovBrief 국세자주 묻는 질문조세특례

두 중소기업의 합병에도 유예기간이 적용되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서이46012-10830회신일 세목 조세특례회신 후 개정 보관 문서

검색 색인 제외 보관본. 질문·답·공식 본문·회신일·해소된 근거 조문 중 일부가 검색 품질 기준을 충족하지 않는다. 아래에 남은 공식 원문과 출처 링크를 확인한다.

1. 질문두 중소기업의 합병에도 유예기간이 적용되는가?2. 공식 회신국세청 · 2001.12.283. 다툰 결과1건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

합병 사업연도의 환산 매출액이 1천억원 이상이거나 중소기업 기준을 넘으면 유예기간을 적용한다.

유예기간 중이 아닌 두 중소기업이 합병하여 매출액 등이 기준을 넘은 경우를 물었다. 합병 사업연도의 환산 매출액이 1천억원 이상이거나 중소기업 기준을 넘으면 유예기간을 적용한다. 합병 후 존속법인의 매출액은 시행규칙에 따라 환산한 금액으로 한다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 조세특례제한법 시행규칙(2026.07.01 시행), 조세특례제한법 시행령(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 5곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 5 · 문구 동일 1
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제2조 제1항: 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 6개로 바뀌었다(수정 3개 · 신설 2개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(소득세법시행령 제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조제3항의 규정에 의한 방송업(이하 "방송업"이라 한다), 제5조제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ①법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.05.22

    조세특례제한법 시행규칙 제2조 제3항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ③영 제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호에서 "매출액"이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ③ 삭제 <2015.3.13>

  3. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제2조: 회신 당시 13개 문장·단위에서 현재 15개로 바뀌었다(수정 10개 · 신설 2개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(소득세법시행령 제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조제3항의 규정에 의한 방송업(이하 "방송업"이라 한다), 제5조제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ①법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

  4. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표의 범위기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  5. 문구 변경회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제2조 제2항: 회신 당시 5개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 5개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만…

  6. 문구 동일회신 당시 시행본 2001.09.29 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제2조 제3항: 회신 당시와 2026.09.10 현재 문구가 같다.

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

유예기간 중이 아닌 두 중소기업이 2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 합병하였다. 합병 사업연도의 환산 매출액이 1천억원 이상이거나 중소기업 기준을 초과하는 경우이다.

질의요지

유예기간중에 있지 아니하는 2개의 중소기업이 2001. 1. 1 이후 개시하는 사업연도에 합병을 함으로써 합병한 사업연도에 환산한 매출액이 1천억원 이상이거나 중소기업기준을 초과하는 경우 유예기간을 적용하는 것임

본문(원문)

합병후 존속하는 법인의 합병한 사업연도의 경우 조세특례제한법시행령 제2조제1항 각호 외의 부분 단서의 「매출액」은 조세특례제한법시행규칙 제2조제3항의 규정에 의하여 환산한 금액으로 하는 것입니다.

조세특례제한법시행령 제2조(2000.12.29. 개정전의 것)에서 정하는 유예기간중에 있지 아니하는 2개의 중소기업이 2001.1.1이후 개시하는 사업연도에 합병을 함으로써 합병한 사업연도에 개정된 같은법시행규칙 제2조3항의 규정에 의한 환산한 매출액이 1천억원 이상이거나 같은법시행령 제2조제1항제1호의 범위를 초과하는 경우 같은법시행령 제2조제2항의 규정에 의한 유예기간을 적용하는 것입니다.

정제 정리

질의

유예기간 중이 아닌 두 중소기업이 합병하여 매출액 또는 중소기업 기준을 초과한 경우 유예기간 적용 여부.

회답

합병 후 존속하는 법인의 합병 사업연도 매출액은 조세특례제한법시행규칙 제2조제3항에 따라 환산한 금액으로 합니다.

조세특례제한법시행령 제2조에서 정한 유예기간 중에 있지 않은 두 중소기업이 2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 합병하여 환산 매출액이 1천억원 이상이거나 중소기업 기준을 초과하면 같은 법 시행령 제2조제2항의 유예기간을 적용합니다.

이 회신 문서번호가 등장한 심판결정

  • 조심 2022인6630 심판결정
    · 주문 분류 취소+경정 · 결정문에 문서번호 서이46012-10830가 문자 그대로 있음 · 결정 후 개정

결정문에 이 회신의 공식 문서번호가 문자 그대로 등장한 강한 연결이다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서이46012-10830 (<time datetime="2001-12-28">2001.12.28</time> 회신), "두 중소기업의 합병에도 유예기간이 적용되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000020391/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000020391)
원 제목
중소기업 유예기간 적용 여부
공개 등급
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편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap