부가가치세 과세사업자가 면세사업자로 사업자등록한 경우 미등록가산세를 적용할 수 있는지 여부(기각)

부가가치세 면세사업자로 등록을 하였으나 이는 과세사업자로 사업자등록을 한 것이 아니어서 부가가치세법상 사업자등록으로 볼 수 없으므로 이 건 미등록가산세를 부과한 것은 잘못이 없음.

1. 원처분 개요청구인은 91.8.1 국민주택규모이하의 주택을 신축판매하는 부가가치세 면세사업자등록을 한후 아래과 같이 과세사업(국민주택규모를 초과하는 주택신축공급)을 영위하고 각 과세기간의 부가가치세를 신고하지 아니하였다.(단위 : 원)

거래일

쟁? 점? 부? 동? 산

건 물 분

과세표준액

(처분청)

소 재 지

토지

(㎡)

건물(㎡)

분양금액

(공급대가)

91.2기

서울시 OO구 OO동 OOOOO

연립주택 OOOO

〃?? OOOO

〃?? OOOO

76

76

76

160.965

160.965

160.965

200,000,000

200,000,000

230,000,000

123,455,796

107,352,866

107,352,866

92.1기

〃?? OOOO

75.4

144.35

150,000,000

75,152,931

처분청은 쟁점부동산중 건물공급분에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산하고 미등록가산세(과세표준 1%)를 적용하여 93.9.3 청구인에게 ’91년 제2기분 부가가치세 40,579,380원과 ’92년 제1기분 부가가치세 9,696,030원을 각각 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 93.9.20 심사청구를 거쳐 94.1.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 처분청은 쟁점부동산중 건물공급분 부가가치세 과세표준을 지방세법상 과세시가표준액으로 계산함에 있어 아래 산식을 적용하였으나

총분양금액중 건물이 차지하는 금액을 먼저 산출하고 그 산출된 금액에 100/110을 곱하여 과세표준을 계산하는 것이 타당하므로 다음 산식을 적용하여야 하며,

(2) 처분청은 이 건 부가가치세를 과세함에 있어 미등록가산세를 부과하였으나 청구인은 쟁점부동산 공급일 이전인 91.8.1 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았으므로 미등록가산세를 부과한 것은 잘못이라는 주장이다.

나. 국세청장 의견

(1) 건물에 대한 부가가치세 과세표준의 안분계산은부가가치세법시행령 제48조의 2제3항에 의하여 총공급가액인 분양가액(부가가치세 포함)에 건물의 과세시가표준액을 분자로 하고, 토지의 과세시가표준액와 건물의 과세시가표준액 및 건물분 부가가치세 상당액을 합한 것을 분모로 하여 이를 곱하여 계산하는 것이므로 청구주장은 이유없으며,

(2) 청구인이 91.8.1 부가가치세 면세사업자로 등록을 하였으나 이는 과세사업자로 사업자등록을 한 것이 아니어서 부가가치세법상 사업자등록으로 볼 수 없으므로 이 건 미등록가산세를 부과한 것은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건은 토지, 건물의 가액 구분없이 거래한 경우 건물에 대한 부가가치세의 과세표준을 어떤 방법으로 안분계산할 것인지(쟁점①)와소득세법 제197조의 2의 규정에 의해 부가가치세 면세사업자등록을 하고 과세사업을 한 경우 미등록가산세를 부과할 수 있는지 여부(쟁점②)를 가리는데 다툼이 있다.

가. 쟁점

①에 대하여

(1) 관련법령부가가치세법 제3조제5항 및동법시행령 제48조의 2(과세표준의 안분계산)제3항에 의하면 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불문명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.”고 규정하고 있다.한편, 사업자가 재화등을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다 할 것이다.(부가가치세법 기본통칙 5-1-1…13 같은뜻임)

(2) 청구주장에 대한 당부청구인은 쟁점부동산중 건물공급분에 대한 부가가치세 과세표준액을 계산함에 있어 다음 산식의 적용을 주장하고 있고,

처분청에서는 아래 산식을 적용하여 과세표준액을 산출하였는 바,

위 산식중 총분양금액(공급대가)은 토지가액, 건물가액 및 건물분에 대한 부가가치세의 해당금액을 모두 합계한 금액이므로 청구인이 주장하는 산식을 적용할 경우 부가가치세액 자체도 과세시가표준액의 비율에 따라 토지·건물에 공동 안분되는 불합리한 결과가 초래되기 때문에 위 산식중 처분청이 적용한 산식과 같이 분모에 건물분 부가가치세 상당액을 가산시키는 것이 타당하다 할 것이다.(국세청 예규, 부가 1265.1-1935, 84.9.13 같은 뜻임)따라서 이 건 부가가치세의 과세표준을 계산함에 있어 청구인이 주장하는 위 산식은 적용될 수 없다 하겠다.

나. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령부가가치세법 제22조(가산세) 제1항에서 “사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업개시일 또는 검열을 신청하지 아니한 과세기간의 개시일부터 등록 또는 검열을 신청한 날이 속하는 예정신고기간 까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.”고 규정하면서 그 제1호에서 “제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 때”라고 규정하고 있다. 한편,동법 제5조(등록) 제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 청구주장에 대한 당부청구인은 91.8.1 처분청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았으므로 이 건 미등록가산세를 부과할 수 없다는 주장이나,부가가치세법 제5조제1항에서 정한 사업자등록의무는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다 할 것인 바(대법원 84누163, 84.7.10, 부가가치세법 기본통칙 1-4-3…5 같은뜻임), 청구인이 한 위 면세사업자등록은소득세법 제197조의 2의 규정에 의한 사업자등록을 한 것이고부가가치세법 제5조제1항의 규정에 의한 사업자등록(과세사업자등록)을 한 경우가 아니므로 처분청이 이 건 과세사업에 대한 부가가치세를 과세하면서 미등록가산세를 부과한 것은 적법한 것으로 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.