의제매입세액을 불공제한 부과처분이 정당한지의 여부(취소)

1994. 1. 1 이후 부터는 면세농산물등을 원재료로하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우 업종에 관계없이 의제매입세액 공제대상임

1. 처분개요

청구인은 면세포기하여 수산물 제조업 및 도매업을 영위하는 사업자로서 탈각 굴 및 착각 굴을 매입하여 이를 선별 세척한 후 소금을 가미하고 냉각 살균한 후 포장하여 수출하는 과정에서 면세로 매입한 탈각 굴 및 착각 굴에 대하여 의제매입세액공제하여 부가가치세를 신고하였다.처분청은 청구인이 신고한 의제매입세액 중 탈각 굴에 대한 의제매입세액을 불공제하여 96.3.16 청구인에게 부가가치세 152,324,420원(91년 1기: 2,685,020원, 91년 2기: 4,027,480원, 92년 2기: 1,051,910원, 93년1기: 6,859,440원, 93년 2기: 41,800,270원, 94년 1기: 17,536,090, 94년 2기 : 52,990,290원, 95년 1기: 11,986,390원, 95년 2기: 13,387,530원으로 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 96.5.15 이의신청과 96.8.14 심사청구를 거쳐 96.11.14 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장의견가. 청구인주장청구인이 착각 굴(껍질을 제거하지 아니한 것)을 매입하여 이를 탈각한 후, 이를 세척 - 이물질 제거 - 선별 - 염수처리 - 냉각 - 탈수 - 포장하여 수출할 때 착각 굴의 매입에 대하여 의제매입세액공제를 하는 것과 마찬가지로 87년 6 - 7월경 충무세무서장 및 실무자, 굴수협, 수출업체 간담회시 합의사항으로 탈각 굴(껍질을 제거한 것)에 대하여도 의제매입세액공제를 하여 주기로 한 바 있음에도 쟁점세액을 공제부인함은 부당하다.

나. 국세청장의견부가가치세법 기본통칙 1- 1- 14---1에서 단순히 세척·포장하고 신선도를 유지하기 위하여 일정한 온도로 냉장하는 경우에는 제조로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 한국표준산업분류표에서도 연체동물 및 갑각류의 껍질을 벗겨 사람의 소비에 적당한 상태로 가공처리하는 활동을 제조활동으로 간주한다고 해석하고 있는 바, 이 건의 경우 껍질이 벗겨진 굴을 매입하여 세척, 염수처리, 냉각한 후 포장하여 수출하는 과정이므로 이를 제조로 볼 수 없으므로 의제매입세액으로 신고한 쟁점세액을 공제부인한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

탈각굴을 매입하여 이를 가공하는 행위를 제조업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 의제매입세액을 불공제한 이 건 부과처분이 정당한지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령93.12.31 법률 제4663호로 개정되기 전의부가가치세법 제17조제3항에서는 「제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물·또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다」라고 규정하고 있다가,93.12.31 개정된부가가치세법 제17조제3항에서는 「사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물”이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.(93.12.31 개정)」라고 개정함으로써 부가가치세가 면세되는 농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공·창출한 재화 또는 용역에 대해 과세하는 경우, 제조업에 한하여 의제매입세액공제를 인정하던 것을 모든 업종으로 확대하였다.한편, 같은 법 시행령 제1조 제3항에서는“재화를 공급하는 사업의 구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간개시일 현재의 한국표준산업분류표를 기준으로 한다”라고 규정하고 있다.

다. 사실 및 적용 판단청구인이 착각굴 및 탈각굴을 매입하여 이를 가공한 재화가 과세되는 사실에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 다만, 탈각굴을 매입하여 이를 가공하는 행위가 제조에 해당하는지에 대하여 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다.통계청의 한국표준산업분류표에 의하면 분류번호 1512에서 어류의 지느러미, 머리, 내장 등을 제거하거나, 연체동물 및 갑각류의 껍질을 벗겨 사람의 소비에 적합한 상태로 가공처리 하는 활동도 제조활동으로 간주하도록 규정하고 있고, 사업자가 시설을 갖춘 장소에서 생선의 머리·뼈·내장 등을 제거한 후 냉동(위탁냉동을 포함한다)하여 공급하는 때에는 제조업을 영위하는 것으로 보나, 단순히 세척·포장하고 신선도 유지를 위하여 일정한 온도로 냉장하는 경우에는 그러하지 아니하는 것이다(부가가치세법 기본통칙 1 - 1 14 ---1 같은 뜻임).그렇다면 껍질이 벗겨진 굴을 매입하여 이를 세척, 선별, 냉각 및 탈수한 후 포장하는 일련의 행위를 제조업에 해당하지 아니하므로 제조업을 영위하는 사업자에게만 의제매입세액이 공제되는 93.12.31 이전의 구 부가가치세법이 적용될 때에 매입한 탈각굴에 대한 의제매입세액은 공제되지 아니한다 할 것이므로 처분청이 91년 1기분부터 93년 2기분까지는 의제매입세액공제대상이 아니라고 보아 과세 처분한 것은 정당하다 할 것이다.그러나, 위 관계법령에서 살펴 본 바와 같이 94.1.1 이후 매입한 탈각굴부터는 업종에 관계없이 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액공제대상이므로 이 건 과세처분 중 94.1기분부터 95년 2기분까지는 의제매입세액공제대상이라 할 것이고, 처분청은 관계법령을 오해한 것이다.

라. 결론이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.