청구법인의 2016사업연도 법인세 계산시 조특법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

조특법의 체계상, 연혁상, 문언상의 사정을 종합적으로 고려하면, 창업벤처중소기업을 판단함에 조특법 시행령 제2조 제1항이 적용된다고 봄이 타당한바, 청구법인의 경우 조특법 시행령 제2조 제1항의 중소기업 요건을 충족하지 못하였고, 같은 조 제2항 제4호에 해당함에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 아니하므로 처분청이 청구법인이 조특법 시행령으로 정하는 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 화장품제조 등을 주요사업으로 하여 2015.1.13. 설립되어 2015.6.23. 기술보증기금으로부터「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처육성법”이라 한다) 제25조에 의한 벤처기업확인서(유효기간 : 2015.6.23.～2017.6.22.)를 발급받고 2015사업연도 법인세 과세표준 확정신고를 하면서「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 및「중소기업기본법」(이하 “중기법”이라 한다)의 중소기업 요건(연간 매출액 OOO원 이하)을 충족하므로조특법 제6조제2항에 따라 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 신청하였다.

나. 청구법인은 2016사업연도 매출이 급성장함에 따라 위 중소기업 요건을 충족하지 못하였고 2016사업연도에 대한 법인세 신고시 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 신청하지 아니하였다가, 2017.5.31. 2016사업연도의 경우에도 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나 처분청은 2017.7.25. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법상 창업벤처중소기업에 대한 세액감면은 벤처기업 확인이 취소된 경우에 한하여 적용이 중단되므로, 중기법상 중소기업에 해당되어 벤처기업 확인이 취소되지 않는다면 세액감면이 적용되어야 한다.(가)조특법 제6조제2항에 따르면 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업이 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인을 받는 경우 그 확인받는 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 해당되는 세액을 감면받을 수 있고, 세액감면 기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않는다.(나) 위 법령에 의하면 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받기 위해서는 ‘창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인’을 받도록 그 자격 요건에 엄격한 제한을 두고 있으며, 자격 요건을 갖추고 있던 법인의 ‘벤처기업 확인이 취소’된 경우에는 세액감면을 적용하지 않는다는 중단 요건 또한 명확히 규정하고 있다. (다) 따라서, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 여부는 창업벤처중소기업 최초 판단 시점(벤처기업 인증 시점)인 2015사업연도에 조특법 및 중기법상 중소기업에 해당하는지 여부로 판단되어야하며, 최초 적용시 그 세액감면 규정의 요건을 충족하였다면 벤처기업 인증(확인)의 취소만이 감면배제 요건에 해당한다 할 것이므로 청구법인의 세액감면은 계속 적용되어야 한다.

(2)조특법 제63조의 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면의 조문구조가 창업벤처기업 세액감면 규정과 유사한바, 이를 준용하여 해석할 경우에도 감면이 적용되어야 한다. (가)조특법 제63조제1항 및 제2항에 따르면 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전한 중소기업의 경우 이전일 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일 부터 일정기간 이내에 끝나는 과세연도에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 100 또는 100분의 50에 해당되는 세액을 감면받을 수 있고, 세액감면 기간 중 폐업·해산, 사업을 개시하지 않은 경우 또는 수도권과밀억제권역 내에 동일한 공장 또는 본사를 설치한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않는다. (나) 위 조문은조특법 제63조제1항에서 조특법상 세액감면 적용요건을 열거하고 동법 제2항에서 세액감면 중단의 사유를 열거하고 있다는 점에서조특법 제6조제2항의 창업벤처기업 세액감면규정과 그 조문 구조가 유사하므로, 동 조문에 대한 유권해석을 창업벤처기업 세액감면 규정에 준용하여 해석할 수 있다. (다) 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전한 중소기업의 세액감면에 대한 유권해석은 조특법상 중소기업의 요건이 세액감면을 최초로 적용하기 위한 조건일 뿐이며, 중소기업 여부가 세액감면 적용 중단사유에 열거되어 있지 않다면, 조특법상 중소기업에 해당되지 않게 되었다고 하더라도 세액감면이 중단되지 않는다고 해석하고 있다(재조특-20, 2016.1.6., 기준법령법인-107, 2016.1.12.).

(라) 따라서,조특법 제63조에서도조특법 제6조와 동일하게 조특법상 중소기업을 전제로 하고 있음에도 불구하고 별도의 배제요건에 해당하는 경우에만 조세감면을 배제한다는 유권해석 등을 고려해 보았을 때에도 청구법인의 세액감면은 유지되어야 한다.

(3) 벤처기업의 경우 통상 매출액의 변동이 큰 편이며, 급격한 매출액의 증가로 규모기준을 초과하더라도 일정 기간 유예를 적용하여 조세감면을 적용하는 것이 벤처기업을 육성하고 지원하는 본래 취지에 부합하다고 볼 수 있는바, 창업벤처중소기업 감면의 배제요건을 벤처기업확인 취소로 한정하여 판단하는 것이 이와 같은 취지에 부합한 것으로 볼 수 있다.(가)조특법 제6조제1항에서 창업중소기업의 감면요건을 규정하면서, 제2항에서 창업벤처중소기업의 감면을 별도로 정의하고, 감면배제요건도 별도로 신설한 것은 창업벤처중소기업의 육성을 위해 세제지원을 장려하면서 배제요건 또한 명확히 하기 위한 것이라 할 수 있다.(나) 벤처기업의 경우 통상적으로 사업의 내용에 따라 매출액이 급격하게 성장하거나 또는 감소하는 등 변동폭이 큰 편으로 상대적으로 성공확률도 높다고 보기 어렵다. 하지만 보다 많은 벤처중소기업의 창업을 장려하기 위해서는 안정적이고 지속적인 세제지원 등이 필요하다고 할 수 있으며, 그 세제지원은 엄격하고 명확한 기준 하에서 이루어져야 하는 바, 창업벤처중소기업의 세제감면을 별도 조항에서 규정하고 배제요건을 별도로 규정한 것은 이러한 법적취지에 부합한다 할 수 있고, 그 적용 또한 엄격하고 명확하게 이루어져야 한다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 제6조제2항의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면은 벤처기업 확인이 취소된 경우에만 적용 중단되므로 중기법상 중소기업에 해당할 경우에는 세액감면이 타당하다는 주장에 대하여(가)조특법 제6조의 창업중소기업 등의 세액감면의 적용대상인지 여부를 판단하기 위해서는 해당 세액감면 적용 법규인 조특법과 같은 법 시행령에 대하여 법의 체계.연혁.문언상의 사정들을 종합적으로 판단하여 검토하여야 하는바,조특법 제6조제2항의 창업벤처중소기업은 같은 법 시행령 제2조 제1항의 ‘중소기업의 범위’ 규정, 즉 중소기업에 대한 조세특례가 적용되는 중소기업의 범위에 대한 기본규정에 근거하여 제정된 것이다.

따라서,조특법 시행령 제2조제1항 ‘중소기업의 범위’ 규정에 열거한 적용 요건에 해당하는지에 따라 세액감면 대상인지 여부를 판단(서울고등법원 2017.4.19. 선고 2016누37418 판결, 서울행정법원 2016.2.5. 선고 2015구합68574 판결, 같은 뜻임)하여야 하는데, 청구법인이 신고한 2016사업연도 매출액이 위 적용 요건(중소기업의 범위 요건)을 이미 초과하였으므로 중소기업에 해당하지 않는다. 또한,조특법 시행령 제2조제2항 본문에서는 중소기업이 그 규모 확대 등으로 요건을 갖추지 못한 경우에도 최초 사유가 발생한 사업연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보는 유예기간을 두고 있으나, 제4호에서 ‘창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내 과세연도 종료일 현재 중소기업 기준을 초과하는 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있고 청구법인이 여기에 해당하므로 2016사업연도에는 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 대상에서 제외함이 타당할 것이다. (나) 조특법령의 ‘중소기업’ 관련 조문의 체계를 살펴보면, 먼저 조특법은 제2장 제1절에서 ‘중소기업에 대한 조세특례’에 관하여 제5조부터 제8조의3까지의 조문을 두고 있는데, 첫 조문인 제5조에서 ‘중소기업’의 투자세액공제에 대하여 규정하면서 ‘중소기업’을 처음으로 언급하고 있고, 그에 대한 정의 및 범위에 대해서는 대통령령에 위임하고 있는바, 이 건 쟁점과 관련된 제6조(창업중소기업과 창업벤처중소기업에 대한 세액감면)도 중소기업에 대한 조세특례 중 하나에 해당한다.

다음으로 조특법 시행령은 제2장 제1절 ‘중소기업에 대한 조세특례’의 첫 조문에 해당하는 제2조 제1항에서 조특법의 위임을 받아 ‘중소기업의 범위’에 대하여 규정하면서, “다만, 매출액이 중기법 시행령에 따른 규모 기준(청구법인의 경우 매출액 OOO원 이상) 이상 또는 자산총액 OOO원 이상인 경우 중소기업으로 보지 아니한다”고 규정하여 매출액, 자산총액 등이 일정 기준 이상인 기업은 조세특례 대상이 되는 ‘중소기업’에서 제외함으로써 조특법의 입법취지와 목적에 맞추어 적절한 제한을 두고 있다. (다) 관련 조특법령의 문언을 검토해 보면, 조특법은 ‘중소기업에 대한 조세특례’의 첫 조문인 제5조 제1항에서 ‘중소기업’을 처음 언급하면서 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)”이라고 하여 이후 조문부터 언급되는 ‘중소기업’은 조특법 시행령에서 정하는 중소기업임을 분명히 하고 있는바,조특법 제6조제2항의 감면대상 창업벤처중소기업과 관련하여 같은 조 제3항에서 “창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다”고 규정하고 있으므로 여기의 ‘중소기업’은조특법 제5조제1항에서 말하는 ‘중소기업’, 즉 “대통령령으로 정하는 중소기업”이라 할 것이다. 부연하면,조특법 시행령은 제2조제1항 ‘중소기업의 범위’에서 “조특법 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 ‘대통령령으로 정하는 중소기업’이란…(중략)…다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 말한다”고 함으로써 이하 시행령 조문에 언급되는 중소기업은 제2조 제1항 규정에 따른 중소기업임을 분명히 하고 있다.

한편, 청구법인은조특법 제6조제2항에 규정한 벤처기업 중 대통령령(조특법 시행령 제5조제4항)이 정한 기업으로 창업 후 3년 이내 벤처기업으로 확인받은 기업이므로 동 감면규정이 독자적으로 적용되어야 한다는 취지로 주장하고 있으나, 해당 규정은조특법 제6조제2항의 창업벤처중소기업 요건 중 일부인벤처육성법 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업에 관한 것이다(따라서 세액감면 대상이 되는 창업벤처중소기업의 범위는 원칙적으로조특법 제6조제3항에 따라 해석되어야 함). 또한 시행령의 문언 자체만을 보더라도 “‘법 제6조 제2항에서 대통령령으로 정하는 기업’이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다”고 하고 있고 제1호에서 “벤처육성법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업”이라고 하고 있는데, 여기에서의 ‘중소기업’은조특법 시행령 제2조제1항에서 말하는 중소기업을 의미하는 것이므로 ‘법 제6조 제2항에서 대통령령으로 정하는 기업’ 자체가 시행령 제2조 제1항에서 규정한 중소기업의 범위에 속할 것을 분명히 하고 있다. (라) 한편, 창업벤처중소기업에 대한 조세특례 규정의 개정 연혁을 살펴보면, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 조항은 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된「조세감면규제법」제6조를 통하여 처음 도입되었는데, 당시「조세감면규제법」및 같은 법 시행령의 관련 규정에서도 세액감면 대상이 되는 창업중소기업은 모두 제4조 제1항의 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)”에 해당할 것을 전제로 제6조 제1항 각 호의 요건을 추가로 갖출 것을 요구하였으며, 그 추가 요건을 같은 법 시행령에서 규정하도록 한 것에서도 알 수 있다.

(2) 청구법인이 중소기업 최초 판단 시점(청구법인의 사업개시연도)인 2015사업연도에 조특법 및 중기법상 중소기업에 해당하므로, 중기법상 중소기업의 규모 기준을 초과하였다 하더라도 유예기간을 적용해야 한다는 주장에 대하여청구법인은 조특법상 감면대상 중소기업 기준요건을 충족하고 있지 않고,같은법 시행령 제2조제2항 제4호에 따라 법인설립일인 2015년 1월 이후 그 다음 사업연도인 2016사업연도에 업종별 수입금액이 OOO원으로 중소기업 기준요건을 초과하고 있으므로 2016사업연도에 대해서는 세액감면 유예대상 기간에 해당하지 않는다.

(3) 청구법인은 벤처기업의 특성상 매출액의 변동폭이 크므로 급격한 매출증가시 일정기간 유예를 적용하는 것이 벤처기업 육성을 지원하는 본래 취지에 부합한다는 주장에 대하여‘벤처기업’이라 함은 첨단 신기술이나 참신한 아이디어만으로 사업화하여 신규시장을 개척함으로써 경영의 리스크가 크지만 성공할 경우 높은 수익을 기대되는 중소기업을 총칭한다 할 수 있으나, 청구법인의 제품 개발과 생산방식을 통한 매출의 급격한 성장 원인과 배경을 검토하여 보면, 벤처기업의 기본 취지와도 약간 다른 것으로 판단된다.청구법인의 신규 개업일 이후 급격한 매출 성장(수입금액 :2015년 OOO원→2016년 OOO원)의 실적을 보이고 있으나, 그 원인을 분석해 보면 첨단 신기술과 아이디어를 이용한 경영혁신 등의 결과물이라기 보다는 특수관계 있는 자로부터 제품 사용의 핵심사항인 상표권을 사용하면서 매월 고액의 사용료를 지급하고 있고 화장품 품목에 해당하는 남성전용 마스크 팩을 위탁 제조.판매를 통해 매출하는 구조를 지니고 있어 첨단 신기술 개발을 통한 매출 신장과는 거리가 있는 구조인바, 이러한 점을 감안할 때, 벤처기업의 특성 중 하나인 매출액이 급변동하였다는 사유만으로 해당 감면 여부를 판단할 수 없는 것이므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 2016사업연도 법인세 계산시조특법 제6조제2항의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에는 아래 사실이 나타난다.(가) 청구법인의 경정청구 내역은 아래와 같다.OOO(나) 처분청은 2017.7.25. 청구법인이 2016사업연도에 조특법상 중소기업 요건(업종별 매출액 기준 OOO원 초과)을 충족하지 못하고 중소기업 유예기간의 적용에서도 배제되므로 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구 거부통지를 하였다.

(2) 청구법인은 2015년에는 조특법 및 중기법의 중소기업 요건을 모두 충족하여조특법 제6조제2항에 따라 창업벤처중소기업 등에 대한 세액감면을 신청한 반면, 2016년에는 매출의 급성장으로 조특법상 중소기업 유예가 배제되어 동 세액감면을 적용하지 아니하였으나, 2016년에도 중기법상 유예규정에 의해 여전히 중소기업에 해당하여 벤처기업 확인(인증)이 유효하므로 동 세액감면을 경정청구하였다고 하면서 처분청이 제시한 판례(서울고등법원 2017.4.19. 선고 2016누37418 판결, 서울행정법원2016.2.5. 선고 2015구합68574 판결)의 경우 원고가 최초로 벤처기업 확인(인증)을 받은 시점(2012사업연도)부터 중기법상 중소기업 요건과 조특법상 중소기업 요건을 모두 미충족하고 있어 청구법인의 사실관계와 다르다고 주장한다.또한 청구법인은 처분청이 상표권 사용은 제품의 핵심사항으로 청구법인의 급격한 매출증가 원인은 특수관계자로부터의 고액의 상표권 사용료 지급에 있다고 보고 있으나, 청구법인이 특수관계자에게 지급하는 상표권 사용료는 OOO에 불과하며, 이는 2016사업연도 매출액 OOO 중 극히 일부에 불과하다고 주장하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조특법상 창업벤처중소기업에 대한 세액감면의 경우 벤처기업 확인이 취소된 경우에 한하여 적용이 중단되므로, 당초 조특법 및 중기법상 중소기업에 해당되어 그 세액감면 요건을 충족한 후 중기법상 중소기업에 해당되어 벤처기업 확인이 취소되지 않았다면 동 세액감면 규정이 적용되어야 한다고 주장한다.그러나 조특법은 제2장 제1절에서 ‘중소기업에 대한 조세특례’라는 제목 아래 첫 조문인 제5조 제1항에서 중소기업에 관하여 처음 언급하면서 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)”이라고 하여 이후 조문에서 언급되는 중소기업은 대통령령인 조특법 시행령으로 정하는 중소기업임을 분명히 밝히고 있는 점, 같은 절에 규정된조특법 제6조제3항은 감면대상이 되는 창업벤처중소기업의 범위에 관하여 “다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다”고 규정하고 있는데 문언상 여기서의 ‘중소기업’ 또한 제5조 제1항에서 규정하는 중소기업, 즉 대통령령인 조특법 시행령으로 정하는 중소기업을 의미한다고 봄이 타당한 점 등 조특법의 체계상, 연혁상, 문언상의 사정을 종합적으로 고려하면, 창업벤처중소기업을 판단함에조특법 시행령 제2조제1항이 적용된다고 봄이 타당(서울고등법원 2017.4.19. 선고 2016누37418 판결, 같은 뜻임)하다 하겠다.

따라서 청구법인의 경우조특법 시행령 제2조제1항의 중소기업 요건(연간 매출액 1천억원 이하)을 충족하지 못하였고, 같은 조 제2항 제4호(창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우)에 해당함에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 아니하므로, 청구법인이 조특법 시행령으로 정하는 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.